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發(fā)布于 2019年6月12日

為更好的服務(wù)于用戶，百邁客與基因公司達(dá)成合作，再次引進(jìn)PacBio公司Sequel Ⅱ平臺(tái)，該平臺(tái)已于5月23日到達(dá)北京百邁客生物科技有限公司青島分公司，目前已經(jīng)完成內(nèi)部測(cè)試，正式投產(chǎn)！當(dāng)前，百邁客已擁有PacBio RS Ⅱ、PacBio Sequel、PacBio sequel Ⅱ、Nanopore PromethION、Nanopore GridION、Nanopore MinION市場(chǎng)上主流的三代測(cè)序平臺(tái)，為客戶提供最全面優(yōu)質(zhì)的選擇！

【PacBio SMRT測(cè)序原理】

PacBio 提供的是一種邊合成邊測(cè)序的單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)。測(cè)序時(shí)，DNA聚合酶與模板鏈結(jié)合，在鏈合成的過程中，不同熒光標(biāo)記的堿基會(huì)釋放不同的熒光信號(hào)，根據(jù)光的波長(zhǎng)與峰值從而判斷堿基類型與順序。

PacBio SMRT測(cè)序原理

目前市面上的Pacbio平臺(tái)有：PacBio RSⅡ、PacBio Sequel、PacBio Sequel Ⅱ三種，其原理相同。隨著新平臺(tái)發(fā)布，測(cè)序的通量會(huì)提升，單G成本會(huì)降低。

【Sequel Ⅱ介紹】

?Sequel II 相較于前代產(chǎn)品，在通量提升成本降低的同時(shí)，也提供了新的測(cè)序模式

1、新的測(cè)序模式：CLR與CCS文庫

當(dāng)前Sequel II平臺(tái)可提供CLR Library和CCS library（HIFI）兩種測(cè)序模式。

CLR Library與之前廣為理解的測(cè)序文庫相同，采用15 Kb、20 Kb、30 Kb等長(zhǎng)片段類型的DNA片段進(jìn)行文庫構(gòu)建，通過獲得Subreads來進(jìn)行下一及應(yīng)用拓展。

CLR Library 測(cè)序原理

新提供的CCS文庫，即采用如8Kb，10Kb等小片段文庫，進(jìn)行單一片段多輪測(cè)序的方式來提升準(zhǔn)確性。由于Pacbio的原始錯(cuò)誤為隨機(jī)錯(cuò)誤，可通過CCS模式進(jìn)行自身糾正，來提升數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性，先前ISO-seq就是CCS文庫的典型應(yīng)用。CCS reads無需二代數(shù)據(jù)再次糾錯(cuò)，具有較高準(zhǔn)確性，為基因組組裝，高精度基因組注釋、變異檢測(cè)等應(yīng)用提供了更有利的支持。據(jù)官方數(shù)據(jù)，同一片段測(cè)序4次后，單一read的準(zhǔn)確性可達(dá)99%。

CCS Library（HiFi）測(cè)序原理

2、數(shù)據(jù)量產(chǎn)出提高

Sequel II 相比于前代測(cè)序平臺(tái)Sequel，主要變化是測(cè)序芯片上的導(dǎo)孔（ZMW）由原始的100萬個(gè)提升至800萬個(gè)，理論通量直接提升8倍，進(jìn)而提升了單Cell數(shù)據(jù)產(chǎn)量，成本也隨之越低！

Sequel II與Sequel平臺(tái)比對(duì)

【百邁客新舊平臺(tái)同一樣品實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)展示】

百邁客利用某海洋動(dòng)物樣本通過構(gòu)建相同文庫，進(jìn)行不同平臺(tái)的數(shù)據(jù)測(cè)試。通過構(gòu)建20 Kb的文庫，同時(shí)在Sequel與SequelⅡ上進(jìn)行上機(jī)測(cè)序，數(shù)據(jù)產(chǎn)出結(jié)果如下所示：

Subreads 數(shù)據(jù)比對(duì)統(tǒng)計(jì)

注：Subreads是產(chǎn)出的所有subreads數(shù)據(jù)集；Reads Num：reads數(shù)目；Total Bases (bp)：堿基總數(shù)；Reads N50 (bp)：將reads從長(zhǎng)到短排序，并依次相加，當(dāng)加和等于總堿基數(shù)目一半時(shí)對(duì)應(yīng)的那條reads長(zhǎng)度即為reads N50；Mean Length (bp)：reads的平均長(zhǎng)度；Longest Read (bp)：最長(zhǎng)read的長(zhǎng)度。

結(jié)果統(tǒng)計(jì)表中我們可以看到，Sequel Ⅱ平臺(tái)ZMWs數(shù)量較Sequel平臺(tái)的提升至其8倍，而單cell的總數(shù)據(jù)量產(chǎn)出由原始的11.6 Gb/cell提升至103.3 Gb/cell，整整高出了約8倍！而在平均讀長(zhǎng)，最長(zhǎng)讀長(zhǎng)，Reads N50 方面未有太大變化。2個(gè)平臺(tái)的讀長(zhǎng)分布情況如下圖所示：

PacBio sequel讀長(zhǎng)分布

PacBio Sequel Ⅱ讀長(zhǎng)分布

【百邁客三代測(cè)序平臺(tái)展示】

小結(jié)

百邁客自2015年引入Pacbio測(cè)序平臺(tái)后，在三代測(cè)序領(lǐng)域已擁有大量項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)及成功案例。依托于豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，此次平臺(tái)引入將更好的服務(wù)于用戶，為用戶提供更加全面，更加快速，更具性價(jià)比的服務(wù)與選擇。更多詳情請(qǐng)咨詢400-600-3186及當(dāng)?shù)劁N售！