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S1000-Nanopore 空間全長轉錄組

產品簡介

產品基于百創(chuàng)S1000亞細胞級空間轉錄組芯片與ONT測序平臺相結合,利用ONT平臺的超長讀長與S1000較傳統(tǒng)平臺而言更長的Spatial Barcode(70bp),在后續(xù)的數(shù)據拆分無需依賴NGS的數(shù)據。除空間位置基因表達情況外還可以獲得基因結構信息的空間位置。

技術流程與管理

通過空間轉錄組的切片、組織優(yōu)化(摸索最*透化時間)、基因表達步驟后。使得每個mRNA分子帶有Spatial Barcode,在建庫測序時選擇ONT平臺進行上機測序。通過后續(xù)的配套分析軟件完成從下機數(shù)據到基因表達矩陣的構建。

BMKMANU S1000 Full-length Transcriptome By Nanopore

數(shù)據展示

TGS(Third-generation sequencing)數(shù)據

全長數(shù)據拆分出的Valid Barcode 百分比為73.85%,與二代數(shù)據(88.85%)相比,差別不大,相對于之前相差幾倍而言這無疑是一個大的進步。數(shù)據比對到基因組,轉錄本,轉錄本區(qū)域內且擁有完整Barcode的比率分別為95.33%、66.44%、49.55%。

Number of Reads Number of Base Reads with Valid Barcode Bases with Valid Barcodes N50 Bases Mapped to Transcriptome Bases Mappedto Transcriptome And with Valid Barcode
105,553,898 70,516,281,320 73.85%88.85% 73.42% 740 66.44% 49.55%

相關性分析與降維聚類

數(shù)據的相似性與準確性進行了展示與介紹,無論是二代與三代數(shù)據的UMI/Gene counts per spot的相關性還是tSEN/U-MAP的降維聚類,都顯示該產品具有非常高的準確性。這充分說明百創(chuàng)S1000全長轉錄組產品完全可以獨立進行數(shù)據的拆分與挖掘分析,無需依賴NGS數(shù)據的校正。

可變剪接與基因融合

空間三代全長轉錄組可以對結構進行分析。在50μm(Level7)分辨率下,對各Culster的可變剪接的事件數(shù)量進行了分析。結果顯示外顯子跳躍的類型最多。除可變剪接外,針對融合基因分析的結果同樣進行了展示。

Level 7(50μm)下各Cluster中預測的可變剪接事件數(shù)量統(tǒng)計

Hpf1 基因同源異構體表達熱圖及外顯子使用

融合基因事件

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