此次系列培訓(xùn)班主題內(nèi)容為生信入門基礎(chǔ)課程、比較基因組學(xué)生信課程、單細(xì)胞生信分析課程,主要面向零基礎(chǔ)的、有數(shù)據(jù)分析及繪圖展示需求的學(xué)員。本期培訓(xùn)班共有70名來自全國各地的老師參加。在為期3天的課程中,學(xué)員們在講課老師的帶領(lǐng)下系統(tǒng)的學(xué)習(xí)了生信入門基礎(chǔ)知識、比較基因組學(xué)、單細(xì)胞生信分析等生信分析課程。
同時,在學(xué)習(xí)的過程中,我們的授課老師和助教現(xiàn)場為大家解答在實際操作中遇到的技術(shù)問題。
老師在現(xiàn)場指導(dǎo)學(xué)員操作
由于許多學(xué)員都是零基礎(chǔ)學(xué)習(xí),在課后復(fù)習(xí)時還是會碰到許多難以解決的問題。我們在課下會以QQ交流群的形式與學(xué)員進(jìn)行交流探討,提供指導(dǎo),保障學(xué)員培訓(xùn)后的自我學(xué)習(xí),從而更高效的完成學(xué)習(xí)目標(biāo)。
本屆微生物學(xué)會設(shè)有1個主會場以及10個分會場,包括“微生物–礦物相互作用及共演化”,“元素生物地球化學(xué)循環(huán)與全球變化”,“地質(zhì)微生物與能源轉(zhuǎn)化”,“地質(zhì)環(huán)境微生物與環(huán)境修復(fù)”,“大氣微生物與環(huán)境效應(yīng)”,“微生物與土壤健康”等10個熱點(diǎn)主題,由14位重量級前沿科研工作者及其課題組優(yōu)秀青年學(xué)者共同奉獻(xiàn)了超過130余場學(xué)術(shù)報告,其中大多主題利用了高通量測序工具克服了目前的研究瓶頸,極大提高了科研效率,吸引力500余位優(yōu)秀科研人員共同參與討論。
展會期間百邁客發(fā)揚(yáng)以科研為中心的優(yōu)秀企業(yè)精神,全程設(shè)立展位,展示了全方位微生物組研究相關(guān)組學(xué)產(chǎn)品,包括前沿組學(xué)工具?絕對定量微生物組學(xué)測序,高數(shù)據(jù)量全長多樣性研究,?長度長宏基因組學(xué),以及全方位探討生物學(xué)問題的?動植物-微生物互作多組學(xué)聯(lián)合分析應(yīng)用產(chǎn)品,與前來參會的研究學(xué)者熱烈討論了地質(zhì)微生物組學(xué)現(xiàn)有研究問題與發(fā)展前景,吸引了大量優(yōu)秀學(xué)者駐留探討。展位現(xiàn)場火爆,大家對不同的產(chǎn)品提出了不同的問題,現(xiàn)場的工作人員都做了詳細(xì)的解答和交流。
后續(xù)百邁客將繼續(xù)關(guān)注多組學(xué)前沿研究,本著服務(wù)于科研的目的,為廣大科研工作者提供更多優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品和服務(wù),從技術(shù)方法層面,推動交叉學(xué)科領(lǐng)域的科學(xué)研究。
]]>第十屆全國功能基因組學(xué)高峰論壇是中國基因產(chǎn)業(yè)具有影響力的行業(yè)峰會之一,為展示我國功能基因組學(xué)在多組學(xué)和大數(shù)據(jù)背景下的重大研究進(jìn)展,促進(jìn)功能基因組學(xué)各研究領(lǐng)域的交流與合作,加強(qiáng)行業(yè)信息與資源的共享以及成果轉(zhuǎn)化,在高通量測序技術(shù)、多組學(xué)分析方法及生物云蓬勃發(fā)展的背景下,本屆大會將邀請各界領(lǐng)域領(lǐng)軍者共同探索功能基因組學(xué)的新技術(shù)和新思路,以及大數(shù)據(jù)時代下的功能基因組學(xué)發(fā)展方向與未來!
