1、根據(jù)已知的 marker gene 來確定： 根據(jù)之前的經(jīng)驗和文獻記載，已知某一些細胞類型會特異表達一些 marker gene， 比如 T 細胞中特異表達的 CD3/CD4，B 細胞中表達的 CD19/CD20 等。

1)根據(jù) marker gene 在 cluster 細胞中的表達情況來確定：利用 Loupe Cell Browser 或其他軟件，標記 cell 中表達 marker gene 的情況，來推測哪個 cluster 是某種細胞類型。

2)根據(jù)軟件鑒定到的差異表達基因或者 marker gene 來確定：Cell-Ranger 與 monocle2（或其他單細胞分析軟件）均提供 cluster 差異表達基因的結果，如果已知某種細胞的Marker gene，可以在差異基因列表中尋找，是否存在這些 marker gene，從而推測該cluster 是否為某種細胞類型。

2、根據(jù)基因所在功能通路確定： 不清楚具體的 marker gene，或者某些 cluster 找不到已知的 marker gene。根據(jù)cluster 中差異基因或者共表達基因所在 KEGG 和 GO 通路，推測細胞的功能。

在很多生物進程中，細胞并不是全部同時處于同一個時期的。利用單細胞基因表達研究 細胞分化時，捕獲到的細胞通常處于范圍較廣的不同時期：某些細胞細胞還未開始分化，某些處于中間狀態(tài)，而另一些可能已經(jīng)分化結束。所以整體看來，樣品中的各個細胞基因表達波動較大，研究起來十分復雜。擬時間分析根據(jù)基因表達量信息，計算細胞與細胞時間的距離，估算出將所有細胞排列到其擬時間進程后的總最短路徑，幫助了解樣品中細胞的種類與細胞分化的過程。

各個軟件的分析是獨立的，雖然其中的具體分析內(nèi)容存在交集，比如細胞聚類，差異基因鑒定，功能注釋等，但不同軟件的算法是不一樣的，在查看結果進行后續(xù)解讀時，切記不要弄混。

Cell-Ranger 是 10x 官方提供的分析軟件，其結果主要包括在原始的網(wǎng)頁報告中，分析內(nèi)容較少，而且可修改以及定制化分析的余地較小；monocle2 是目前主流的單細胞分析軟件包，由華盛頓大學的 Cole Trapnell（之前 TopHat 和 Cufflinks 的作者）開發(fā)，涵蓋單細胞分析中的絕大部分，腳本相對較為靈活，可根據(jù)具體的要求對參數(shù)和方法進行修改，以獲得最佳的結果；此外，還可以提供 SC3 軟件的分析，根據(jù)后續(xù)項目個性化的要求，對結果進行調整，或者重分析。

不同軟件的分析內(nèi)容，結果展現(xiàn)形式，均存在一定的差異，具體采用哪一套分析的結果， 主要依賴客戶根據(jù)自身要求，以及結果與預期的相符合程度進行挑選。