如何进行细胞类型手动注释？

细胞注释主要有两种方法：

1）基于参考数据库利用软件工具（SingleR、SCINA）进行自动化；

2）基于参考数据库、文献资料确定已知细胞类型的特征表达基因（marker标记）列表和相关通路进行人工注释。细胞注释要同时结合自动化注释和人工注释，这两种方法并不是独立割裂开来的，需要搭配使用，软件自动化细胞注释方法方便且系统化，完全依赖于参考数据集，注释的结果有时也并不是高置信度注释。在百迈客提供的数据库自动注释的基础上，老师提供对应细胞群/亚群的marker基因列表，如T细胞：CD4、CD8，可以根据已发表的文章（物种、疾病、组织检索）或者cell marker数据库进行进一步的人工注释校正，可大大提高注释的准确度。