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 分類: 基因組測序

近年來,隨著測序技術(shù)的不斷提高,測序成本逐漸降低,使一些重要物種的測序數(shù)據(jù)呈指數(shù)級增加,而這些數(shù)據(jù)中蘊含著巨大的價值,有力的推動了構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫的新浪潮。物種數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建,能為解答基因組進化、系統(tǒng)發(fā)育等問題提供參考,也有利于指導(dǎo)育種及保護物種多樣性等方面的工作。
構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫的優(yōu)勢不言而喻:首先,物種數(shù)據(jù)庫可作為系統(tǒng)性的展示、查詢、分析的平臺,實現(xiàn)物種多組學(xué)數(shù)據(jù)的高效檢索、保存、調(diào)用、分析及深度挖掘;其次,一些具備創(chuàng)新特性的數(shù)據(jù)庫也可單獨作為一項研究成果在SCI論文中進行展示;另外,通過共享云用戶的訪問,可提升第三方數(shù)據(jù)庫的知名度,部分重要物種信息、重要分析結(jié)果可以收費下載,為進一步維護數(shù)據(jù)庫和科研工作提供資金;尤其主要的方面,可共享研究成果,促進業(yè)內(nèi)交流,數(shù)據(jù)庫可作為研究論文的補充,展示研究細節(jié),也便于其他研究者基于數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)進行進一步的探索,從而提升國內(nèi)相關(guān)領(lǐng)域整體研究水平。對于某個物種已做全各類型組學(xué)研究工作或已有大量測序數(shù)據(jù)的科學(xué)家們來說,建立在該物種研究領(lǐng)域執(zhí)牛耳學(xué)術(shù)地位之較好手段,莫過于構(gòu)建該物種的綜合數(shù)據(jù)庫。

百邁客物種綜合數(shù)據(jù)云平臺

據(jù)悉,北京百邁客云科技有限公司(以下簡稱百邁客)在2017年就正式推出構(gòu)建物種綜合數(shù)據(jù)云的服務(wù),和傳統(tǒng)數(shù)據(jù)庫相比,百邁客數(shù)據(jù)云有百邁客云+外部域名雙入口,兩個入口共享注冊用戶,可以對關(guān)鍵數(shù)據(jù)設(shè)定下載權(quán)限。百邁客表示,作為一家擁有深厚基因組學(xué)數(shù)據(jù)分析行業(yè)背景的大數(shù)據(jù)挖掘分析公司,他們致力于為用戶設(shè)計更貼合使用習(xí)慣的基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫系統(tǒng),開發(fā)針對物種基因組學(xué)數(shù)據(jù)的存儲、管理、查詢、分析的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)。

物種綜合數(shù)據(jù)云基本架構(gòu)

存儲&查詢模塊:設(shè)置了種質(zhì)資源、突變體信息、性狀座位信息、分子標(biāo)記、基因功能信息、基因組數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的存儲和查詢。

分析工具模塊:分析工具均可從網(wǎng)頁調(diào)用,無需用戶掌握任何編程基礎(chǔ)。包含數(shù)據(jù)云自帶分析工具,比如 blast、blat、引物設(shè)計、轉(zhuǎn)錄因子、metaQTL、共線性分析等;也可調(diào)用部署在百邁客公有云計算平臺(www.biocloud.net)的分析流程(APP)與生信軟件(Tools)。APP包括有參/無參轉(zhuǎn)錄組分析APP、microRNA分析APP、lncRNA分析APP、circleRNA分析APP、重測序分析APP、GWAS個性化分析APP、BSA個性化分析APP、遺傳圖譜個性化分析APP、微生物多樣性分析APP等;Tools模塊包含100余款各類生信分析軟件,涵蓋比對、注釋、繪圖、統(tǒng)計等。

公共數(shù)據(jù)庫模塊:包含7大模塊,分別是高通量測序數(shù)據(jù)庫、功能基因數(shù)據(jù)庫、功能定位數(shù)據(jù)庫、文獻數(shù)據(jù)庫、參考基因組數(shù)據(jù)庫、變異數(shù)據(jù)庫、互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫。

在物種綜合數(shù)據(jù)云構(gòu)建方面,據(jù)相關(guān)人士透露,除了常規(guī)物種數(shù)據(jù)庫包含的所有優(yōu)點以外,該公司構(gòu)建的物種綜合云數(shù)據(jù)云還有兩個尤為突出的優(yōu)勢:1. 后臺管理權(quán)限,用戶無需配備專業(yè)IT運維和美工,基于Web操作界面即可實現(xiàn)數(shù)據(jù)的增刪改查等操作;2. 強大的云平臺支持,數(shù)據(jù)庫可無縫對接百邁客云平臺8大數(shù)據(jù)庫、10多款分析APP和100多款小工具,用戶可以利用數(shù)據(jù)庫部署的簡單分析工具或結(jié)合百邁客云賬號進行數(shù)據(jù)挖掘分析。

數(shù)據(jù)庫展示信息

案例展示

中國農(nóng)科院大豆數(shù)據(jù)庫(www.soybean-resources.cn)
包含了約1500種大豆種質(zhì)資源,382個品種的重測序,7套泛基因組數(shù)據(jù)。

中科院植物所構(gòu)樹數(shù)據(jù)庫(papyrifera.biocloud.net)
包含了構(gòu)樹基因組序列及注釋信息,可進行數(shù)據(jù)的瀏覽、使用、下載。

另獲悉,百邁客正在構(gòu)建的物種綜合數(shù)據(jù)云還包括橡膠樹數(shù)據(jù)庫、柑橘數(shù)據(jù)庫、家禽數(shù)據(jù)庫、球蟲數(shù)據(jù)庫、芝麻數(shù)據(jù)庫等,涉及眾多研究領(lǐng)域。
該公司還表示,百邁客云不僅是面向生物大數(shù)據(jù)分析的開放云平臺,為用戶提供包括生物信息分析APP、計算資源、公共數(shù)據(jù)、信息分析培訓(xùn)的整合服務(wù),也是科研工作者的終生制項目管理一站式平臺,相比傳統(tǒng)線下科技服務(wù),能隨時隨地在線檢視項目全程進展(送樣-提取檢測-建庫-測序-數(shù)據(jù)質(zhì)控-分析-交付),實現(xiàn)云端全結(jié)果交付(結(jié)題報告和結(jié)果文件,個性化結(jié)果,提取檢測報告)的平臺。

科技服務(wù)云時代百邁客極速分析周期

開年之際,為了回饋測序中國讀者及廣大科研工作者的支持與信任,百邁客公司日前推出“鬧元宵·贏大禮·100個轉(zhuǎn)錄調(diào)控云次賬號免費送暨100個全長轉(zhuǎn)錄組超值特惠”活動,名額僅限100名!

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