中文名: 番茄果實(shí)成熟過(guò)程中環(huán)狀RNA及其靶標(biāo)基因的識(shí)別
英文名: Identification of circular RNAs and their targets during tomato fruit ripening pathway in tomato
雜志：Postharvest Biology and Technology，2018，JCR園藝學(xué)1區(qū)
影響因子：3.24

研究目的
CircRNA-seq識(shí)別果實(shí)成熟過(guò)程中的circRNA，并對(duì)其基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行生物信息學(xué)分析
材料方法
供試番茄品種為‘Ailsa Craig’，以綠熟期和紅熟期的果實(shí)作為材料
測(cè)序方法及數(shù)據(jù)量
百邁客Illumina Hiseq 2000平臺(tái)，去核糖體去線性RNA后建庫(kù)測(cè)序，綠熟期數(shù)據(jù)量6Gb，紅熟期數(shù)據(jù)量9Gb。

研究結(jié)果
① 番茄果實(shí)成熟過(guò)程中circRNA的鑒定和特征分析
通過(guò)circRNA-Seq完成番茄綠熟期和紅熟期果實(shí)中circRNA的鑒定和基本特征分析。在兩個(gè)樣品中，共檢測(cè)到705個(gè)表達(dá)的circRNA，其中237個(gè)僅在綠熟期果實(shí)中表達(dá)，118個(gè)僅在紅熟期果實(shí)中表達(dá)。在705個(gè)circRNA中，有534（75.74%）、147（20.85%）和24（3.40%）個(gè)分別起源于外顯子、內(nèi)含子和基因間隔區(qū)。此外，1號(hào)染色體產(chǎn)生的circRNA數(shù)目最多，其次是7號(hào)和11號(hào)染色體，并且產(chǎn)生的大部分circRNA的長(zhǎng)度小于2kb。可變剪切分析識(shí)別到136個(gè)源于56個(gè)獨(dú)立的染色體位點(diǎn)的可變反向環(huán)化剪切事件，其中39個(gè)源于外顯子區(qū)域，16個(gè)源于基因間隔區(qū)，1個(gè)源于內(nèi)含子區(qū)域。

圖1 circRNA基本特征分析

(A)：共表達(dá)和特異表達(dá)分析；(B)：來(lái)源分析；(C)：染色體分布分析；(D)：長(zhǎng)度分析；(E)：可變剪切分析。

② 差異表達(dá)circRNA注釋和功能富集
在705個(gè)檢測(cè)到的circRNA中，340個(gè)在綠熟期和紅熟期果實(shí)中差異表達(dá)，其中221個(gè)上調(diào)表達(dá)，119個(gè)下調(diào)表達(dá)。GO分析的結(jié)果表明，這些親本基因主要可以富集到3個(gè)主要的GO條目中，包括23個(gè)生物學(xué)過(guò)程，13個(gè)細(xì)胞組分，和12個(gè)分子功能。其中，和果實(shí)成熟相關(guān)的GO條目，包括細(xì)胞壁單元組織和生物合成（GO:0071554）、激酶活性（GO:0016301）、磷酸轉(zhuǎn)移酶活性（GO:0016773）以及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)活性（GO:0004871）等均顯著富集，表明這些circRNA可能參與番茄果實(shí)成熟的調(diào)控。

圖2 circRNAs表達(dá)分析和Gene Ontology（GO）功能注釋

（A）：circRNAs表達(dá)模式分析。紅色、藍(lán)色和黑色的點(diǎn)分別代表上調(diào)、下調(diào)和正常表達(dá)的circRNAs；
（B）：基于親本基因?qū)ircRNAs進(jìn)行Gene Ontology（GO）功能注釋。以biological process，molecular function和cellular component對(duì)GO terms進(jìn)行大類劃分；
（C）：番茄果實(shí)成熟過(guò)程中circRNA顯著富集的GO terms.

