做爰无遮挡全过程免费视频,91超碰在线观看 http://cysolarrack.com BioMarker Mon, 03 May 2032 15:33:46 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=4.7.22 http://cysolarrack.com/wp-content/uploads/2020/04/cropped-512-512-32x32.png 文獻(xiàn)秀 – 百邁客生物 http://cysolarrack.com 32 32 柑橘無(wú)融合生殖演化研究【文獻(xiàn)秀第16期】 http://cysolarrack.com/archives/27509 Fri, 01 Jul 2022 06:42:51 +0000 http://cysolarrack.com/?p=27509 2022年6月14日,華中農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝植物生物學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室鄧秀新院士團(tuán)隊(duì)在National Science Review上發(fā)表了題為“Structural variation and parallel evolution of apomixis in citrus during domestication and diversification”的研究論文,首次揭示了柑橘中不同屬間無(wú)融合生殖性狀存在平行進(jìn)化,回答了現(xiàn)代栽培柑橘?gòu)V泛存在無(wú)融合生殖的遺傳機(jī)制。

文獻(xiàn)題目:Structural variation and parallel evolution of apomixis in citrus during domestication and diversification

發(fā)表期刊:《National Science Review》

發(fā)表時(shí)間:2022年6月14日

影響因子:23.18

第一作者:王楠 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)

原文下載:見報(bào)名二維碼

華中農(nóng)業(yè)大學(xué)博士生王楠為該論文第一作者,鄧秀新院士為該論文通訊作者。本期文獻(xiàn)秀,我們就邀請(qǐng)王楠博士為大家?guī)?lái)本篇文獻(xiàn)的科研分享。

活動(dòng)信息

時(shí)間:2022年7月5日

地點(diǎn):在線直播間

活嘉賓簡(jiǎn)介

王楠 博士后

2022年畢業(yè)于華中農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝植物生物學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室鄧秀新院士課題組,現(xiàn)為中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳基因組研究所博士后。主要工作圍繞柑橘無(wú)融合生殖的進(jìn)化研究開展。基于群體基因組學(xué)解析了柑橘無(wú)融合生殖的平行進(jìn)化特征和無(wú)融合生殖廣泛發(fā)生的進(jìn)化機(jī)制。

文獻(xiàn)秀直播報(bào)名

文獻(xiàn)秀直播報(bào)名

文獻(xiàn)詳細(xì)解讀

Natl Sci Rev:柑橘無(wú)融合生殖演化研究

關(guān)于文獻(xiàn)秀

文獻(xiàn)秀是一個(gè)生命科學(xué)優(yōu)秀文獻(xiàn)分享平臺(tái),在這里,我們邀請(qǐng)當(dāng)前熱門科研進(jìn)展文獻(xiàn)的作者,來(lái)給大家分享科研經(jīng)歷。歡迎報(bào)名參與分享加入我們吧。

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轉(zhuǎn)錄組+代謝組聯(lián)合分析:揭示低溫馴化特異性抑制小白菜幼葉葉綠素合成機(jī)制【文獻(xiàn)秀第15期】 http://cysolarrack.com/archives/25867 Wed, 19 Jan 2022 07:28:55 +0000 http://cysolarrack.com/?p=25867 葉片顏色是葉菜類蔬菜育種中的一個(gè)重要性狀。不結(jié)球白菜“Y-05”經(jīng)過低溫馴化后表現(xiàn)為內(nèi)葉黃色,外葉綠色的特殊表型,然而,其變色機(jī)制尚不明確。

2021年4月10日,《BMC plant biology》在線發(fā)表了名為“Cold acclimation can specifically inhibit chlorophyll biosynthesis in young leaves of Pakchoi”研究文章,該研究通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)和非靶向代謝組學(xué)聯(lián)合分析,選擇了候選基因及代謝物,并對(duì)其進(jìn)行功能驗(yàn)證,為解析不結(jié)球白菜“Y-05”葉色變化的機(jī)制提供了一定的依據(jù)。

文獻(xiàn)題目:Cold acclimation can specifically inhibit chlorophyll biosynthesis in young leaves of Pakchoi

發(fā)表期刊:《BMC plant biology》

發(fā)表時(shí)間:2021年4月10日

影響因子:4.215

第一作者:王惠玉? 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)

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本期文獻(xiàn)秀,我們邀請(qǐng)了本篇文章的第一作者王惠玉博士,針對(duì)該篇文章進(jìn)行科研分享及討論答疑