會議時間:2023年10月23日~10月27日
22日報道,23日主會場,24日五個分會場(植物功能基因組學(xué)研究會場、動物多組學(xué)應(yīng)用研究會場、微生物質(zhì)譜多組學(xué)研究會場、醫(yī)學(xué)多組學(xué)精準(zhǔn)診療應(yīng)用研究會場、時空多組學(xué)技術(shù)發(fā)展及應(yīng)用會場)并行,25-27日為期刊講座及培訓(xùn)課程。
會議地點(diǎn):山東省·青島市金沙灘希爾頓酒店
會議注冊費(fèi):2500元/人
植物功能基因組學(xué)研究會場主題會場
隨著基因組組裝(GA)、種質(zhì)資源鑒定(GC)、基因功能鑒定(GI)、基因組育種(GB)、基因編輯(GE)的5G育種策略快速發(fā)展,以高通量測序技術(shù)為基礎(chǔ)的組學(xué)研究已經(jīng)廣泛應(yīng)用于植物研究的各個領(lǐng)域。本會場特邀植物功能基因組學(xué)、系統(tǒng)與進(jìn)化植物學(xué)、表觀遺傳學(xué)等熱點(diǎn)領(lǐng)域?qū)<引R聚一堂,分享植物研究的前沿技術(shù)、經(jīng)驗成果及發(fā)展前景。
動物多組學(xué)應(yīng)用研究會場
隨著高通量測序技術(shù)和生物信息科學(xué)技術(shù)的蓬勃發(fā)展,生物大數(shù)據(jù)已然成為了二十一世紀(jì)有活躍力的技術(shù)領(lǐng)域。完整基因組構(gòu)建、動態(tài)三維調(diào)控、功能基因定位、轉(zhuǎn)錄、蛋白&代謝、微生物等多組學(xué)技術(shù),在動物功能研究上日臻成熟。為了展示和交流動物多組學(xué)領(lǐng)域的新成果、新進(jìn)展,共同探討動物領(lǐng)域的熱點(diǎn)、難點(diǎn)問題,本會場特邀動物領(lǐng)域?qū)<覍W(xué)者,圍繞動物起源進(jìn)化及遺傳多樣性、動物育種及生長發(fā)育、重要功能性狀遺傳機(jī)制、動物營養(yǎng)與肉質(zhì)品質(zhì)、動物環(huán)境適應(yīng)機(jī)制、動物致病機(jī)理等研究主題,分享研究進(jìn)展及經(jīng)驗成果。
微生物質(zhì)譜多組學(xué)研究會場
隨著測序技術(shù)、高分辨質(zhì)譜技術(shù)和多組學(xué)整合分析方法及數(shù)據(jù)庫的發(fā)展,微生物組學(xué)研究正在從單一組學(xué)向多組學(xué)(微生物聯(lián)合代謝/轉(zhuǎn)錄/蛋白等)技術(shù)發(fā)展。以多組學(xué)驅(qū)動的微生物組學(xué)研究將帶來生命科學(xué)研究的新范式。微生物多組學(xué)現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于微生物資源與微生物組、病原微生物與健康、環(huán)境微生物與環(huán)境生物技術(shù)等領(lǐng)域。本會場特邀微生物組領(lǐng)域?qū)<覍W(xué)者,圍繞微生物資源、微生物與人體健康、環(huán)境微生物等主題,共同分享微生物多組學(xué)研究進(jìn)展和研究成果。
醫(yī)學(xué)多組學(xué)精準(zhǔn)診療應(yīng)用研究會場
隨著基因組測序技術(shù)的快速發(fā)展以及生物信息與大數(shù)據(jù)科學(xué)的交互應(yīng)用,精準(zhǔn)診療從理論照進(jìn)了現(xiàn)實。同時轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)等組學(xué)模式搭載單細(xì)胞和空間測序技術(shù)的東風(fēng)進(jìn)入單細(xì)胞/空間時代。人類對腫瘤的分子機(jī)制、疾病的發(fā)生機(jī)理及生命的發(fā)育進(jìn)程等方向能夠進(jìn)行更精細(xì)的解析,并借此實現(xiàn)在個體的分子和細(xì)胞而非癥狀水平上制定適合自身的診斷、治療及預(yù)防。本會場特邀醫(yī)學(xué)領(lǐng)域?qū)<引R聚一堂,共同探討醫(yī)學(xué)研究前沿進(jìn)展及經(jīng)驗分享。
時空多組學(xué)技術(shù)發(fā)展及應(yīng)用會場
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請務(wù)必附言:峰會報名+繳費(fèi)姓名如多人同時繳費(fèi),請注明所有參會人姓名;請采用銀行匯款方式繳納注冊費(fèi)。
