（1）不同物種，多拷貝基因難以確定基因的一?一對(duì)應(yīng)關(guān)系無(wú)法比較表達(dá)量；當(dāng)然，單拷貝同源基因可以確定一一對(duì)應(yīng)關(guān)系，但是；

（2）表達(dá)譜差異分析（例如?RPKM值比較）實(shí)際上使用的內(nèi)參是?RNA總量。相同物種RNA總量穩(wěn)定，所以沒(méi)有問(wèn)題。但不同物種RNA總量未必相同，所以物種間的差異分析就失去了穩(wěn)定的內(nèi)參。因此強(qiáng)行比較的話，是不嚴(yán)謹(jǐn)?shù)摹?/p>