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 分類: 時空組學

近幾年來,單細胞技術(shù)一直受期刊的偏愛。原因在于其不僅可以研究細胞之間的異質(zhì)性,還可以得到基因表達譜信息,可以更加全面的解釋生命活動這個復(fù)雜的動態(tài)變化過程。今天我們詳細解讀了一篇2022年2月發(fā)表的高分文章,希望能夠給各位提供科研思路。

研究背景

慢性淋巴細胞白血?。–LL)會導致患者機體感染易感性增加,但并非均與T細胞功能障礙有關(guān),因此,識別具有T細胞缺陷的CLL患者非常重要。前期研究已證明基因BCL-2在CLL中具有重要作用,但尚無研究證明其在CLL患者T細胞中的作用。本研究確定了BCL-2在CLL腫瘤微環(huán)境中T細胞中的調(diào)節(jié)作用。

研究材料

材料:6名CLL患者和2名健康人的血液樣本,臨床信息如下

方法:單細胞轉(zhuǎn)錄組測序

研究成果

1、CD4+ T細胞中BCL-2的表達與Treg的激活和增殖有關(guān)

單細胞測序共得到16個細胞群,其中cluster6被鑒定為CD4+ T細胞(圖1a)。使用limma包分析BCL2陽性和陰性細胞中的基因表達,并使用熱圖和火山圖繪制差異表達基因(DEG)(圖1b,c)。KEGG富集分析表明,DEGs主要富集與“細胞粘附”相關(guān)的信號通路,包括“細胞-細胞粘附的調(diào)節(jié)”和“白細胞-細胞粘附的調(diào)節(jié)”,除此以外還包括“T 細胞活化”(圖1d)。

CD4+ T細胞中的BCL-2表達與T細胞活化、增殖相關(guān)

圖1 CD4+ T細胞中的BCL-2表達與T細胞活化、增殖相關(guān)

DEG的GSEA表明BCL2+?T細胞的Treg數(shù)量增加。此外,BCL2+?T細胞中的Treg多于BCL2-?T細胞(圖2e,f)。GSVA分析顯示BCL2+?T細胞具有“IL-6相關(guān)特征”和“T細胞激活相關(guān)特征”(圖2g)。GSEA分析觀察到BCL2+?T細胞主要參與EGFR/MEK信號通路(圖2h)。最后,分析了BCL2+?T細胞的代謝特征,發(fā)現(xiàn)BCL2+?T細胞可能與“缺氧抑制因子(HIF)調(diào)節(jié)基因”和“糖原代謝基因”有關(guān)(圖2i)。

CD4+ T細胞中的BCL-2表達與Treg相關(guān)

圖2?CD4+ T細胞中的BCL-2表達與Treg相關(guān)

2、CD8+?T細胞中的BCL2表達與細胞毒性T淋巴細胞耗竭增加有關(guān)

Cluster 8被鑒定為CD8+?T細胞,比較了BCL2陽性和陰性CD8+?T細胞之間的基因表達(圖3a-c)。KEGG富集分析表明,DEG富集在T細胞活化和細胞-細胞粘附相關(guān)的信號通路上,并且BCL2在CD8+?T細胞中的表達可能與細胞遷移、細胞毒性有關(guān)(圖3d)。 CD8+?T細胞中的BCL2表達顯示出T細胞衰竭特征。發(fā)現(xiàn)BCL2+?T細胞中耗竭CD8+ T細胞的數(shù)量顯著增加,表明BCL2+?CD8+?T細胞的轉(zhuǎn)錄譜與耗竭T細胞相似(圖3e,f)。TF預(yù)測分析與CD4+?T細胞結(jié)果相似,這表明CD4+和CD8+ T細胞可能共享相同的上游信號通路(圖3g)。代謝特征分析發(fā)現(xiàn)HIF調(diào)節(jié)基因和磷酸戊糖途徑基因與BCL2+?CD8細胞相關(guān)(圖3h)。

CD8+ T細胞中的BCL-2表達與細胞毒性T淋巴細胞耗竭增加有關(guān)

圖3?CD8+ T細胞中的BCL-2表達與細胞毒性T淋巴細胞耗竭增加有關(guān)

3、BCL-2表達與CLL患者的Th1降低和Treg升高有關(guān)

