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單倍型基因組

發(fā)掘優(yōu)異等位基因變異

技術介紹

大多數(shù)二倍體基因組組裝都忽略了同源染色體之間的差異,將基因組組裝成一個假的單倍體序列,這是二倍體類型的組裝的人為共識。這種人為共識可能導致基因注釋的不準確和生物學解釋的錯誤。

隨著研究的深入,發(fā)現(xiàn)僅單套的基因組數(shù)據(jù)難以完全演示該物種的全面信息。同源染色體之間不同遺傳位點的組合對生物表型有重要影響,如動植物中的雜種優(yōu)勢、某些物種雜交不育現(xiàn)象等。單倍型等位基因間差異對基因表達、功能及其表型都有著重要影響,大多數(shù)雜交品種的優(yōu)勢表型都受等位基因調(diào)控。

通過單倍型的分析,可為解析物種重要性狀形成的遺傳機制奠定重要基礎。單倍型在群體遺傳學上可分析等位基因間差異,追蹤個體親緣關系,了解生物遷徙模式和進化歷史;在農(nóng)業(yè)上發(fā)掘優(yōu)異等位基因變異,探索雜種優(yōu)勢理論等。

單倍型基因組組裝方法 Tang et al., Biotechnology Bulletin, 2021

技術特點

  • 可以對組裝的單倍型基因組的基因特征比較

  • 檢測單倍型基因組間的結構變異

  • 分析單倍型基因組上基因表達情況,結合物種組織部位、發(fā)育時期研究等位基因不平衡表達

  • 分析結構變異所在基因或者附件基因的表達情況

技術路線

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測序策略

測序類型

完成周期

組裝指標

測序深度

文庫大小

無親本 3-6個月(組裝注釋) (視物種具體情況而定) 單套ContigN50≥2Mb(視物種具體情況而定) 單套基因組HiFi數(shù)據(jù)≥30x HiFi:15-20kb
有親本 雙親二代數(shù)據(jù)≥50x 單套基因組HiFi數(shù)據(jù)≥30x 二代:350bp HiFi:15-20kb

結果展示

八倍體草莓單倍型基因組特征圖 (Mao JX et al., Horticulture Research, 2023)
獼猴桃單倍型基因組的等位基因變異和等位基因特異行表達(ASE)基因 (Han X et al., Molecular Plant, 2023)

合作案例文獻

百邁客生物服務優(yōu)勢

同時具備主流三代測序平臺PacBio與Nanopore,通量充足,測序模式隨心選

多年基因組組裝項目經(jīng)驗,專業(yè)的個性化分析團隊,基因組項目可輕松應對

基因組成功案例200+,影響因子2000+

實驗與生信分析,軟著+專利雙重加持

百邁客生物服務流程

  • 樣品寄送

  • 建庫測序

  • 數(shù)據(jù)分析

  • 出具報告

  • 售后答疑

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