③circRNA作為miRNA海綿體調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄
為了進(jìn)一步揭示circRNA在果實(shí)成熟中的作用，我們對(duì)circRNA靶向的miRNA以及miRNA的靶標(biāo)mRNA進(jìn)行了預(yù)測(cè)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)其中20個(gè)circRNA上含有7個(gè)miRNA結(jié)合位點(diǎn)，同時(shí)鑒定出94個(gè)miRNA的靶標(biāo)mRNA。通過(guò)對(duì)鑒定到的94個(gè)靶標(biāo)mRNA進(jìn)行GO富集和KEGG分析，總結(jié)出circRNA可能通過(guò)調(diào)節(jié)代謝過(guò)程、激素平衡以及光合相關(guān)的通路來(lái)調(diào)控番茄果實(shí)成熟。此外，circRNA還可能通過(guò)參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控，主要是通過(guò)調(diào)節(jié)包括ERF、SBP、MYB等果實(shí)成熟相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子，來(lái)調(diào)節(jié)番茄果實(shí)的成熟。

圖3 差異表達(dá)circRNA通過(guò)miRNA調(diào)控mRNA的網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)

圓形、菱形和矩形分別代表circRNAs、miRNAs和mRNAs；紅色和綠色圓環(huán)分別代表上調(diào)和下調(diào)cicrRNA。

圖4 差異表達(dá)circRNAs調(diào)控果實(shí)成熟的可能機(jī)制

參考文獻(xiàn)

Yin J, Liu M, Ma D, et al. Identification of circular RNAs and their targets during tomato fruit ripening. Postharvest Biology and Technology, DOI: 10.1016/j.postharvbio.2018.10.013.( https://authors.elsevier.com/c/1V-~83IS6-Jtxh)

中文名：冷害刺激下番茄中circRNA的作用分析
英文名：Deciphering the roles of circRNAs on chilling injury in tomato
雜志：Biochemical and Biophysical Research Communications，2016
影響因子：2.371

研究背景

circRNA（環(huán)狀RNA）能夠調(diào)控miRNA功能和基因轉(zhuǎn)錄，近期通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)在動(dòng)植物當(dāng)中發(fā)現(xiàn)了大量的circRNA。然而，番茄果實(shí)中的circRNA研究地還很少。番茄是一種常見(jiàn)的茄科蔬菜，對(duì)冷害特別敏感。為了深入理解circRNA在冷害刺激下的作用，這篇文章用高通量測(cè)序技術(shù)研究了番茄果實(shí)中的cricRNA。

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

實(shí)驗(yàn)材料：綠熟期番茄果實(shí)分為兩個(gè)組：
對(duì)照組置于10℃冰箱72小時(shí)；
冷害組置于0℃冰箱72小時(shí)；
取中果皮組織液氮速凍，混樣，用于提取RNA；
共2個(gè)樣品，無(wú)生物學(xué)重復(fù)。
測(cè)序方法：去線性建庫(kù)，Illumina HiSeq 2500，PE125。數(shù)據(jù)量每個(gè)樣品約5G。

技術(shù)路線：

研究結(jié)果

一.番茄中circRNA的鑒定

1.circRNA數(shù)量統(tǒng)計(jì)

2.染色體來(lái)源分析發(fā)現(xiàn)，1號(hào)染色體產(chǎn)生的circRNA最多。

3.為進(jìn)一步了解番茄circRNA的功能，文章分析了circRNA靶向基因，共發(fā)現(xiàn)了862個(gè)靶向基因，并對(duì)這些基因進(jìn)行了GO分析。表明這些基因參與了多種生理過(guò)程，如氧化還原反應(yīng)、細(xì)胞壁降解、脂質(zhì)過(guò)氧化反應(yīng)、茉莉酸代謝和脫落酸代謝等。

二、circRNA作為miRNA的海綿調(diào)控miRNA功能

1、對(duì)circRNA的靶向miRNA分析，發(fā)現(xiàn)102個(gè)circRNA共能夠靶向24個(gè)miRNA。這些靶向的miRNA調(diào)控的基因參與了氧化還原反應(yīng)、細(xì)胞壁降解、熱激蛋白等生理過(guò)程，說(shuō)明circRNA能夠作為miRNA的海綿調(diào)控miRNA功能。

部分miRNA列表

2、在854個(gè)circRNA中，有163個(gè)存在明顯表達(dá)差異。與對(duì)照組相比，冷害組中有138個(gè)上調(diào)的circRNA，25個(gè)下調(diào)的circRNA。

文章亮點(diǎn)

1.circRNA靶向基因分析表明circRNA可能通過(guò)調(diào)節(jié)靶向基因應(yīng)對(duì)冷害刺激；
2.circRNA還可以作為miRNA的吸附海綿調(diào)控miRNA的功能；
3.文章還比較了冷害刺激下番茄果實(shí)circRNA的表達(dá)差異，有163個(gè)存在明顯表達(dá)差異，說(shuō)明番茄果實(shí)的circRNA受冷害脅迫調(diào)節(jié)；