活動(dòng)信息

時(shí)間:1月21日 16:00

形式:免費(fèi)線上直播

嘉賓簡(jiǎn)介

文獻(xiàn)秀第15期嘉賓:王惠玉

王惠玉 博士

南京農(nóng)業(yè)大學(xué)博士在讀,主要研究方向?yàn)椴唤Y(jié)球白菜遺傳育種和分子生物學(xué)研究,非生物脅迫抗性機(jī)制等。

 

掃碼報(bào)名

關(guān)于文獻(xiàn)秀

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基于生物信息學(xué)分析鑒定甘薯塊根發(fā)育相關(guān)基因家族【文獻(xiàn)秀第14期】 http://cysolarrack.com/archives/24344 Tue, 30 Nov 2021 09:32:50 +0000 http://cysolarrack.com/?p=24344 MADS-box基因是植物中最大的轉(zhuǎn)錄因子家族之一,是廣泛存在于真核生物中的一類轉(zhuǎn)錄因子,它在植物生長(zhǎng)發(fā)育中起著重要作用,參與花和果實(shí)的生長(zhǎng)發(fā)育。本期文獻(xiàn)秀就給大家分享一篇基于甘薯MADS-box基因進(jìn)行相關(guān)基因家族分析的案例。

本期分享文獻(xiàn)

文獻(xiàn)題目:Genome-Wide Identification and Expression Analysis of the MADS-Box Gene Family in Sweet Potato [Ipomoea batatas (L.) Lam]

發(fā)表期刊:《Frontiers in Genetics》

發(fā)表時(shí)間:2021年11月

影響因子:4.59

第一作者:邵正偉 廣東海洋大學(xué)

文獻(xiàn)原文:點(diǎn)擊查看

文獻(xiàn)導(dǎo)讀

MADS-box基因是植物中最大的轉(zhuǎn)錄因子家族之一,是廣泛存在于真核生物中的一類轉(zhuǎn)錄因子,它在植物生長(zhǎng)發(fā)育中起著重要作用,參與花和果實(shí)的生長(zhǎng)發(fā)育。甘薯是一類具有很高價(jià)值的糧食作物和能源作物。目前對(duì)甘薯MADS-box基因的報(bào)道較少,對(duì)甘薯MADS-box基因的全基因組鑒定和分類研究尚未見報(bào)道。本研究首次對(duì)甘薯MADS-box基因進(jìn)行了綜合分析,鑒定了甘薯中的MADS-box基因,分析了這些基因的結(jié)構(gòu)和蛋白,并與擬南芥MADS-box蛋白進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。本研究還確定了甘薯MADS-box基因的MADS結(jié)構(gòu)域和核心motif,也在甘薯MADS-box基因的啟動(dòng)子區(qū)域發(fā)現(xiàn)了光響應(yīng)、生長(zhǎng)素響應(yīng)、干旱誘導(dǎo)和茉莉酸甲酯響應(yīng)等順式作用元件,進(jìn)一步揭示了MADS-box基因?qū)Νh(huán)境變化和激素響應(yīng)的調(diào)控基礎(chǔ)。此外,還通過RNA-seq分析了這些基因在不同組織的特異性表達(dá)模式,并進(jìn)行了驗(yàn)證。本研究從多個(gè)角度分析甘薯MADS-box基因的分子基礎(chǔ),研究了MADS-box基因?qū)Ω适砩L(zhǎng)發(fā)育的影響,為甘薯分子育種提供一定的理論依據(jù)。

研究結(jié)果

1、甘薯 MADS-Box家族的鑒定和結(jié)構(gòu)分析

從甘薯全基因組中鑒定出95個(gè)MADS-Box基因,根據(jù)基因結(jié)構(gòu),被分為兩類,I 型和 II型。不同類型的 MADS-Box基因結(jié)構(gòu)有明顯的區(qū)別。大多數(shù)I 型基因長(zhǎng)度小于2 kb, 且具有一至兩個(gè)長(zhǎng)片段外顯子, II型基因長(zhǎng)度超過3 kb, 超過6個(gè)外顯子,大多數(shù)的外顯子片段是短的。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)分析表明甘薯 MADS-box 基因包含除MADS域的其它結(jié)構(gòu)域。大多數(shù)I 型基因包含數(shù)量不等的低復(fù)雜性區(qū)域結(jié)構(gòu)和卷曲線圈區(qū)域結(jié)構(gòu),21個(gè) II型基因包含K-box結(jié)構(gòu)域,K-box結(jié)構(gòu)域通常與SRF型TFs相關(guān),也是 II型MADS-box 基因的特征結(jié)構(gòu)域。

