答:
參照miRBase的命名規(guī)則:{物種名縮寫}-miR-{編號};miR-前綴后面所跟著的數(shù)字,代表命名的順序,比如,miR-124比miR-456發(fā)現(xiàn)得早。“miR-”代表成熟的miRNA、“mir-”代表pre-miRNA和pri-miRNA、“MIR”代表編碼miRNA的基因。
miRNA幾乎全是獨一的編碼順序,但對于擁有一兩個堿基不同的則會被標上字母以示,例如,miR-124a與miR-124b。 若成熟的miRNA相同,但pre-miRNA和pri-miRNA和編碼他們的基因來自于不同的基因組,則使用數(shù)字來表示,例如,mir-194-1和mir-194-2表示兩個pre-, pri-miRNA剪切后的成熟miRNA是完全相同的,但卻是兩個不同的來源。
前綴的三個字母代表了不同的種族來源,例如,hsa-miR-194代表miRNA來源于人類,oar-miR-124來源于綿羊。
對于形成pre-,pri-miRNA莖環(huán)的兩端miRNA, 通常一端在數(shù)量上遠遠超過另一端。數(shù)量優(yōu)勢的一端往往稱為guide strand,而另一端被稱為passenger strand,通常被大量降解,用*號來表示,例如miR-124和miR-124*。
最新版中miRBase已經(jīng)不再使用*來標記microRNA與其發(fā)夾前體互補配對位置的互補序列,而是使用“-3p”與“-5p”作為區(qū)分這兩條序列的后綴替代舊的的命名法。(參考http://www.mirbase.org/help/nomenclature.shtml)
舉例: aly-miR158b-3p, aly 代表這是Arabidopsis lyrata 物種的miRNA, -miR158b表示這是成熟的miRNA , 其中b表示還有一個miRNA序列與它相似,僅有一兩個堿基不同。 -3p 表示它從前體的3’端剪切得到。
對新預(yù)測的miRNA 我們統(tǒng)一用 novel_miR_{數(shù)字編號} 來命名, 如 novel_miR_4974。
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