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]]>2022 CBIC第四屆細(xì)胞生物產(chǎn)業(yè)大會、第二屆中國生物醫(yī)藥創(chuàng)新合作大會于2022年7月28-29日在北京隆重舉行。青島百創(chuàng)智能制造技術(shù)有限公司(百創(chuàng)智造)受邀參會。百創(chuàng)智造劉敏副總裁以“把薪助火 || 百萬級單細(xì)胞、亞細(xì)胞級分辨率空間轉(zhuǎn)錄組”進(jìn)行了主題演講,分別以單細(xì)胞測序助力靶藥研究、單細(xì)胞eQTL助力疾病醫(yī)療、時空組學(xué)指導(dǎo)臨床用藥等視角與眾多參會代表分享、探討了時空組學(xué)在精準(zhǔn)醫(yī)療領(lǐng)域的研究進(jìn)展與未來展望。
圖1 劉敏副總裁發(fā)表主題演講
圖2 劉敏副總裁和參會代表分享單細(xì)胞在醫(yī)療領(lǐng)域的研究進(jìn)展
同時,劉敏副總裁也分享了百創(chuàng)智造助力時空組學(xué)向臨床醫(yī)療邁進(jìn)的亞細(xì)胞級空間轉(zhuǎn)錄組芯片-百創(chuàng)S1000和單細(xì)胞微液滴平臺-百創(chuàng)DG1000。通過與來自全國各地參會代表的溝通和交流,參會代表對我們百創(chuàng)S1000可調(diào)節(jié)的亞細(xì)胞分辨率芯片和百創(chuàng)DG1000極快的單細(xì)胞微液滴系統(tǒng)產(chǎn)生了濃厚的興趣,并希望能夠進(jìn)一步探討和合作。
會議期間,到訪我們展臺的代表絡(luò)繹不絕。通過本次會議,我們也對國內(nèi)細(xì)胞生物研究在精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的發(fā)展有了新的理解,對單細(xì)胞多組學(xué)在臨床應(yīng)用有了更加明確的方向。這些也為我們?nèi)蘸蟮南嚓P(guān)工作提出了指導(dǎo)意見。
圖3 參會代表了解百創(chuàng)S1000和百創(chuàng)DG1000
為了突破單細(xì)胞試劑耗材及儀器長期以來的國外技術(shù)壟斷,降低單細(xì)胞應(yīng)用的成本,讓單細(xì)胞技術(shù)能夠惠及更多的科研群體,經(jīng)過多年潛心研發(fā),百創(chuàng)智造發(fā)布自主研發(fā)的極速單細(xì)胞微液滴系統(tǒng)-百創(chuàng)DG1000。百創(chuàng)DG1000是基于微流控、油滴包裹和Barcode標(biāo)記等技術(shù)來實現(xiàn)高通量的細(xì)胞捕獲。除了儀器以外,百創(chuàng)DG1000還有配套的2×4的獨(dú)立芯片及配套試劑盒(圖4)。
圖4百創(chuàng)DG1000
百創(chuàng)DG1000技術(shù)特點(diǎn):
PBMC重復(fù)性檢測:將相同的PBMC細(xì)胞懸液分3份,通過3個不同實驗人員,用3臺百創(chuàng)DG1000儀器,獨(dú)立進(jìn)行單細(xì)胞測序,得到了幾乎一致的細(xì)胞聚類分群結(jié)果,證明百創(chuàng)DG1000具有很好的可重復(fù)性及穩(wěn)定性(圖5)。
圖5 PBMC重復(fù)性測試數(shù)據(jù)
為了打破空間測序市場被國外公司長期占據(jù),以及改變主流商業(yè)化平臺的分辨率較低的的局面,經(jīng)過多年的潛心研發(fā),百創(chuàng)智造發(fā)布了基于微孔微珠的亞細(xì)胞級分辨率的空間轉(zhuǎn)錄芯片及配套試劑-百創(chuàng)S1000。該技術(shù)直接將空間組學(xué)分辨率從100μm(主流技術(shù)平臺)提高到~5μm的亞細(xì)胞水平,標(biāo)志著全面邁入國產(chǎn)化的空間轉(zhuǎn)錄組亞細(xì)胞技術(shù)時代的到來(圖6)。
圖6 百創(chuàng)S1000
百創(chuàng)S1000技術(shù)特點(diǎn):
大鼠胚胎亞細(xì)胞分辨率實測數(shù)據(jù)展示:與100μm分辨率(主流技術(shù)平臺)對比,高分辨率(~50μm)下HE染色組織形態(tài)學(xué)與spots聚類空間分布圖重合度更高,精準(zhǔn)識別空間基因表達(dá)的異質(zhì)性和組織區(qū)域的特異性(圖7)。