2、MADS 蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化分析

通過MEGA-X構(gòu)建了甘薯,甘薯近緣野生種和擬南芥的MADS-Box蛋白。根據(jù)擬南芥MADS蛋白的分類,甘薯I 型MADS蛋白分為三個(gè)亞家族:Mα, Mβ,和Mγ。II型MADS蛋白質(zhì)分為12個(gè)亞家族。其中,Mα亞家族和Mβ亞家族各有27種蛋白質(zhì),Mγ亞家族中16種蛋白質(zhì)含量較少,這與擬南芥蛋白質(zhì)亞家族的分布相似。然而,甘薯近緣野生種I 型MADS蛋白主要在Mα 亞家族中集中分布,Mβ和Mγ亞家族中各只有一個(gè)MADS-Box基因。甘薯 II型MADS基因在分類上更接近甘薯近緣野生種。甘薯的II型MADS基因沒有出現(xiàn)在 FLC或TT16亞家族中,在其它亞家族中都有分布,有一至六種蛋白質(zhì)。

3.、MADS-Box的染色體定位

對(duì)甘薯中95個(gè)MADS-box基因進(jìn)行了染色體定位。結(jié)果表明,除了LG3染色體外,MADS-box基因在甘薯其他14條染色體上的數(shù)量也有所不同。超過10個(gè)MADS-Box基因分布在LG7、LG8、LG11和LG15染色體上。LG1、LG5和LG12染色體包含較少的MADS-Box基因,只有一到三個(gè)。

4.、MADS蛋白的保守基序分析

甘薯中MADS蛋白基序的數(shù)量存在一定的差異。所有基因都有基序1,可編碼28個(gè)氨基酸。超過90個(gè)基因包含基序2和基序5。這三個(gè)基序編碼的51個(gè)氨基酸是MADS-box基因的核心基序。

5.、MADS-Box基因啟動(dòng)子區(qū)域的順式作用元件分析

根據(jù)在線工具預(yù)測(cè)MADS基因的順式作用元件,所有甘薯MADS-Box基因都含有3-12個(gè)光相應(yīng)元件,ABA響應(yīng)元件、生長(zhǎng)素響應(yīng)元件、還有少量調(diào)節(jié)元件,如晝夜節(jié)律控制元件、分生組織表達(dá)元件、水楊酸響應(yīng)元件、低溫響應(yīng)元件、赤霉素響應(yīng)元件、防御和應(yīng)激響應(yīng)元件,暗示MADS-box基因可以響應(yīng)各種環(huán)境變化,協(xié)調(diào)甘薯的生長(zhǎng)發(fā)育。

6.、MADS-Box基因的表達(dá)譜

為了研究MADS-box基因在甘薯中的表達(dá)模式,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序表明大多數(shù)甘薯MADS-box基因存在表達(dá)特異性。34個(gè)基因在甘薯花和果實(shí)中特異表達(dá),其余基因在營(yíng)養(yǎng)組織如根和莖尖中高表達(dá)。大量I型基因主要在莖尖表達(dá),提示Ⅰ型基因在一定程度上參與了甘薯地上部分的營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)過程。

總體而言,甘薯MADS-box基因參與了甘薯花和果實(shí)等生殖器官的生長(zhǎng)發(fā)育。它們?cè)诟适淼母?、莖和葉等營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)和發(fā)育過程中至關(guān)重要。

本期文獻(xiàn)秀我們邀請(qǐng)到了本篇文獻(xiàn)的第一作者為我們分享他的研究思路和文獻(xiàn)內(nèi)容,活動(dòng)信息如下:

活動(dòng)信息

時(shí)間:12月10日 16:00

形式:免費(fèi)線上直播

本期分享嘉賓

邵正偉 碩士

廣東海洋大學(xué)碩士,研究方向?yàn)楦适磉z傳育種、甘薯塊根發(fā)育機(jī)理相關(guān)研究。目前已發(fā)表一篇中文核心和一篇二區(qū)SCI,擅長(zhǎng)生物信息學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)分析與可視化處理。

 

