想系統(tǒng)學習遺傳進化常規(guī)分析怎么做?想定制化繪制優(yōu)美的圖形?想了解遺傳進化在文章中的應用?
這是你嗎?
應各位老師需求,百邁客特開辦遺傳進化生信分析培訓班,面向全體科研工作者,系統(tǒng)學習遺傳進化中常規(guī)內容,并重點進行高級圖形繪制。課程設計覆蓋基因流、分化時間、群體歷史動分析三塊當前熱點研究內容。
課程亮點:
1、定制化繪制各種優(yōu)美漂亮圖片
2、豐富齊全的學習文檔,每一步驟每一代碼詳細列出
3、課上課下均可獨立操作的專門服務器
4、理論與實操相結合,系統(tǒng)學習遺傳進化課程
5、免費且長期的售后答疑群,保障學員課下學習
6、講師團隊專注于動植物領域5年以上,具有豐富的項目經驗和培訓經驗
為了讓大家更系統(tǒng)了解本次課程的相關培訓,現將部分教授內容展示如下:
系統(tǒng)發(fā)育樹:
又稱系統(tǒng)發(fā)生樹、系統(tǒng)演化樹、種系發(fā)生樹等。表明被認為具有共同祖先的各物種之間的演化關系樹形圖,用來描述物種之間的分類和演化關系。本課程帶領學員學習系統(tǒng)發(fā)育樹發(fā)展、相關術語、系統(tǒng)發(fā)育樹分類以及建樹步驟,同是針對分析結果進行圖形化繪制,如下圖。
群體結構:
群體結構,又稱群體分層,指所研究的群體中存在基因頻率不同的亞群。群體結構分析有助于理解進化過程,并且可以通過基因型和表型的關聯研究確定個體所屬的亞群。本次課程帶領學員學習structure和admixture兩款軟件,基于deltak和CV值法進行分群,并定制化繪制群體結構圖形(分組和不分組、色系調整等)。
群體結構和系統(tǒng)發(fā)育樹組合圖:
主成分分析:
設法將原來眾多的具有一定相關性的變量(標記)重新組合成一組較少個數的互不相關的綜合變量(主成分)。主成分分析主要應用:群體分層、outlier篩選、亞群進化關系、群體結構矯正。本次課程利用smartpca軟件進行實際操作,掌握二維圖和三維圖繪制。
選擇清除分析:
自然選擇促使有利突變在群體中保留下來,與之連鎖的中性位點突變頻率提升,非連鎖的中性位點突變頻率下降;簡單的說就是基因組某區(qū)域由于受到了選擇而消除多態(tài)性,即遺傳多樣性降低,在群體中出現高頻的等位基因和低頻的等位基因。
針對這塊生信領域熱點研究內容,本次課程主要介紹PopGenome、vcftools兩款軟件,針對θπ、θw、Fst、Tajima’s D等各種指標進行分析并圖示化結果。
除了遺傳進化常規(guī)分析內容之外,本次課程涵蓋分化時間、基因流、群體歷史動態(tài)三塊高級分析內容。部分結果展示如下:
課程內容列表
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4、金牌、鉑金會員另贈送百邁客第八屆全國功能基因組學峰會門票(峰會為>500人會議,現已舉辦7屆,每屆均有院士大牛參加)
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