圖7:百創(chuàng)S1000胚胎亞細(xì)胞分辨率空間轉(zhuǎn)錄組檢測結(jié)果
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該報道內(nèi)容于2022年7月17日在北京電視臺財經(jīng)頻道《北京直通車》欄目播出,讓我們一起來了解百邁客生物如何以科技創(chuàng)新為基石,助力科學(xué)家永攀科研高峰。
圖為北京電視臺財經(jīng)頻道編導(dǎo)田聰在發(fā)布會現(xiàn)場與嘉賓對話
近年來,空間轉(zhuǎn)錄組的研究逐漸受到廣大研究學(xué)者的青睞,這對于癌癥發(fā)病機(jī)制、神經(jīng)科學(xué)、發(fā)育生物學(xué)等眾多領(lǐng)域的研究都有著重要意義。
中國科學(xué)院院士陳潤生說道:“空間轉(zhuǎn)錄組我們知道是整個多組學(xué)發(fā)展的一個更前沿的階段。我們從上世紀(jì)90年代開始測序了人的遺傳密碼以后,大家知道對于整個生物醫(yī)學(xué)很多基本問題的推進(jìn)邁出了劃時代的一步,就使得這些問題的解決到了分子水平。所以這樣看來,無論從基礎(chǔ)研究還是對臨床研究來講,當(dāng)前的這個空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)都是當(dāng)前大數(shù)據(jù)多組學(xué)研究一個新的進(jìn)展,因此它具有非常重要且深遠(yuǎn)的意義?!?/p>
陳潤生院士受北京電視臺專訪
近日,以精芯智造?探索生命為主題的“亞細(xì)胞級微孔空間轉(zhuǎn)錄組芯片”發(fā)布會在京舉辦。百邁客生物經(jīng)過多年研發(fā),正式發(fā)布了亞細(xì)胞級微孔空間轉(zhuǎn)錄組芯片:百創(chuàng)S1000。本次發(fā)布的百創(chuàng)S1000的突破就是將空間分辨率提升至5微米,而傳統(tǒng)的主流空間芯片制造還處于100微米的分辨率。
百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄組芯片
百邁客生物總裁鄭洪坤介紹:我們今天發(fā)布的百創(chuàng)S1000空間組學(xué)的產(chǎn)品,一個創(chuàng)新點(diǎn)還是解決了之前我們用戶對于做這種細(xì)胞水平的基因分析和基因檢測分辨率太低的問題,直接給它做到了一個亞細(xì)胞的水平。
百邁客生物總裁鄭洪坤受邀專訪中
中國科學(xué)院院士陳潤生表示:今天發(fā)布的百創(chuàng)S1000實際上大家知道從技術(shù)上應(yīng)該說是有很大的提高。百創(chuàng)S1000可以讓研究者們結(jié)合不同階段圖譜數(shù)據(jù),獲得全面的亞細(xì)胞級時空動態(tài)表達(dá)圖譜,從而為疾病的診斷治療及藥物研發(fā)提供更有力的決策依據(jù),相比目前國外空間轉(zhuǎn)錄組測序芯片精度提高了近400倍。
百創(chuàng)S1000發(fā)布會現(xiàn)場
百邁客生物總裁鄭洪坤強(qiáng)調(diào):我們現(xiàn)在公司三大塊方向,一塊是叫科技服務(wù)是做服務(wù),一塊是做我們的云平臺是一個SaaS(軟件服務(wù)平臺)的產(chǎn)品,一塊是智能制造。往下走的重點(diǎn)里面會更多的往智能制造這塊,特別是我們創(chuàng)新的東西會傾斜的更多一些。
百邁客生物對于技術(shù)創(chuàng)新的研究仍在繼續(xù),秉持著生物科技創(chuàng)新服務(wù)社會、造福人民的企業(yè)使命,企業(yè)將持續(xù)邁進(jìn)、探索生命未來。
播出視頻如下:
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第九屆全國功能基因組學(xué)高峰論壇是中國基因產(chǎn)業(yè)具有影響力的行業(yè)峰會之一,為展示我國功能基因組學(xué)在多組學(xué)和大數(shù)據(jù)背景下重大研究進(jìn)展,促進(jìn)功能基因組學(xué)各研究領(lǐng)域的交流與合作,加強(qiáng)行業(yè)信息與資源的共享以及成果轉(zhuǎn)化,在高通量測序技術(shù)、多組學(xué)分析方法及生物云蓬勃發(fā)展的背景下,本屆大會將邀請各界領(lǐng)域領(lǐng)軍者共同探索功能基因組學(xué)的新技術(shù)和新思路,以及大數(shù)據(jù)時代下的功能基因組學(xué)發(fā)展方向與未來!
