全新的Visium FFPE空間基因表達解決方案，可以突破過去從FFPE組織中獲取空間全轉錄組基因表達信息的障礙。文無第一，武無第二，科研界亦是如此，天下武功唯快不破，想要在石蠟樣本空間轉錄組研究搶占先機，就得首先判斷自己的武器材料質量是否合格，今天就為您提供4篇前沿FFPE空間文獻，一起來圍觀大牛都是如何解決石蠟樣本難題玩轉FFPE空間轉錄組的。
文獻一：FFPE空間轉錄組在腎透明細胞癌中的研究
文章題目：Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer
發(fā)表時間：2022年3月
發(fā)表期刊：Immunity
影響因子：31.428
發(fā)表單位：法國索邦大學Cordeliers研究院
摘要：腫瘤內(nèi)三級淋巴結構(TLS)的存在與陽性臨床結果和免疫治療癌癥的反應相關。本文針對腎透明細胞作為研究對象，采用12個冷凍切片空間轉錄組和12個FFPE切片空間轉錄組檢測腎細胞癌(RCC) TLS中b細胞應答的本質。在TLS中B細胞大量富集，可以識別所有B細胞向漿細胞(PC)形成的成熟階段。BCR分析顯示TLS中的克隆多樣化、選擇、擴展，并存在完全成熟的克隆型。在TLS+腫瘤中，產(chǎn)生IgG和iga的pc沿著成纖維細胞的軌跡播散到腫瘤床中。TLS+腫瘤顯示出高頻率的產(chǎn)生igg的pc和igg染色和凋亡的惡性細胞，提示其具有抗腫瘤效應。在接受免疫檢查點抑制劑治療的RCC患者中，治療反應和無進展生存期與igg染色的腫瘤細胞相關。因此，瘤內(nèi)TLS可能通過直接抗腫瘤作用，維持與免疫治療反應相關的B細胞成熟和抗體產(chǎn)生。讓珍稀的石蠟樣本獲取空間全轉錄組基因表達信息成為可能，加快大量臨床珍貴FFPE樣本的臨床研究轉化。
![FFPE空間轉錄組解析腎細胞癌(RCC) TLS中b細胞應答的機制[1]](http://cysolarrack.com/wp-content/uploads/2022/04/20220407183135.png)
FFPE空間轉錄組解析腎細胞癌(RCC) TLS中b細胞應答的機制[1]
文獻二：FFPE空間轉錄組揭示人肺組織感染?SARS-CoV-2空間共定位
文章題目：Dual spatially resolved transcriptomics for SARS-CoV-2 host-pathogencolocalization studies in humans
發(fā)表時間：2022年3月，bioRxiv
發(fā)表單位：瑞典斯德哥爾摩SciLifeLab KTH 皇家理工學院基因技術系
摘要：關于宿主如何對病原體作出反應以及病原體感染如何成為各種生物過程和疾病狀態(tài)的基礎，仍有很多未知之處。為了促進對細胞宿主-病原體在空間分子相互作用的理解，促進共同捕獲宿主和病原體空間轉錄組信息的技術，本文利用FFPE空間轉錄組技術從感染新冠病毒人肺石蠟包埋 (FFPE) 13個組織切片中捕獲宿主和病原體空間基因表達，驗證了對 SARS-CoV-2 的空間檢測，與 RNAScope 相比，平均特異性為 94.92%，與原位相比，平均特異性為 82.20%測序（ISS）。COVID-19 組織表現(xiàn)出宿主免疫反應的上調，例如炎性細胞因子、淋巴細胞和成纖維細胞標志物的表達增加。共定位分析表明，SARS-CoV-2 +斑點呈現(xiàn)出宿主 RNA 代謝、自噬、NFκB 和干擾素反應途徑的變化。該方法的未來應用將通過同時、無偏見地檢測兩個轉錄組，對宿主對病原體感染的反應提供新的見解。
![FFPE空間轉錄組解析人肺感染SARS-CoV-2 空間共定位新機制[2]](http://cysolarrack.com/wp-content/uploads/2022/04/20220407183313.png)
FFPE空間轉錄組解析人肺感染SARS-CoV-2 空間共定位新機制[2]
文獻三：FFPE空間轉錄組在小鼠主動脈中的研究
文章題目：Spatial transcriptome sequencing of FFPE tissues at cellular level
發(fā)表時間：2020年10月，bioRxiv
發(fā)表單位：耶魯大學生物醫(yī)學工程系