關(guān)于文獻(xiàn)秀

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【文獻(xiàn)秀第13期】多組學(xué)聯(lián)合分析解析高氮脅迫下蘋果果實(shí)品質(zhì)下降的機(jī)理 http://cysolarrack.com/archives/23791 Tue, 16 Nov 2021 08:27:58 +0000 http://cysolarrack.com/?p=23791 在中心法則中,RNA處于重要的中央樞紐地位,轉(zhuǎn)錄組作為生信科研中的“萬(wàn)金油”,幾乎可以與所有的組學(xué)產(chǎn)品聯(lián)合分析。轉(zhuǎn)錄組代表了基因表達(dá)的中間狀態(tài),可以反映諸如轉(zhuǎn)錄調(diào)控、轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的機(jī)理;蛋白組代表生物體直接功能執(zhí)行狀態(tài),可以反應(yīng)轉(zhuǎn)錄本真實(shí)的表達(dá)情況;而代謝組可以反映生物體表型的狀態(tài)變化。轉(zhuǎn)錄組+蛋白組+代謝組的多組學(xué)分析可以同時(shí)實(shí)現(xiàn)從“因”和“果”兩個(gè)層面來(lái)探究生物學(xué)問題,相互間進(jìn)行驗(yàn)證,從海量的數(shù)據(jù)中篩選出關(guān)鍵基因、蛋白質(zhì)及代謝通路,解釋生物過程的復(fù)雜性和整體性,提高文章的水平。

本期文獻(xiàn)秀直播就分享一篇案例,帶領(lǐng)大家進(jìn)入多組學(xué)聯(lián)合分析的新視野。

本期分享文獻(xiàn)

文獻(xiàn)題目:Multiomics analysis reveals new insights into the apple fruit quality decline under high nitrogen conditions

發(fā)表期刊:《Journal of Agricultural and Food Chemistry》

發(fā)表時(shí)間:2021年05月

影響因子:5.279

第一作者:王芬 山東農(nóng)業(yè)大學(xué)

文獻(xiàn)解讀點(diǎn)擊查看

原文下載點(diǎn)擊下載

活動(dòng)信息

時(shí)間:11月26日 16:00

形式:免費(fèi)線上直播

文獻(xiàn)研究背景

? ? ? 氮是果樹必需礦質(zhì)元素中的核心元素,對(duì)果實(shí)產(chǎn)量的形成和品質(zhì)的提高具有重要作用。然而,氮肥的過量施用是我國(guó)蘋果生產(chǎn)中普遍存在的問題。過量施氮不僅導(dǎo)致氮肥利用率下降和環(huán)境污染問題,還會(huì)導(dǎo)致蘋果品質(zhì)下降,影響經(jīng)濟(jì)效益。因此研究過量施氮導(dǎo)致蘋果品質(zhì)下降的生理機(jī)制,對(duì)改變蘋果園氮肥施用現(xiàn)狀、減少氮肥的投入與提高蘋果品質(zhì)具有重要意義。為此,以富士蘋果樹為試材,采用轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)聯(lián)合分析,結(jié)合15N和13C同位素雙標(biāo)記技術(shù),研究了高氮對(duì)蘋果碳代謝通路、氮代謝通路、碳-氮營(yíng)養(yǎng)及果實(shí)品質(zhì)的影響,以期為蘋果降氮提質(zhì)提供理論依據(jù)。

本期分享嘉賓

王芬 博士

山東農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院果樹學(xué)博士。研究方向?yàn)楣麡錉I(yíng)養(yǎng)生理與生物信息學(xué)。以第一作者在Journal of Agricultural and Food Chemistry, Science of the Total Environment, Frontiers in Plant Science等期刊發(fā)表論文4篇,累計(jì)影響因子24.7。

活動(dòng)報(bào)名

關(guān)于文獻(xiàn)秀

文獻(xiàn)秀是一個(gè)生命科學(xué)優(yōu)秀文獻(xiàn)分享平臺(tái),在這里,我們邀請(qǐng)當(dāng)前熱門科研進(jìn)展文獻(xiàn)的作者,來(lái)給大家分享科研經(jīng)歷。這里有一群可愛的科研人,你也掃碼加入我們吧。

 

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【文獻(xiàn)秀第12期】比較基因組分析揭示了轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)的棉花基因組擴(kuò)張和染色質(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)化的奧秘 http://cysolarrack.com/archives/23289 Thu, 04 Nov 2021 09:57:01 +0000 http://cysolarrack.com/?p=23289 2021年5月,華中農(nóng)業(yè)大學(xué)棉花遺傳改良團(tuán)隊(duì)研究成果“Comparative genome analyses highlight transposon-mediated genome expansion and the evolutionary architecture of 3D genomic folding in cotton”發(fā)表于國(guó)際學(xué)術(shù)期刊Molecular Biology and Evolution(IF:16.241)。華中農(nóng)業(yè)大學(xué)王茂軍教授和李健英博士為論文共同第一作者,張獻(xiàn)龍教授、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所王坤波研究員和愛荷華州立大學(xué)Jonathan F. Wendel教授為共同通訊作者。

