特级丰满少妇一级AAAA爱毛片,亚洲AV无码专区一级婬片毛片,真实的国产乱ⅩXXX实拍,中文字幕一区二区三区四区,国产成人无码91精品一区69

 分類: 基因組測序, 群體遺傳

文章標(biāo)題:Comparative genome-wide association study on body weight in Chinese native?ducks using four models

發(fā)表期刊:Poultry Science

影響因子:3.8

發(fā)表單位:南京農(nóng)業(yè)大學(xué),西藏農(nóng)牧學(xué)院等

研究對(duì)象:金陵白鴨

研究方法:全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)

百邁客生物為該研究提供了全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)測序及部分?jǐn)?shù)據(jù)分析服務(wù)。

研究背景

鴨子為人類消費(fèi)提供肉、蛋、羽毛等產(chǎn)品,中國是世界上最大的鴨肉消費(fèi)國。金陵白鴨做為我國優(yōu)質(zhì)的選育品種,具有優(yōu)良的生長速度和肉質(zhì)品質(zhì)。從孵化到上市的整個(gè)時(shí)期,鴨子的體重逐漸增加,這一過程由復(fù)雜的生理和生化機(jī)制調(diào)控,器官和骨骼的發(fā)育是體重增加的關(guān)鍵因素,全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)是許多牲畜和家禽物種研究生長和發(fā)育的遺傳機(jī)制的常用方法,然而,現(xiàn)有的一些關(guān)于鴨生長發(fā)育性狀的GWAS研究測序深度較低,發(fā)現(xiàn)的候選基因很少。

材料方法

 

201只雄鴨全基因組測序深度為10×;

GWAS分析:表型:出生體重(BWB)、1周體重(BW1)、3周體重(BW3)、5周體重(BW5)和7周體重(BW7)分析模型:FaST-LMM;EMMAX;LMM;LM 閾值線:log10(p)=5如果一個(gè)SNP在2個(gè)或更多的模型中被關(guān)聯(lián),作者認(rèn)為它是一個(gè)與特定性狀相關(guān)的高可信度SNP。

進(jìn)化分析:進(jìn)化樹構(gòu)建;群體結(jié)構(gòu)分析;PCA分析;LD衰減分析等

研究結(jié)果

1.金陵白鴨群體體重表型統(tǒng)計(jì)

該研究對(duì)金陵白鴨(n = 201)在不同時(shí)期的體重進(jìn)行統(tǒng)計(jì),BWB、BW1、BW3、BW5和BW7的體重均值分別為46.93g、127.19g、697.17g、1182.43g和1,888.52g。生長曲線結(jié)果顯示:金陵白鴨第3周-第5周生長最快,第5周后生長放緩。體重的分散度隨著年齡和體重的增加而增加。相鄰2周的體重之間存在較強(qiáng)的相關(guān)性,BW3與BW1(r = 0.6)、BW5(r = 0.68)和BW7(r = 0.6)顯著正相關(guān),BW5與BW7顯著正相關(guān)(r = 0.82)。但隨著時(shí)間間隔的延長,性狀間的相關(guān)性降低,BW1與BW7的相關(guān)性不顯著(r = 0.21),BWB則與BW3 (r = 0.18), BW5 (r = 0.058),BW7 (r = 0.45)均不顯著相關(guān)。

圖1-表型分析

2.金陵白鴨系統(tǒng)發(fā)育、群體遺傳結(jié)構(gòu)解析

雖然該研究只有金陵白鴨一個(gè)種群,但考慮到繁殖過程中種群分層的潛力,作者進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育和群體結(jié)構(gòu)分析。系統(tǒng)發(fā)育樹和PCA結(jié)果顯示,金陵白鴨可分為5個(gè)種群,群體結(jié)構(gòu)表明,當(dāng)K=6時(shí)分群結(jié)果最佳,金陵白鴨種群具有豐富的遺傳多樣性,總SNPs的平均R2為0.24,當(dāng)R2=0.2,LD的衰減距離約為30kbp。

