特级丰满少妇一级AAAA爱毛片,亚洲AV无码专区一级婬片毛片,真实的国产乱ⅩXXX实拍,中文字幕一区二区三区四区,国产成人无码91精品一区69

 分類: 轉(zhuǎn)錄組測序

高通量測序火了不止一年兩年,很多時候我們都是先找到自己心儀的相關(guān)基因,然后進(jìn)行下游靶基因的驗證。其實,我們還可以往上游做,以豐富機(jī)制研究的深度,也就是查找基因的啟動子以及轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測。那今天我們就來嘮嘮轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測分析,以及轉(zhuǎn)錄組因子預(yù)測數(shù)據(jù)庫軟件網(wǎng)站。

轉(zhuǎn)錄因子也稱反式作用因子,在動植物的生長發(fā)育及其對外界環(huán)境的反應(yīng)中起著重要的調(diào)控作用,已成為現(xiàn)在生物學(xué)研究領(lǐng)域的熱點(diǎn),其功能分析是重要的研究內(nèi)容之一。因此我們可以通過轉(zhuǎn)錄因子注釋,或者可通過表達(dá)量聚類分析,篩選出關(guān)注生物學(xué)問題過程中起主要調(diào)控作用的一些轉(zhuǎn)錄因子。并且可以結(jié)合WGCNA鑒定的基因模塊,篩選關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子在基因模塊中是否為hub?gene,并通過預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子的靶基因(MEME),篩選出基因模塊中的靶基因,建立以轉(zhuǎn)錄因子為hub?gene的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的文章有很多,例如2015年發(fā)表在Proc?Natl?Acad?Sci的一篇文章,作者通過玉米種子吸水膨脹不同階段的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),鑒定玉米子葉發(fā)育各階段相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子(TF)其靶向位點(diǎn)(TFBS)。我公司成功案例也有類似的文章,比如2016年發(fā)表在Plant?Cell?Physiol上的一篇文章,介紹的是異源表達(dá)DREB轉(zhuǎn)錄因子(AtDREB1A)提高轉(zhuǎn)基因丹參抗旱性的調(diào)控機(jī)制。

那這個時候問題就來了,如何簡單快捷的進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子注釋研究呢?同志們,福利來了~百邁客云(BMKCloud)免費(fèi)為您提供轉(zhuǎn)錄因子注釋軟件及數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站,助力各位科研君進(jìn)行深度的數(shù)據(jù)挖掘!

情景一

如您在我們公司有做項目,那當(dāng)結(jié)題報告和分析結(jié)果將會在百邁客云(BMKCloud)上進(jìn)行展示,您可在測序項目中直接進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子。

操作步驟:登錄百邁客云首頁(www.biocloud.net)——我的項目——報告——基因結(jié)構(gòu)挖掘——轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測,選擇對應(yīng)數(shù)據(jù)庫(植物or動物),點(diǎn)擊提交即可。Yes,就是這么easy!

 

情景二

利用免費(fèi)小工具進(jìn)行分析。操作步驟:登錄百邁客云首頁(www.biocloud.net)——分析——工具

在對話框中輸入“轉(zhuǎn)錄因子注釋”,Enter鍵進(jìn)入轉(zhuǎn)錄因子注釋工具界面

這種方法操作也非常之簡便,只要按照要求格式提交基因序列文件然后選擇物種即可:
1、 Genes:基因序列文件,支持氨基酸序列或者核酸序列,必須以fa或者fasta做后綴,示例如下:

2、 DEG file:輸入基因出自的項目的差異表達(dá)文件,該文件第一列為Gene ID,最后一列為基因上下調(diào)信息,這兩列必須存在,沒有可以不用選擇
3、 Organism:可以只選擇研究的物種,分析速度快;也可以選擇All,基于所有物種的轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行比對,結(jié)果信息會更全,但是分析速度會變慢。
4、 E-value 進(jìn)行blast比對設(shè)置的期望值,該值越小表示比對特異性越強(qiáng),核酸一般設(shè)置為1e-10,氨基酸一般設(shè)置為1e-5

最后篩選出來感興趣的轉(zhuǎn)錄因子,大家可能希望再找到它對應(yīng)的靶基因。如何預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子靶基因也有很多方法,包括根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子保守性或者是公共數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站進(jìn)行預(yù)測,這部分內(nèi)容后續(xù)我們再具體介紹~

百邁客云

關(guān)注我們,隨時學(xué)習(xí)知識

參考文獻(xiàn):
1.Wei T, Deng K, Liu D, et al. Ectopic Expression of DREB Transcription Factor, AtDREB1A, Confers Tolerance to Drought in Transgenic Salvia miltiorrhiza[J]. Plant & Cell Physiology, 2016, 57(8):1593.

2.Yu C P, Chen S C, Chang Y M, et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 112(19):E2477.

圖片來自網(wǎng)絡(luò),侵刪

最近文章
女生下面流白浆在线视频 | 国产乱妇熟妇与子伦HD | 台湾一级婬片A片AAA免费 | 无码免费一区二区三区动漫 | 在线播放国产日韩欧美 | 国产精品一区二区三区漫画 | 蜜桃视频一区二区三区四区开放时间 | 四川少妇一级毛片免费 | 午夜精品亚洲一区二区三区嫩草 | 亚洲色噜噜狠狠网站人与鲁 | 中文字幕国产中出五十 | 四虎永久免费在线观看 | 欧美国产一区二区三区高清无码 | 涩涩视频在线观看免费 | 色秘 乱码一区二区三在线看 | 一级婬片A看免费户外 | 人妻少妇91精品一区黑人 | 一区二区三区在线观看国产免费高清 | 欧美山极午夜视频在线 | 国产 无码 又爽又刺激网站老师 | 欧美乱码精品一区二区三区 | 香蕉在线一区二区三区视频 | 欧美一区二区三区啪啪啪啪 | 西西人体大胆裸体A片 | 国产精品 日本 欧美 | 欧美日韩精品少妇极品 | 日韩欧美丝袜制服一区二区三区 | 免费毛片网站高无码 | 日本一本二本三本免费观看 | 搡老熟女大熟了一区二区 | 免费无码婬片AAAA片蜜桃 | 成人视频在线观看久久 | 日韩精品久久久无码专区 | 国产熟女鲁鲁视频草莓 | 女人高潮一级A片黄毛 | 美国一区二区三区大黄片 | 特大肥肥婆爽高潮视频 | 精品国产乱码一区二区 | 看免费的黄色一级视频 | 国产在线拍揄自揄拍无码视频 | 国产农村妇女精品一区二区 |