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 分類: 微生物組測(cè)序

文章寫完了,但是數(shù)據(jù)還不會(huì)上傳,怎么辦?小編現(xiàn)在教你如何上傳微生物多樣性數(shù)據(jù)到SRA數(shù)據(jù)庫,包教包會(huì)哦~

在數(shù)據(jù)上傳之前我們需要先注冊(cè)一個(gè)NCBI的賬號(hào),這個(gè)小編就不做說明了;
首先,登錄NCBI主頁面后點(diǎn)擊Submit進(jìn)入到數(shù)據(jù)上傳頁面,然后選擇SRA數(shù)據(jù)庫點(diǎn)擊GO按鈕后接著點(diǎn)擊New submission(操作界面見下圖);

第二步:填寫提交人的個(gè)人信息和單位信息;

第三步:填寫B(tài)ioSample、BioProject和數(shù)據(jù)釋放時(shí)間(之前沒有創(chuàng)建BioSample、BioProject可以選擇NO);

第四步:項(xiàng)目信息填寫,根據(jù)實(shí)際情況填寫(帶有*號(hào)的為必填,其它可以不填寫);

第五步:樣本類型選擇;

第六步:樣本具體信息,需要我們下載表格填寫,表格中綠色的為必填,藍(lán)色的需要至少填一個(gè),其它內(nèi)容可以選填或者不填寫,如果是生物學(xué)重復(fù)需要添加一列replicate,填寫完成后需要將信息粘貼到文本文件中(TXT格式),然后上傳到網(wǎng)站上;

第七步:第六步表格上傳完成后,需要接著上傳Metadata表格,主要填寫樣品建庫測(cè)序的信息和需要上傳的文件名,填寫完成后也是導(dǎo)入到文本文件中然后上傳;

第八步:重點(diǎn)來了,這一步是將我們的數(shù)據(jù)傳到NCBI的服務(wù)器上,需要下載安裝一個(gè)軟件Aspera(http://downloads.asperasoft.com/connect2/,windows下也可以安裝)。軟件安裝完成后有兩種上傳方法:(1)可以直接上傳,適用于數(shù)據(jù)量小、樣本量小的項(xiàng)目;

(2)上傳方法適用于數(shù)據(jù)量大、樣本量大的項(xiàng)目;

具體操作步驟:
打開Windows Dos操作窗口,進(jìn)入到Aspera軟件的安裝目錄下;輸入命令

數(shù)據(jù)上傳完后,點(diǎn)擊Select preload folder就可以看到我們上傳的文件(至少需要等10分鐘后才能看到),然后選擇我們上傳的文件即可完成數(shù)據(jù)上傳。

最后點(diǎn)擊下方的continue,進(jìn)入到最后Overview界面然后點(diǎn)擊提交即可。

微生物事業(yè)部 李漢洲丨文案
付志超 | 審核
圖片來自網(wǎng)絡(luò),侵刪

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