圖2-群體進(jìn)化分析

3.GWAS分析

該研究對(duì)基于測序產(chǎn)生的2,610.50 Gbp的clean data進(jìn)行分析,Q30為95.55%,樣本與參考基因組平均比對(duì)率為99.59%,平均覆蓋深度為10×,基因組覆蓋度為96.51%。作者利用,797,309,337個(gè)SNPs,4種關(guān)聯(lián)模型進(jìn)行后續(xù)GWAS分析,其中95個(gè)SNP與BWB性狀顯著相關(guān),這些SNP主要分布在1號(hào)染色體和4號(hào)染色體上。通過篩選和注釋,共檢測到5個(gè)相關(guān)的候選基因:PUS7、FBXO11、FOXN2、MSH6、SLC4A4。針對(duì)BW1性狀,作者發(fā)現(xiàn)了101個(gè)與BW1性狀顯著相關(guān)的SNPs,這些SNP主要分布在7號(hào)染色體上,共檢測到2個(gè)與BW1性狀相關(guān)的候選基因:RAG2和TMEFF2。針對(duì)BW3性狀,作者發(fā)現(xiàn)了112個(gè)顯著SNPs。這些SNP主要分布在1號(hào)染色體和11號(hào)染色體上。通過篩選和注釋,共檢測到4個(gè)與BW3性狀相關(guān)的候選基因:?STARD13、Klotho、ZAR1L和TLE3。同時(shí)確定了92個(gè)與BW5性狀相關(guān)SNPs,這些SNP主要分布在1號(hào)染色體和2號(hào)染色體上,通過注釋STARD13、Klotho和ZAR1L與BW5性狀相關(guān)。此外,作者還鑒定了新的候選基因:KAT2B、KCNH8和SATB1。

BW7性狀與33個(gè)SNP關(guān)聯(lián),這些SNP主要分布在1號(hào)染色體和2號(hào)染色體上。通過篩選和注釋,共檢測到6個(gè)與BW7性狀相關(guān)的候選基因:PLXNC1、ATP1A1、CD58、FRYL、OCIAD1和OCIAD2。在分析的四個(gè)模型的結(jié)果,LM識(shí)別出了更多的顯著位點(diǎn),曼哈頓圖顯示出更高的峰值。然而,QQ-plot顯示,LM模型中的大部分站點(diǎn)都位于對(duì)角線上方,可能具有較高的假陽性。其余3個(gè)模型的結(jié)果均表現(xiàn)出一致性,而QQ-plot的結(jié)果則優(yōu)于LM模型。

圖3-GWAS分析

研究總結(jié)

金陵白鴨是一種新開發(fā)的品種,因其生長速度快,肉質(zhì)優(yōu)良的特點(diǎn),使其具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值和研究潛力;然而,人們對(duì)其體重性狀的遺傳基礎(chǔ)尚不太清楚。該研究對(duì)201只金陵白公鴨進(jìn)行了全基因組重測序,并進(jìn)行了群體基因組分析,表明金陵白鴨種群具有豐富的遺傳多樣性。

作者對(duì)出生體重(BWB)、1周體重(BW1)、3周體重(BW3)、5周體重(BW5)和7周體重(BW7)進(jìn)行了全基因組關(guān)聯(lián)分析,4種統(tǒng)計(jì)模型比較研究表明,F(xiàn)aST-LMM表現(xiàn)出最優(yōu)的效率,產(chǎn)生更多的結(jié)果和最小的假陽性。

作者發(fā)現(xiàn),PUS7、FBXO11、FOXN2、MSH6和SLC4A4均與BWB相關(guān)。RAG2和TMEFF2是BW1的候選基因,STARD13、Klotho、ZAR1L可能是BW3和BW5的候選基因。PLXNC1、ATP1A1、CD58、FRYL、OCIAD1和OCIAD2與BW7相關(guān)。這些研究結(jié)果為金陵白鴨的選擇和育種提供了遺傳參考,同時(shí)也加深研究者們對(duì)白鴨生長發(fā)育表型的認(rèn)識(shí)。

最近文章
国产精品无码久久久久成人影院 | 国产成人无码A片免费看 | 中文字幕日产A片在线看 | 亚洲精品爆乳一区二区h | 日本人妻系列无线码在线 | 成人3D动漫一区二区三区91 | 几人强行糟蹋人妻HD | 国产一区二区毛片多毛多水 | 美女美腿自慰喷水网站 | 国产日韩av高清无码 | 亚洲一级视频在线观看 | 日韩人妻免费视频 | 亚洲成人视频在线观看无码 | 波多野结衣乳视频在线观看 | 日本免费三 片免费观看 | 欧美A级肉欲艳妇mat | 女妇高潮久久久久久久久久 | 欧美成人精品一区二区 | 亚洲毛片高清无码在线观看 | 国产成人精品三级麻豆 | 欧美一性一交一免费看 | 亚洲AV秘 无码一区花狩 | 久久久 成人网站免费观看 人人爽人爽爽人人爽爽人人 | 国产精品毛片一区视频播 | 亚洲AV无码乱码A片 欧美熟妇婬乱A片免费 | 97人人澡人人爽小说 | 亚洲欧美强伦1234区 | 亚洲无码中文字幕国产 | 一级黄在线观看视频 | 农村婬乱男女A片爽视频麻豆软件 | 少妇一级婬片免费看 | 无码一区二区三区四区 | 波多野结衣在线观看一区 | 91丨人妻丨大屁股 | 久久天天躁狠狠躁夜夜AV | 色婷婷亚洲精品久久精品无码 | 黄色AV网站在线观看 | 熟妇的味道HD在线观看 | 国产精品亚洲一区二区三区在线观看 | 极品粉嫩小仙女小泬 | 欧美在线精品成人网站 |