時間:2022年10月17日-20日
地點(diǎn):大會線上直播間
大會官網(wǎng):http://summit.biomarker.com.cn/
隨著基因組組裝(GA)、種質(zhì)資源鑒定(GC)、基因功能鑒定(GI)、基因組育種(GB)、基因編輯(GE)的5G育種策略快速發(fā)展,以高通量測序技術(shù)為基礎(chǔ)的組學(xué)研究已經(jīng)廣泛應(yīng)用于植物研究的各個領(lǐng)域。本次大會特邀植物功能基因組學(xué)、系統(tǒng)與進(jìn)化植物學(xué)、表觀遺傳學(xué)等熱點(diǎn)領(lǐng)域?qū)<引R聚一堂,分享植物研究的前沿技術(shù)、經(jīng)驗成果及發(fā)展前景。
生物大數(shù)據(jù)是21世紀(jì)具有創(chuàng)新力活躍的技術(shù)領(lǐng)域。完整基因組構(gòu)建、動態(tài)三維調(diào)控、功能基因定位、蛋白&代謝等多組學(xué)技術(shù),在動物功能研究上日臻成熟。如何利用大數(shù)據(jù)解析遺傳潛能已成為科研學(xué)者重點(diǎn)研究方向。為了展示和交流動物遺傳學(xué)領(lǐng)域的新成果、新進(jìn)展,共同探討動物領(lǐng)域的熱點(diǎn)、難點(diǎn)問題,本會場特邀動物領(lǐng)域?qū)<覍W(xué)者,圍繞動物起源進(jìn)化及遺傳多樣性、動物育種及重要功能性狀遺傳機(jī)制解析等主題,分享研究進(jìn)展及經(jīng)驗成果。
微生物組是當(dāng)今世界熱門的研究領(lǐng)域之一,新發(fā)現(xiàn),新技術(shù)層出不窮,高通量測序作為微生物組研究的有力工具,在植物-微生物-相互作用,病原微生物與健康,傳染病診斷與防治、微生物生理代謝與合成生物學(xué)等領(lǐng)域發(fā)揮著重要作用。本會場特邀微生物領(lǐng)域?qū)<引R聚一堂,共同探討微生物研究前沿進(jìn)展及經(jīng)驗分享。
疾病的發(fā)生發(fā)展涉及基因變異、基因表達(dá)失調(diào)、表觀遺傳改變、代謝蛋白分子變化等復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò),搭載Nanopore測序技術(shù),聯(lián)合基因表達(dá)量、染色質(zhì)三維構(gòu)象、染色質(zhì)可及性、代謝物和蛋白質(zhì)多肽等熱點(diǎn)研究方向,可以從多組學(xué)維度系統(tǒng)性研究發(fā)病機(jī)理、確認(rèn)疾病靶點(diǎn)和發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)志物。本會場特邀醫(yī)學(xué)領(lǐng)域?qū)<引R聚一堂,共同探討醫(yī)學(xué)研究前沿進(jìn)展及經(jīng)驗分享。
隨著單細(xì)胞和空間多組學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展,開啟生命科學(xué)時空多維新時代,為復(fù)雜疾病的細(xì)胞異質(zhì)性和結(jié)構(gòu)異質(zhì)性研究提供新視角,百邁客自主研發(fā)的百創(chuàng)DG1000單細(xì)胞、百創(chuàng)S1000空間測序技術(shù)不僅開啟了空間轉(zhuǎn)錄組亞細(xì)胞時代,還極大的降低單細(xì)胞&空間組學(xué)科學(xué)應(yīng)用的成本和門檻,同時促進(jìn)了單細(xì)胞空間組學(xué)在生長發(fā)育、疾病機(jī)理、免疫調(diào)控、腫瘤精準(zhǔn)研究等方向的廣泛應(yīng)用。本次論壇特邀請單細(xì)胞、空間轉(zhuǎn)錄組的科學(xué)家和業(yè)界技術(shù)專家齊聚一堂,共同分享該領(lǐng)域的進(jìn)展和未來愿景。