摘要：福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織是臨床組織庫中可存檔的標本最豐富的，但不幸的是，由于儲存過程中RNA降解，提取過程中RNA損傷，與單細胞水平的全轉錄組測序不一致。利用FFPE空間轉錄組測序技術檢測一個E10.5小鼠胚胎的空間轉錄組識別了大腦和腹部區(qū)域的所有主要解剖特征、成年小鼠的主動脈、心房和心室組織空間基因表達特征。?在細胞水平上對FFPE樣本進行空間轉錄組測序可能會在廣泛的生物醫(yī)學研究中提供巨大的機會。促進了利用臨床組織標本的巨大資源來研究人類疾病機制，并發(fā)現(xiàn)組織生物標志物或治療靶點。
![FFPE空間轉錄組解析小鼠胚胎時空圖譜[3]](http://cysolarrack.com/wp-content/uploads/2022/04/20220407183437.png)
FFPE空間轉錄組解析小鼠胚胎時空圖譜[3]
文獻四：FFPE空間轉錄組在卵巢癌肉瘤中的研究
文章題目：Genome-wide Spatial Expression Profiling in FFPE Tissues
發(fā)表時間：2020年7月，bioRxiv
發(fā)表單位：瑞典KTH皇家理工學院
摘要：福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 是最普遍的長期組織保存方法。本文利用FFPE空間轉錄組組測序檢測在小鼠大腦的冠狀切片中進行了表達譜分析和細胞類型映射，以展示該方法從分子角度描繪解剖區(qū)域的能力，并探索了卵巢癌肉瘤樣本中轉錄組特征的空間基因表達特征，組織形態(tài)主要是癌和肉瘤細胞的異質混合物，散布著脂肪小葉 以及免疫細胞浸潤、脈管系統(tǒng)和一些分散的沙粒體的存在，空間揭示腫瘤的癌變部位為高級別漿液性癌，呈高細胞密度巢狀形態(tài)，由于乳頭融合，有許多不規(guī)則的狹縫狀空間，肉瘤成分的特征是具有增加的核異型性的纖維梭形細胞，以及腫瘤浸潤脂肪組織的全景空間表達分子圖譜。
![FFPE空間轉錄組解析卵巢癌肉瘤免疫浸潤過程[4]](http://cysolarrack.com/wp-content/uploads/2022/04/20220407183745.png)
FFPE空間轉錄組解析卵巢癌肉瘤免疫浸潤過程[4]
FFPE（石蠟樣本）材料一般固定在4%-10%的福爾馬林溶液中，固定的時間不宜超過24h，時間太久容易造成RNA降解。石蠟包埋后可以保存在-80度，但是這個過程中RNA往往會發(fā)生降解，所以需要對樣本進行嚴格質檢流程，目前來說FFPE空間轉錄組測序樣本需要進行RNA提取DV200檢測、粘附性測試2個主要質檢環(huán)節(jié)。FFPE空間轉錄組質控標準如下：
DV200≥50%：FFPE樣本RNA提取專用試劑盒提取后，DV200檢測表示大于200個核苷酸的RNA片段占所有RNA片段的百分比，表明RNA沒有片段化嚴重，降解程度較輕。
RNA完整性較高：
組織粘附性高：石蠟樣本容易脫片，需要在Test玻片上貼片測試組織的粘附性，組織粘附性高時，實驗成功率更高。
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參考文獻：
[1]?Meylan M, Petitprez F, Becht E, et al.,?Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer. Immunity. 2022 Mar 8;55(3):527-541.e5.
[2] Dual spatially resolved transcriptomics for SARS-CoV-2 host-pathogen colocalization studies in humans. bioRxiv, 2022，doi：https ://doi.org/10.1101/2022.03.14.484288
[3]?Spatial transcriptome sequencing of FFPE tissues at cellular level. bioRxiv，2020，doi:?https://doi.org/10.1101/2020.10.13.338475
[4] Genome-wide Spatial Expression Profiling in FFPE Tissues. bioRxiv，2020，doi：https ://doi.org/10.1101/2020.07.24.219758
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