該研究首次公布了棉屬中二倍體圓葉棉基因組,并對(duì)亞洲棉和雷蒙德氏棉基因組進(jìn)行了升級(jí),解析了轉(zhuǎn)座子活動(dòng)驅(qū)動(dòng)的基因組大小進(jìn)化特征,從轉(zhuǎn)座子擴(kuò)增和染色質(zhì)空間結(jié)構(gòu)角度為棉花物種進(jìn)化提供新的見解,為植物中轉(zhuǎn)座子活動(dòng)介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控進(jìn)化研究提供參考。

本期文獻(xiàn)秀我們邀請(qǐng)了李健英博士為我們分享棉花轉(zhuǎn)座子與基因組三維結(jié)構(gòu)進(jìn)化的奧秘。

活動(dòng)信息

時(shí)間:11月12日 16:00

形式:免費(fèi)線上直播

本期分享文獻(xiàn)

文獻(xiàn)題目:Comparative Genome Analyses Highlight Transposon-Mediated Genome Expansion and the Evolutionary Architecture of 3D Genomic Folding in Cotton

發(fā)表期刊:《Molecular Biology And Evolution》

發(fā)表時(shí)間:2021年05月

影響因子:16.24

第一作者: 李健英 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)

文獻(xiàn)原文下載:點(diǎn)擊下載

詳細(xì)文獻(xiàn)解讀:點(diǎn)擊查看

本期分享嘉賓

李健英 博士后

李健英,華中農(nóng)業(yè)大學(xué)博士后,作物遺傳改良國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室Research Associate。近年來(lái),挖掘了棉花受蟲害侵染后的基因庫(kù);剖析了棉花再生的分子機(jī)制和基因編輯脫靶效應(yīng);組裝了多個(gè)棉花參考基因組和泛基因組;揭示了棉花屬基因組大小進(jìn)化規(guī)律;解析了纖維品質(zhì)性狀形成的基因組學(xué)基礎(chǔ)。從2016年至今,以第一(含共同)作者在Genome Biology, Molecular Biology and Evolution, Plant Biotechnology Journal (3篇)等發(fā)表6篇,以參與作者在Nature Genetics, Nature Plants, Advanced Science等發(fā)表15篇,被引超過1200次。主持了國(guó)家自然科學(xué)基金、博士后面上基金、湖北省博士后創(chuàng)新崗位等項(xiàng)目,獲得了中國(guó)作物學(xué)優(yōu)秀博士論文。受邀在國(guó)際動(dòng)植物基因組大會(huì)、華人基因組沙龍、長(zhǎng)三角博士生論壇等作報(bào)告5次。

 

 

關(guān)于文獻(xiàn)秀

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【文獻(xiàn)秀第11期】成功案例|轉(zhuǎn)錄組分析揭示了不同土壤含水量條件下甘肅內(nèi)生真菌改變了宿主醉馬草激素生物合成和響應(yīng)通路 http://cysolarrack.com/archives/22426 Tue, 28 Sep 2021 03:41:59 +0000 http://cysolarrack.com/?p=22426 本期分享文獻(xiàn)

中文題目:轉(zhuǎn)錄組分析揭示了不同土壤含水量條件下甘肅內(nèi)生真菌改變了宿主醉馬草激素生物合成和響應(yīng)通路

英文題目:Transcriptome Analysis Revealed Plant Hormone Biosynthesis and Response Pathway Modification by Epichlo? gansuensis in Achnatherum inebrians under Different Soil Moisture Availability

期刊: Journal of Fungi

影響因子:5.816 (2020年)

發(fā)表時(shí)間:2021年08月

文獻(xiàn)解讀:點(diǎn)擊這里

第一作者:趙振銳 蘭州大學(xué)

直播文獻(xiàn)研究背景

干旱是影響植物正常生長(zhǎng)和限制作物產(chǎn)量的重要因素之一。醉馬草是禾本科芨芨草屬的多年生草本植物,廣泛分布在我國(guó)西北地區(qū)。野生醉馬草內(nèi)生真菌帶菌率近乎100%,二者的互利共生使醉馬草適應(yīng)了我國(guó)西北地區(qū)長(zhǎng)期干旱的氣候。本研究以醉馬草內(nèi)生真菌共生體為試驗(yàn)材料,在溫室盆栽條件下設(shè)置三個(gè)水分梯度處理,通過形態(tài)學(xué)指標(biāo)的測(cè)定結(jié)合轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的分析,明確內(nèi)生真菌和水分互作對(duì)醉馬草激素合成和響應(yīng)通路上差異基因表達(dá)的影響,并通過ELISE測(cè)定水楊酸和茉莉酸含量,從植物激素的視角來(lái)探究?jī)?nèi)生真菌提高宿主醉馬草對(duì)干旱脅迫的響應(yīng)機(jī)理。