注冊費(fèi):1200元/人
收款單位/開戶名:北京百邁客生物科技有限公司
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5月份,北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院聯(lián)合百邁客生物針對農(nóng)作物應(yīng)用研究方面的前沿技術(shù)開展了學(xué)術(shù)交流。
會上百邁客生物一行針對近期推出的亞細(xì)胞級微孔芯片百創(chuàng)S1000,以及國產(chǎn)化單細(xì)胞儀器百創(chuàng)DG1000與研究院PI們進(jìn)行了熱烈的討論,話題主要集中在如何將新的技術(shù)能更好的應(yīng)用到產(chǎn)品研究中,從而提高農(nóng)業(yè)作物的成果轉(zhuǎn)化。同時,北京大學(xué)鄧興旺院士及百邁客生物董事長鄭洪坤也表示,雙方要加強(qiáng)對外交流,利用雙方的優(yōu)勢來進(jìn)一步開拓大家的科研視野,提升青年科研工作者的科研激情,從而帶領(lǐng)大家一起為國家的“糧食”做好“后勤工作”。
據(jù)悉,北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院是北京大學(xué)與山東省人民政府合作共建。2021年7月研究院正式搬入山東濰坊新院區(qū),新院區(qū)坐落于美麗的峽山風(fēng)景區(qū)旁,占地300畝,目前已建成科研綜合樓、接待中心、會議中心、餐飲中心、高級專家公寓、教師公寓、學(xué)生公寓等7.1萬平米的房屋設(shè)施。
研究院致力于從事基礎(chǔ)研究-應(yīng)用研究-成果轉(zhuǎn)化-產(chǎn)業(yè)扶持的全鏈?zhǔn)浆F(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新工作。?配備冷凍透射電鏡、全套質(zhì)譜分析系統(tǒng)等價值2億多元設(shè)備及241名高精尖專家學(xué)者,?以小麥雜交育種技術(shù)為突破口,解決世界第一大主糧的“芯片”問題,為國家的糧食安全提供技術(shù)保障。同時,以滿足人民美好健康生活為目標(biāo),聚焦農(nóng)業(yè)新業(yè)態(tài),培育果蔬新品種,解決我國蔬果種子攻堅戰(zhàn)中的卡脖子問題。配合“三個模式”的戰(zhàn)略發(fā)展定位,探索農(nóng)業(yè)科技與鄉(xiāng)村振興互促共生的新模式、新路徑,為濰坊乃至山東及全國的農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)高質(zhì)量發(fā)展提供智庫支撐。
未來,北京大學(xué)現(xiàn)代研究院與百邁客將會加深雙方人才及技術(shù)的交流,利用雙方高新技術(shù)及高精尖專業(yè)人才,共同推進(jìn)中國農(nóng)業(yè)科技的發(fā)展,助力中國農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)高質(zhì)量發(fā)展。
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百邁客風(fēng)雨同濟(jì)十三載,感恩諸位科研工作者的支持與肯定!“價”與“禮”均為您呈上!
