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細(xì)菌完成圖

基因組完整組裝

細(xì)菌基因組完成圖技術(shù)介紹

細(xì)菌基因組完成圖基于Illumina二代測(cè)序以及PacBio/Oxford Nanopore三代測(cè)序平臺(tái)，實(shí)現(xiàn)基因組的完整組裝，獲得全面豐富的基因組信息，從而可在致病性、耐藥性、環(huán)境適應(yīng)性、代謝途徑等多角度進(jìn)行功能基因的深入挖掘，對(duì)微生物不同表型等特性進(jìn)行深層次研究。

產(chǎn)品 測(cè)序策略 指標(biāo) 周期
 

細(xì)菌基因組完成圖

 Illumina?50X?+?ONT?100X  

0?gap

  

31個(gè)自然日
Pacbio HIFI 30X

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)到信息分析的解決方案

提供方案設(shè)計(jì)到售后服務(wù)整的細(xì)菌基因組研究策略，全面豐富的標(biāo)準(zhǔn)分析以及個(gè)性化多角度解決微生物生物學(xué)意義。

  • 方案確定

  • 提取檢測(cè)

  • 建庫(kù)測(cè)序

  • 信息分析

  • 售后服務(wù)

技術(shù)策略與送樣要求

  • 二代測(cè)序深度： ≥50x、
  • 三代測(cè)序深度： ≥100x、承諾指標(biāo)細(xì)菌完成圖 0gap
  • DNA送樣： DNA濃度 ≥20ng/μl（Qubit），DNA質(zhì)量≥3ug（Qubit）DNA電泳條帶單一，無(wú)明顯降解。
  • 菌體送樣： 收集生長(zhǎng)對(duì)數(shù)期菌體，收集離心菌體數(shù)3×10的9次方個(gè)，與無(wú)菌離心管中，液氮速凍干冰運(yùn)輸。

取樣方法 保存及運(yùn)輸
細(xì)菌菌體

  1. 顯微鏡下觀察細(xì)菌生長(zhǎng)狀態(tài)，收集處于對(duì)數(shù)期的細(xì)菌。
  2. 轉(zhuǎn)移適量體積的培養(yǎng)液（含有約3~4.5×109?細(xì)胞）到1.5ml或2ml尖底離心管中（注意冰上操作）。
  3. 14000?×g?離心1?min收集菌體，小心棄掉培養(yǎng)基（要去除干凈）。
  4. 迅速將離心管蓋緊管蓋，投入液氮中速凍（半小時(shí)以上），轉(zhuǎn)移到-80℃冰箱保存
  

 

-80℃冰箱保存，干冰運(yùn)輸

數(shù)據(jù)質(zhì)控

細(xì)菌完成圖三代測(cè)序數(shù)據(jù)下機(jī)后，對(duì)原始的下機(jī)數(shù)據(jù)（Raw?reads）經(jīng)過(guò)數(shù)據(jù)過(guò)濾，可得到高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)（subreads）用于后期拼接組裝分析。

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基因組圈圖

利用已預(yù)測(cè)得到的基因組信息，如重復(fù)序列、GC含量等，應(yīng)用軟件Circos繪制基因組圈圖。Circos可視化基因組，可以更清晰的探索基因組組件或位置之間的關(guān)系。

GO注釋分析

利用預(yù)測(cè)得到的基因序列與GO功能數(shù)據(jù)庫(kù)做blast比對(duì)，可以對(duì)細(xì)菌基因和蛋白質(zhì)進(jìn)行限定和描述。通過(guò)GO分析，可以把基因按照其參與生物學(xué)過(guò)程、構(gòu)成細(xì)胞的成分和實(shí)現(xiàn)的分子功能等進(jìn)行分類。

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進(jìn)化樹(shù)分析

使用基因家族分析中的單拷貝基因家族中的單拷貝基因（物種之間一一對(duì)應(yīng)的直系同源基因）構(gòu)建超級(jí)基因序列，利用phyML軟件構(gòu)建物種系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，從而展現(xiàn)物種間的進(jìn)化親緣關(guān)系。

特有基因代謝通路分析

通過(guò)共有和特有基因分析，某個(gè)物種特有的基因常與該物種特有的環(huán)境或者進(jìn)化過(guò)程相關(guān)，分析物種特有的基因也可能可以解釋物種特有的生命特征。在通用數(shù)據(jù)庫(kù)注釋部分已經(jīng)對(duì)測(cè)序菌株的所有基因進(jìn)行了詳細(xì)的功能注釋。

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成功案例

1、細(xì)菌基因組完成圖為什么要測(cè)二代數(shù)據(jù)？

答：細(xì)菌基因組會(huì)有100x的二代測(cè)序，其一，二代數(shù)據(jù)組裝檢測(cè)細(xì)菌樣品是否有雜菌污染，其二，二代數(shù)據(jù)用于三代數(shù)據(jù)糾錯(cuò)。從而得到完整準(zhǔn)確的細(xì)菌基因組。

2、細(xì)菌基因組完成圖是否可以組裝出質(zhì)粒？

答：細(xì)菌細(xì)胞內(nèi)一般會(huì)純?cè)诓糠仲|(zhì)粒，細(xì)菌基因組完成圖可以組裝出部分質(zhì)粒信息，但是由于建庫(kù)的長(zhǎng)度以及質(zhì)粒的數(shù)量限制，不保證完全組裝出所有質(zhì)粒。

3、細(xì)菌基因組測(cè)序中比較基因組分析是什么？

答：細(xì)菌基因組比較基因組分析，主要是分析有親緣關(guān)系的細(xì)菌基因之間的差別，通過(guò)比較基因組分析親緣遠(yuǎn)近關(guān)系，特有和共有基因以及共線性分析等，找到差異基因，對(duì)差異基因進(jìn)行功能注釋，解析近緣關(guān)系細(xì)菌間生理或形態(tài)差別的原因。

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)與項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)

項(xiàng)目10000+

項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富，完成微生物基因組項(xiàng)目10000+

雙平臺(tái)

ONT、Pacbio雙平臺(tái)，提供多種測(cè)序方案

售后服務(wù)

專業(yè)的售后服務(wù)體系，完善的微生物數(shù)據(jù)挖掘培訓(xùn)班，省時(shí)、省心、省力

高水平分析團(tuán)隊(duì)

豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)

全面的分析內(nèi)容

專業(yè)的售后服務(wù)