收集了70名CLL患者的PBMC樣本。首先,在T細胞中檢測BCL-2表達,包括T1、T2、T17、T22、Tregs和濾泡輔助T細胞(Tfh),發(fā)現(xiàn)BCL-2+的T1細胞百分比顯著降低(圖4a);T2、T17、T22和Tfh細胞顯著升高(圖4b-e),T細胞中BCL-2表達對Tregs的影響較大(圖4f)。研究發(fā)現(xiàn)T細胞中的BCL-2表達可以影響T亞群。

BCL-2陽性和陰性不同譜系CD4+ T細胞的分布

圖4?BCL-2陽性和陰性不同譜系CD4+ T細胞的分布

4、BCL-2+?CD4+ Treg中IL-10和TGF-β上調(diào)

TGF-β在幼稚CD4+細胞分化為Treg的過程中至關(guān)重要,對于維持Treg穩(wěn)態(tài)也很重要。研究發(fā)現(xiàn)與BCL-2-Treg相比,BCL-2+ Treg中IL-10和TGF-β的MFI顯著增加(圖5a-d),然而IL-35+和TGF-β+沒有統(tǒng)計學差異,而BCL-2+ Tregs可以分泌更多的IL- 35和TGF-β(圖5d,f)。

BCL-2陽性和陰性CD4+T細胞中Treg分泌的細胞因子

圖5?BCL-2陽性和陰性CD4+T細胞中Treg分泌的細胞因子

5BCL-2促進CLL患者的細胞耗竭并降低CD8+T細胞的細胞毒性

在70名CLL患者中研究了CD8+ T細胞BCL-2表達與其耗竭和細胞毒性之間的關(guān)聯(lián),結(jié)果發(fā)現(xiàn)BCL-2+細胞中耗竭CD8+T細胞的比例和MFI顯著高于BCL-2-T細胞(圖6a,b)。 除了導致T細胞耗竭之外,BCL-2表達增加與顆粒酶B和穿孔素的表達減少有關(guān)。此外,CD8+ BCL-2+ T細胞中顆粒酶B陽性的百分比降低,而穿孔素在CD8 +BCL-2+ T細胞保持不變,但CD8+BCL-2+ T細胞中顆粒酶B和穿孔素的MFI水平高于CD8+BCL-2-T細胞(圖6c-f)。

CD8+ T細胞的耗竭和細胞毒性

圖6?CD8+ T細胞的耗竭和細胞毒性

6、BCL-2改變CLL患者的T細胞分化

一般來說,T細胞的分化根據(jù)CD45RA和CD62L的表達可分為四個階段,幼稚T細胞(Tn、CD45RA+CD62L+)、效應(yīng)T細胞(Tef、CD45RA+CD62L-)、效應(yīng)記憶T細胞 (Tem,CD45RA-CD62L-)和中央記憶T細胞(Tcm,CD45RA-CD62L+)(圖7a,b)。對每個T細胞亞群中BCL-2的表達進行分析,結(jié)果表明BCL-2+ T細胞中幼稚T細胞的比例高于BCL-2- T細胞(圖7c,d)。此外,BCL-2+ T細胞中Tem和Tcm的比例低于BCL-2- T細胞。

CLL中BCL-2陽性和陰性T細胞的分化

圖7?CLL中BCL-2陽性和陰性T細胞的分化

7、CR患者BCL-2+ T細胞的頻率和恢復(fù)功能降低

比較了來自12名匹配的venetoclax治療前后的CLL患者外周T細胞的BCL-2表達和功能(圖8a-e),發(fā)現(xiàn)venetoclax顯著降低了CLL患者中CD4+BCL-2+和CD8+BCL-2+ T細胞的占比(圖8f,g)。 此外,venetoclax處理后,CD4+ T細胞中Tregs和CD8+ T細胞中PD1+Tim-3+細胞的百分比顯著降低(圖8h,i)。這些結(jié)果表明,外周T細胞中BCL-2的表達是預(yù)測治療反應(yīng)的潛在指標。

患者接受venetoclax治療后BCL-2表達及T細胞功能恢復(fù)

圖8?CLL患者接受venetoclax治療后BCL-2表達及T細胞功能恢復(fù)

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研究結(jié)論

本研究揭示了BCL-2在CLL患者T細胞中的作用,發(fā)現(xiàn)BCL-2通過增強Treg分化和CTL細胞耗竭來促進免疫抑制。研究還確定了使用BCL-2抑制劑venetoclax治療CLL的新策略,并為恢復(fù)T細胞功能提供了新的思路。

 

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