RT-qPCR包括三大步驟:RNA的提取與質(zhì)量檢測、逆轉(zhuǎn)錄成cDNA、以及實時熒光定量PCR實驗。通過RT-qPCR實驗,可以合成cDNA探針、獲取目的基因、以及分析基因的轉(zhuǎn)錄水平。
從細(xì)胞、組織等樣本中提取出RNA后,需要對提取的RNA的純度、濃度、以及完整性進(jìn)行評估,質(zhì)檢達(dá)標(biāo)后才能進(jìn)行后續(xù)的實驗。一般需要通過紫外分光光度法(Nanodrop儀器)檢測RNA的濃度和純度;Agilent 2100儀器分析RIN值檢測RNA的完整性;以及瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA是否有基因組污染和其他雜質(zhì)污染。
1.RNA的濃度&純度檢測(吸光度法)
由于RNA具有共軛結(jié)構(gòu),可以吸收紫外光,故測定RNA溶液在260 nm的吸光度值,可計算出RNA的含量。其中純度高的RNA,A260/A280比值應(yīng)在1.9~2.2之間,若比值>2.2,表明可能有異硫氰酸,若比值<1.9,表明有蛋白質(zhì)、酚等污染;建議重新提取RNA。
2.RNA完整性檢測(Agilent 2100分析)
RIN值大小反映樣品的完整性,一般RIN值在5~10之間,數(shù)值越接近10表明RNA完整性越高,反之RIN值越小完整性越差(特殊樣品需結(jié)合基線綜合評估)。Agilent 2100檢測不僅可以得到樣品RIN值,還可以得到樣品濃度以及28S/18S比值(原核生物是23S/16S)。
3.基因組及其他雜質(zhì)污染檢測(凝膠電泳)
真核生物RNA特有28S、18S、5S三條帶,進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳分析時,28S條帶的亮度大概是18S條帶的兩倍或者以上,且無拖尾,說明RNA的完整性高、未被其他雜質(zhì)污染。若出現(xiàn)其他條帶、或者條帶彌散拖尾,建議重新提取RNA。
總之,RNA提取的原則:
① 保證RNA一級結(jié)構(gòu)的完整性;
② 不存在對酶存在抑制作用的有機(jī)溶劑,以及過高濃度的金屬離子污染;
③ 其他蛋白質(zhì)、多糖和脂類污染;
④ 排除其他核酸分子(DNA、游離核苷酸等)污染。
cDNA的合成是RT-PCR的重要環(huán)節(jié)。提取完組織或細(xì)胞中的總RNA后,以其中的mRNA作為模板,利用逆轉(zhuǎn)錄酶逆轉(zhuǎn)成第一鏈cDNA,構(gòu)建cDNA文庫,并從中篩選特異的目的基因。該方法已成為基因工程技術(shù)中獲得目的基因的策略之一。
不同mRNA拷貝成cDNA的效率不同;因此,選擇合適的逆轉(zhuǎn)錄酶、二價陽離子、dNTP、引物的選擇等非常重要。具體參數(shù)如下:
1.逆轉(zhuǎn)錄酶
目前市場上有兩種不同的逆轉(zhuǎn)錄酶,一種來自純化的禽成髓細(xì)胞瘤病毒(AMV),由兩條肽鏈組成,具有聚合酶活性和很強(qiáng)的RNA酶H活性,它最適溫度是42?℃,最適pH 8.3。但是高水平的RNA酶H的活性既抑制cDNA產(chǎn)生也限制其長度。
另一種來源于鼠白血病病毒(Mo-MLV)的逆轉(zhuǎn)錄酶,是單肽鏈的,有RNA聚合酶活性和相對較弱的RNA酶H活性,最適溫度37?℃,最適pH 7.6,較弱的RNA酶H活性,可擴(kuò)增2-3 kb的cDNA。
2.單價陽離子
3.二價陽離子
4.dNTP
5.引物的選擇
注意事項?
1.cDNA第一鏈合成的反應(yīng)液需要冰上配制。
2.高純度、完整性好的RNA對于RT-PCR檢測至關(guān)重要。
3.Oligo-dT引物對于大多數(shù)應(yīng)用是常用的,因為它確保所有cDNA拷貝終止于mRNA的3′?末端并可獲得最高產(chǎn)量的全長cDNA。
熒光定量PCR(Real-time Quantitative PCR)是通過檢測DNA雙鏈結(jié)合的染料,是 SYBR? Green I對DNA擴(kuò)增過程中的起始量進(jìn)行定量監(jiān)測的技術(shù)手段。qPCR實驗結(jié)果包含擴(kuò)增曲線和溶解曲線。
注意事項
(1) 請確保引物的正確性和特異性。通常引物終濃度0.2 μM可以得到較好結(jié)果。反應(yīng)性能較差時,可以在0.1~1.0 μM范圍內(nèi)調(diào)整引物濃度。
(2) 擴(kuò)增產(chǎn)物的長度建議選擇在70~200 bp范圍內(nèi)。
(3) 梯度稀釋模板,并依次建立標(biāo)準(zhǔn)曲線。
(4) 建議20 μL反應(yīng)體系中加入1 pg~100 ng的DNA為模板,并設(shè)計無模板對照(NTC)。
(5)?為確保實驗重復(fù)性,建議每個樣品和對照組設(shè)置3個復(fù)孔。
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