本期文獻(xiàn)秀,我們就邀請(qǐng)了本文的第一作者趙振銳來(lái)給大家分享該篇文獻(xiàn)的科研經(jīng)歷。

活動(dòng)信息

時(shí)間:09月28日 16:00

形式:免費(fèi)線上直播

嘉賓介紹

趙振銳 碩士

畢業(yè)于蘭州大學(xué)草地農(nóng)業(yè)科技學(xué)院,獲得推免資格在蘭州大學(xué)草地農(nóng)業(yè)科技學(xué)院攻讀碩士學(xué)位,主要研究方向?yàn)橹参?微生物互作提高宿主植物抗逆機(jī)理研究,以第一作者在《草業(yè)科學(xué)》和《Journal of Fungi》期刊發(fā)表文章各一篇,授權(quán)國(guó)家計(jì)算機(jī)軟件著作權(quán)1件。

報(bào)名方式

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文獻(xiàn)秀是一個(gè)生命科學(xué)優(yōu)秀文獻(xiàn)分享平臺(tái),在這里,我們邀請(qǐng)當(dāng)前熱門科研進(jìn)展文獻(xiàn)的作者,來(lái)給大家分享科研經(jīng)歷。這里有一群可愛的科研人,你也掃碼加入我們吧。

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紅樹林根系連續(xù)區(qū)間中抗生素抗性基因和病原菌的流行情況【文獻(xiàn)秀第10期】 http://cysolarrack.com/archives/22100 Thu, 09 Sep 2021 07:45:14 +0000 http://cysolarrack.com/?p=22100 活動(dòng)信息

時(shí)間:09月17日 16:00

形式:免費(fèi)線上直播

文獻(xiàn)研究背景

植物的根往往被土壤細(xì)菌所侵染,這些細(xì)菌被認(rèn)為是抗生素抗性基因(ARGs)的主要接納體。ARGs可以在這些微生物和病原體之間轉(zhuǎn)移,但這些ARGs和病原體在多大程度上從土壤傳播到植物的機(jī)制還不清楚。作者使用擴(kuò)增子和宏基因組測(cè)序研究了紅樹林幼樹土壤-根系連續(xù)體的高分辨率抗性剖面。數(shù)據(jù)顯示,91.4%的ARGs在4個(gè)與根系相關(guān)的空間(內(nèi)圈、epis圈、根圈和未種植土壤)共享。與微生物區(qū)隔選擇動(dòng)力學(xué)不同,導(dǎo)入以一種連續(xù)的方式散布在土壤-根系連續(xù)體上。這種傳播與潛在的根系相關(guān)的細(xì)菌和真菌微生物群無(wú)關(guān),但可能是由多種可移動(dòng)遺傳元素促進(jìn)。創(chuàng)傷弧菌、致病性大腸埃希菌和肺炎克雷伯菌作為多藥耐藥病原菌,在4個(gè)隔室中均占主導(dǎo)地位,表明抗生素病原菌可能沿土壤-根系連續(xù)體傳播。通過解讀根系相關(guān)抗性和病原體的形態(tài)和動(dòng)態(tài),作者的研究確定了土壤-根系連續(xù)體是一個(gè)相互連接的匯,通過它,某些ARGs和病原體可以從土壤流向植物。
本期文獻(xiàn)秀,我們就邀請(qǐng)了本文的第一作者胡瑞文博士來(lái)給大家分享該篇文獻(xiàn)的科研經(jīng)歷。

本期分享文獻(xiàn)

文獻(xiàn)題目:Prevalence of antibiotic resistance genes and bacterial pathogens along the soil-mangrove root continuum

發(fā)表期刊:《Journal of Hazardous Materials 》

發(fā)表時(shí)間:2021年4月

影響因子:10.588

第一作者:胡瑞文 中山大學(xué)

點(diǎn)擊查看文獻(xiàn)解讀:

https://mp.weixin.qq.com/s/mSf-OFUapJw6Upy1Yf9BYg

本期分享嘉賓

胡瑞文 博士

主要從事環(huán)境微生物組相關(guān)研究,關(guān)注的研究方向:1,環(huán)境污染物的微生物降解;2,環(huán)境微生物的相互作用機(jī)制; 3,河口與海洋生態(tài)系統(tǒng)中微生物介導(dǎo)的元素循環(huán)。

張雨 研發(fā)工程師

畢業(yè)于武漢大學(xué),具有5年微生物組學(xué)研究經(jīng)驗(yàn),目前負(fù)責(zé)宏基因組生信分析相關(guān)研發(fā)工作。

