微生物多樣性和宏基因組都會分析環(huán)境中物種的種類，但是物種的豐度在二者之間存在一定的差異，第一種原因是微生物多樣性是基于核糖體小亞基基因序列進(jìn)行物種注釋和豐度統(tǒng)計，但是在不同物種中核糖體基因的拷貝數(shù)不一樣，這會帶來一些誤差；第二種原因是二者在建庫測序過程中會進(jìn)行PCR反應(yīng)，在PCR這個過程中也會存在一些誤差。