1、根據(jù)已知的 marker gene 來(lái)確定： 根據(jù)之前的經(jīng)驗(yàn)和文獻(xiàn)記載，已知某一些細(xì)胞類(lèi)型會(huì)特異表達(dá)一些 marker gene， 比如 T 細(xì)胞中特異表達(dá)的 CD3/CD4，B 細(xì)胞中表達(dá)的 CD19/CD20 等。

1)根據(jù) marker gene 在 cluster 細(xì)胞中的表達(dá)情況來(lái)確定：利用 Loupe Cell Browser 或其他軟件，標(biāo)記 cell 中表達(dá) marker gene 的情況，來(lái)推測(cè)哪個(gè) cluster 是某種細(xì)胞類(lèi)型。

2)根據(jù)軟件鑒定到的差異表達(dá)基因或者 marker gene 來(lái)確定：Cell-Ranger 與 monocle2（或其他單細(xì)胞分析軟件）均提供 cluster 差異表達(dá)基因的結(jié)果，如果已知某種細(xì)胞的Marker gene，可以在差異基因列表中尋找，是否存在這些 marker gene，從而推測(cè)該cluster 是否為某種細(xì)胞類(lèi)型。

2、根據(jù)基因所在功能通路確定： 不清楚具體的 marker gene，或者某些 cluster 找不到已知的 marker gene。根據(jù)cluster 中差異基因或者共表達(dá)基因所在 KEGG 和 GO 通路，推測(cè)細(xì)胞的功能。

在很多生物進(jìn)程中，細(xì)胞并不是全部同時(shí)處于同一個(gè)時(shí)期的。利用單細(xì)胞基因表達(dá)研究 細(xì)胞分化時(shí)，捕獲到的細(xì)胞通常處于范圍較廣的不同時(shí)期：某些細(xì)胞細(xì)胞還未開(kāi)始分化，某些處于中間狀態(tài)，而另一些可能已經(jīng)分化結(jié)束。所以整體看來(lái)，樣品中的各個(gè)細(xì)胞基因表達(dá)波動(dòng)較大，研究起來(lái)十分復(fù)雜。擬時(shí)間分析根據(jù)基因表達(dá)量信息，計(jì)算細(xì)胞與細(xì)胞時(shí)間的距離，估算出將所有細(xì)胞排列到其擬時(shí)間進(jìn)程后的總最短路徑，幫助了解樣品中細(xì)胞的種類(lèi)與細(xì)胞分化的過(guò)程。

各個(gè)軟件的分析是獨(dú)立的，雖然其中的具體分析內(nèi)容存在交集，比如細(xì)胞聚類(lèi)，差異基因鑒定，功能注釋等，但不同軟件的算法是不一樣的，在查看結(jié)果進(jìn)行后續(xù)解讀時(shí)，切記不要弄混。

Cell-Ranger 是 10x 官方提供的分析軟件，其結(jié)果主要包括在原始的網(wǎng)頁(yè)報(bào)告中，分析內(nèi)容較少，而且可修改以及定制化分析的余地較小；monocle2 是目前主流的單細(xì)胞分析軟件包，由華盛頓大學(xué)的 Cole Trapnell（之前 TopHat 和 Cufflinks 的作者）開(kāi)發(fā)，涵蓋單細(xì)胞分析中的絕大部分，腳本相對(duì)較為靈活，可根據(jù)具體的要求對(duì)參數(shù)和方法進(jìn)行修改，以獲得最佳的結(jié)果；此外，還可以提供 SC3 軟件的分析，根據(jù)后續(xù)項(xiàng)目個(gè)性化的要求，對(duì)結(jié)果進(jìn)行調(diào)整，或者重分析。

不同軟件的分析內(nèi)容，結(jié)果展現(xiàn)形式，均存在一定的差異，具體采用哪一套分析的結(jié)果， 主要依賴(lài)客戶(hù)根據(jù)自身要求，以及結(jié)果與預(yù)期的相符合程度進(jìn)行挑選。