BSA关联定位分析

对于数量性状定位的混池，通常建议混池规模为群体大小的5%-10%。不同的测序策略，混池规模会有略微的差别，重测序BSA及转录组BSA最低要求30个以上，SLAF-BSA最低要求50个以上。文献报道（300样/池&160样/池相比）混池规模越大，定位的效果会越好。

常测序数据量越大，标记的准确性会越高，但成本也会越高，综合考虑，在这里我们给大家提供BSA项目的最低数据量。对于SLAF-BSA，通常我们建议子代混池至少达到每个个体1×的数据量，比如混池规模为30+30，那么每个混池测至少30×；对于重测序BSA，混池规模在50以下，子代1×的数据是可以的，但是像基因组比较大的物种（如玉米），若混池规模为100+100这样的情况，每个混池测50×也是没有问题的。

能做。现在我们的BSA关联分析是基于SNP，因为SNP在基因组上的密度要远远高于Indel以及结构变异，这会使我们定位更加精细。如果某一个性状是由Indel、结构变异、导入系所引起的，那么它通常是与某些SNP连锁发生的，通过SNP我们会找到候选区域，再在候选区域内寻找这些Indel或结构变异或导入系，来寻求决定该性状的Indel或结构变异或导入系。

可以，对于没有亲本的混池，我们会采取ED的方法进行关联分析。

有影响。从关联分析的方法上，有亲本的BSA我们会有两种关联分析方法，SNP-Index和ED，最后的定位结果是两种方法的交集，无亲本的只能用ED的方法进行关联分析。有亲本的作用是排除亲本非多态性标记对定位的影响，举例说明一下，有一个标记在混池间是有多态性的，但在亲本上是没有多态性，如果有亲本，我们的定位结果是不会有这样的标记，但是没有亲本，定位结果中就会有这样的标记，定位的区域会变大，假阳性较多。

不可以，两个不同群体所采用的阈值没法计算。

推荐至少做两个亲本的重测序，这样我们会提供定位区域内非同义突变基因的信息，进一步缩小候选区域的范围，相当于在SLAF-BSA的基础上精细点，如果老师经费允许的话，群体也做重测序效果肯定是更好的，群体的SNP信息要远高于SLAF的，定位也会相应变精细点。

没有参考基因组的话，通过SLAF我们只能关联到一些标签，对于老师后期的数据利用并不是特比好，而通过转录组可以进行Uningene的组装，进而通过关联分析获得候选区域内的Uningene信息并进行功能注释，对于老师后期数据利用还是比较好的。

化学诱变或者是物理诱变引起的点突变；野生型亲本重测序+突变型子代混池测序；有参考基因组；任何发生性状分离的家系群体。