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文獻(xiàn)秀是一個(gè)生命科學(xué)優(yōu)秀文獻(xiàn)分享平臺(tái),在這里,我們邀請(qǐng)當(dāng)前熱門科研進(jìn)展文獻(xiàn)的作者,來(lái)給大家分享科研經(jīng)歷。這里有一群可愛的科研人,你也掃碼加入我們吧。

 

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黑麥草根際碳水化合物代謝驅(qū)動(dòng)菲降解微生物群落的變化【文獻(xiàn)秀第9期】 http://cysolarrack.com/archives/21768 Tue, 24 Aug 2021 03:43:42 +0000 http://cysolarrack.com/?p=21768

植物通常通過多種機(jī)制促進(jìn)污染物的生物修復(fù),如各種根分泌物如糖、有機(jī)酸、蛋白質(zhì)可以通過增加微生物種群和降解基因的豐度和多樣性,以及促進(jìn)有機(jī)污染物降解酶的發(fā)展。然而,有報(bào)道稱根系分泌物對(duì)有機(jī)污染物的降解沒有影響或有負(fù)面影響。因此,對(duì)植物輔助微生物降解的更好理解尚待確定。

在本研究中,研究團(tuán)隊(duì)利用DNA穩(wěn)定同位素探測(cè)(SIP)和宏基因組學(xué)研究黑麥草在土壤菲降解中的作用,以揭示植物修復(fù)研究中相互矛盾的結(jié)果的可能解釋。2020年12月29日,研究成果以“Shifts in a Phenanthrene-Degrading Microbial Community are Driven by Carbohydrate Metabolism Selection in a Ryegrass Rhizosphere”為題,在線發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊Environmental Science & Technology。本期文獻(xiàn)秀邀請(qǐng)了本文第一作者江龍飛博士為大家?guī)?lái)該科研項(xiàng)目的研究經(jīng)歷。

本期分享文獻(xiàn)

文獻(xiàn)題目:Shifts in a Phenanthrene-Degrading Microbial Community are Driven by Carbohydrate Metabolism Selection in a Ryegrass Rhizosphere

發(fā)表期刊:《Environmental Science & Technology?》

發(fā)表時(shí)間:2021年2月

影響因子:7.653

第一作者:江龍飛?中國(guó)科學(xué)院廣州地球化學(xué)研究所

活動(dòng)信息

時(shí)間:8月26日 16:00

形式:免費(fèi)線上直播

本期分享嘉賓

江龍飛?博士

主要從事環(huán)境污染微生物修復(fù)研究。提出了基因同義非同義突變比值可以作為微生物環(huán)境壓力響應(yīng)指標(biāo),解決了植物對(duì)微生物修復(fù)能力影響存在矛盾性結(jié)果的背后機(jī)制,證實(shí)延胡索酸能夠作為有機(jī)污染修復(fù)增強(qiáng)劑,并明確了植物根系自然腐爛過程對(duì)功能微生物特別是污染物降解菌的影響。

余衫 研發(fā)工程師

畢業(yè)于華中農(nóng)業(yè)大學(xué),目前任百邁客微生物產(chǎn)品部研發(fā)工程師

分享主題

時(shí)間 主題
16:00-16:40 江龍飛:黑麥草根際碳水化合物代謝驅(qū)動(dòng)菲降解微生物群落的變化
16:40-17:20 余衫:如何利用百邁客云進(jìn)行微生物多樣性和宏基因組數(shù)據(jù)分析

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【文獻(xiàn)秀第8期】基于二代以及三代測(cè)序技術(shù)對(duì)常用昆蟲共生微生物樣品保存方法的評(píng)估 http://cysolarrack.com/archives/21468 Mon, 09 Aug 2021 08:05:33 +0000 http://cysolarrack.com/?p=21468 本期分享文獻(xiàn)

文章題目:Evaluation of Sample Preservation Approaches for Better Insect Microbiome Research According to Next-Generation?and Third-Generation Sequencing

發(fā)表期刊:《Microbial Ecology》

發(fā)表時(shí)間:2021年3月

影響因子:4.55

第一作者:楊子文 中山大學(xué)

原文下載>>點(diǎn)擊下載

昆蟲的共生微生物參與了寄主生存與適應(yīng)的諸多重要環(huán)節(jié),包括消化、營(yíng)養(yǎng)和防御等,時(shí)常發(fā)揮著關(guān)鍵的作用,因此也被視為推動(dòng)昆蟲快速演化的關(guān)鍵因素之一。隨著對(duì)于昆蟲共生微生物的研究從模式生物和經(jīng)濟(jì)類群逐漸拓展到更大多樣性規(guī)模的昆蟲物種,如何在長(zhǎng)時(shí)間的野外采集工作中高質(zhì)量地保存樣品,也成為后續(xù)研究中需要有效應(yīng)對(duì)的一項(xiàng)挑戰(zhàn)。

