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單細胞核轉錄組

挖掘更多潛在致病細胞類型

產品介紹

百邁客單細胞核轉錄組測序(Single Nuclei RNA Sequencing,snRNA-seq):通過提取樣本單細胞核,基于10x Genomics平臺分離、標記細胞核,在單細胞水平研究核基因表達檢測的技術。為腦組織、心臟、腎臟等復雜組織或一些珍稀凍存樣品提供了單細胞水平研究應用平臺,可挖掘更多潛在的致病細胞類型,更易于探討腫瘤細胞異質性和致病機理。

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百邁客單細胞核轉錄組測序技術原理

單細胞懸液或者組織分離單細胞核:通過百邁客優(yōu)化細胞核分離試劑盒提取,清洗和重懸;再通過10x genomics單細胞測序平臺利用微流控、油滴包裹和barcode標記等技術來實現(xiàn)高通量的單細胞核捕獲,構建單細胞核轉錄組文庫,借助Illumina測序平臺對文庫進行測序檢測,即可一次性獲得大量單細胞核的基因表達數(shù)據(jù),從而實現(xiàn)復雜組織或珍貴冷凍樣本在單細胞水平進行基因表達測序。

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單細胞核轉錄組實驗流程圖

??突破scRNA-seq三大挑戰(zhàn)

 

1.新鮮組織、冷凍組織樣本均可適用;

2.避免了組織解離過程中誘導應激相關基因的表達;

3.直接抽核,消化均勻,不具有偏好性,鑒定細胞類型更真實和完整。

 

新突破-適應范圍更廣

新鮮、凍存樣本

腦、心、腎臟等復雜組織

難以解離樣本

酶解離有偏好性樣本

無懼細胞活性

無細胞粒徑局限

產品優(yōu)勢

操作簡單 采用直接抽核方式,而且核膜比細胞膜穩(wěn)定,操作相對簡單
適用范圍廣 新鮮/凍存、難消化、復雜組織類型均可,并且無細胞粒徑活性局限
結果精準 解離過程中無人為引入“轉錄偏好”,結果真實可靠
信息全面 組織細胞消化均一性好,獲取真實的細胞類型組成和比例,鑒定細胞類型更全面和完整
高質量抽核 針對不同組織基于單細胞核分離試劑盒,百邁客優(yōu)化單細胞核懸液制備方法
經(jīng)驗豐富 累計制備100余種組織類型、3000+例的單細胞樣本,超高核抽提經(jīng)驗
強大生信分析 實現(xiàn)單細核數(shù)據(jù)可視化,挖掘更多的罕見細胞類型,提供個性化分析

應用方向

細胞圖譜繪制

生長發(fā)育

神經(jīng)學科研究

腫瘤學研究

干細胞分化

挖掘未識別細胞類型

snRNA-seq可深入挖掘特殊或罕見細胞類型,全面解讀腫瘤疾病致病機理。

結果展示

1
tSNE降維聚類細胞分群
3
特定基因表達小提琴圖
2
細胞軌跡分析
4
marker基因鑒定分析

常見問題

單細胞核和單細胞轉錄組測序區(qū)別

(1)單細胞核RNA測序實驗需要提取分離制備單細胞核懸液,而單細胞轉錄組測序只需要制備單細胞懸液,檢測的基因不同,但是兩者都可以根據(jù)基因表達進行細胞分群。

(2)單細胞核RNA測序可以使用凍存樣本,沒有細胞粒徑局限,適用范圍更廣。

(3)兩者數(shù)據(jù)分析相似,主要分析都是細胞分群、細胞亞群鑒定、marker基因鑒定、細胞群基因表達分析、細胞軌跡分析等。

單細胞核轉錄組測序適用范圍?

1、適用于凍存組織樣品,克服單細胞轉錄組測序需要樣本新鮮和時效性局限;

2、適用于難以制備單細胞懸液的組織樣品,比如腦組織、心臟、腎臟等復雜組織;

3、酶解離有偏好性的樣本更適用單細胞核RNA測序,獲取真實的細胞類型組成和比例;

4、適用于細胞粒徑過大,細胞不規(guī)則,細胞活性偏低的樣本,比如神經(jīng)元細胞、心肌細胞、骨骼肌纖維細胞等;

5、適用于無法獲取高質量原生質體,提取細胞核進行單細胞水平研究。

經(jīng)典案例

snRNA-seq挖掘新的調節(jié)產熱的脂肪細胞亞群

脂肪組織通常根據(jù)其功能分為白色、棕色或米色(brite) ,它是系統(tǒng)代謝的重要調節(jié)因子,肥胖中脂肪組織功能失調可導致多種繼發(fā)性代謝并發(fā)癥,同時通過旁分泌和內分泌信號調節(jié)系統(tǒng)的新陳代謝。本文作者利用單細胞核RNA測序(snRNA-seq)分析小鼠和人的脂肪組織細胞的異質性,結果在小鼠體內發(fā)現(xiàn)了一種罕見的脂肪細胞亞群,并且證實該細胞亞群可以通過醋酸鹽介導的調節(jié)其產熱能力來調控鄰近脂肪細胞的活動。由此可見snRNA-seq可挖掘更多潛在的細胞類型,更易于探討腫瘤細胞異質性和致病機理。

文獻原文:snRNA-seq reveals a subpopulation of adipocytes that regulates thermogenesis. 2020, Nature, IF=42.778

1
snRNA-seq揭示了罕見的脂肪細胞群(CYP2E1 + ALDH1A1 + Cell)

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