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 分類: 轉(zhuǎn)錄組測序

作者之前已經(jīng)證明香蕉OFP促進果實成熟。香蕉中OFP1(MaOFP1)與MADS-box蛋白MuMADS1相互作用對于香蕉采后乙烯促進成熟產(chǎn)生拮抗作用。然后,香蕉果實的成熟過程也成為果實質(zhì)量的一個部分。MuMADS1和MaOFP1果實品質(zhì)形成方面,是否有的新的作用,目前尚不清楚。
本篇文章以野生型、突變體番茄、三種不同轉(zhuǎn)基因系M(過表達MuMADS1)、O(過表達MaOFP1)、MO(同時過表達MuMADS1和MaOFP1)為實驗材料,運用轉(zhuǎn)錄組測序技術,解析了MuMADS1和MaOFP1對果實品質(zhì)形成方面的分子機制。

研究結(jié)果

(1)差異表達基因(DEGs)數(shù)目分析

下圖表明了MuMADS1 和 MaOFP1能調(diào)節(jié)突變體中差異基因數(shù)目

(a) WT vs. ovate; (b) WT vs. MuMADS1 transformants; (c) WT vs. MaOFP1 transformants; (d) WT vs.
MuMADS1 + MaOFP1 transformants; (e) ovate vs. MuMADS1 transformants; (f) ovate vs. MaOFP1 transformants; (g) ovate vs. MuMADS1 + MaOFP1
transformants.

(2)差異基因的功能注釋和富集分析

COG分類表明淀粉、蔗糖和碳代謝構(gòu)成了外源基因整合最主要的代謝途徑,這些基因可能是果實品質(zhì)形成期活躍的基因。

Histogram of COG classifification.
(a) WT vs. ovate; (b) WT vs. MuMADS1 transformants; (c) WT vs. MaOFP1 transformants; (d) WT vs.
MuMADS1 + MaOFP1 transformants; (e) ovate vs. MuMADS1 transformants; (f) ovate vs. MaOFP1 transformants; (g) ovate vs. MuMADS1 + MaOFP1
transformants.

本文通過轉(zhuǎn)錄組差異基因數(shù)據(jù)分析及通路注釋,解析了MuMADS1和 MaOFP1共同調(diào)控果實品質(zhì)的性狀的分子機制。類似的分析內(nèi)容在轉(zhuǎn)錄組相關文獻中已成為標準必備。百邁客云平臺(BMKCloud)基于此,已開發(fā)了一系列測序數(shù)據(jù)分析平臺,涵蓋多個研究方向。

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步驟主要包括:

 

1、導入數(shù)據(jù)

2、點擊提交

3、圖形優(yōu)化

 

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一、云平臺簡介:

由北京百邁客生物科技有限公司研發(fā),面向?qū)τ谖锓N生物信息分析、文獻精準查找、及科研文章繪圖有大量需求的廣大科研工作者。其主要特點是運用方便快捷,操作簡單,實現(xiàn)隨時隨地便捷服務,加快文章產(chǎn)出的速度。

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