本文對(duì)昆蟲樣品野外保藏的四種常見方法進(jìn)行了評(píng)估,并分別采用了二代測(cè)序技術(shù)以及三代測(cè)序技術(shù)對(duì)平行數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。2021年3月11日,研究成果以“Evaluation of Sample Preservation Approaches for Better Insect Microbiome Research According to Next-Generation and Third-Generation Sequencing”為題,發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊《MICROBIAL ECOLOGY》上。

本期文獻(xiàn)秀邀請(qǐng)了本文第一作者楊子文博士為大家?guī)?lái)該科研項(xiàng)目的研究經(jīng)歷。

活動(dòng)信息

時(shí)間:8月13日 16:00

形式:免費(fèi)線上直播

本期分享嘉賓

楊子文 博士

中山大學(xué)生態(tài)學(xué)專業(yè),獲得南京大學(xué)學(xué)士學(xué)位以及中山大學(xué)碩士學(xué)位。研究方向?yàn)槔媒M學(xué)技術(shù)以及生物信息學(xué)研究蝽類昆蟲與微生物共生關(guān)系的演化。

李漢洲 產(chǎn)品經(jīng)理

畢業(yè)于哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,具有6年微生物組學(xué)研究經(jīng)驗(yàn),現(xiàn)任百邁客微生物產(chǎn)品經(jīng)理。

 

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時(shí)間 主題
16:00-16:40 楊子文:基于二代以及三代測(cè)序技術(shù)對(duì)常用昆蟲共生微生物樣品保存方法的評(píng)估
16:40-17:20 李漢洲:Pacbio測(cè)序技術(shù)在微生物多樣性研究中的優(yōu)勢(shì)
17:20-17:30 討論環(huán)節(jié)

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【文獻(xiàn)秀第7期】取食不同寄主植物的梨小食心蟲腸道細(xì)菌群落比較 http://cysolarrack.com/archives/21421 Mon, 26 Jul 2021 09:13:28 +0000 http://cysolarrack.com/?p=21421 昆蟲腸道中含有大量的共生微生物,在長(zhǎng)期的共同進(jìn)化過程中,昆蟲與腸道微生物形成了相互依存的共生關(guān)系。昆蟲為腸道微生物提供了穩(wěn)定的生存環(huán)境和必需的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì),腸道微生物也參與了昆蟲的各種代謝過程,為昆蟲提供了一些營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)并消化了復(fù)雜的碳水化合物。梨小食心蟲(Grapholita molesta)是一種重要的果樹害蟲,其幼蟲對(duì)生物防治劑的敏感性因寄主的特異性和腸道菌群的多樣性而異。

2021年6月5日,《International Journal of Molecular Sciences》在線發(fā)表了名為“Comparison of Gut Bacterial Communities of Grapholita molesta (Lepidoptera: Tortricidae) Reared on Different Host Plants”的研究文章,該文章基于16S rDNA測(cè)序技術(shù),對(duì)采食人工飼料(蘋果、梨、油桃、桃子、李子和桃芽)的梨小食心蟲腸道菌群結(jié)構(gòu)進(jìn)行了研究,探討了寄主植物對(duì)其腸道菌群的影響。

本期文獻(xiàn)秀,我們邀請(qǐng)了該論文的第二作者張宣博士,為大家?guī)?lái)該科研項(xiàng)目的研究經(jīng)歷。

活動(dòng)信息

時(shí)間:7月30日 16:00

形式:免費(fèi)線上直播

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英文題目:Comparison of Gut Bacterial Communities of Grapholita molesta (Lepidoptera: Tortricidae) Reared on Different Host Plants

發(fā)表雜志:《International Journal of Molecular Sciences》

發(fā)表時(shí)間:2021年6月

影響因子:5.923

第一作者:張宣

文獻(xiàn)原文:點(diǎn)擊下載

 

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張宣 博士

西北農(nóng)林科技大學(xué)植物保護(hù)專業(yè)博士在讀,研究方向?yàn)檗r(nóng)業(yè)昆蟲與害蟲防治。致力于運(yùn)用多組學(xué)及生物信息學(xué)方法解決梨小食心蟲在不同寄主間的適應(yīng)機(jī)制。

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取食不同寄主植物的梨小食心蟲腸道細(xì)菌群落比較

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