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 分類: 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

應(yīng)用案例

案例一

Complete genomic and transcriptional landscape analysis using third-generation sequencing: a case study of Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D. (Nucleic Acids Research, 2018.01, IF=11.561)

1、對(duì)釀酒酵母進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序;

2、葡萄糖生長(zhǎng)條件下的酵母共計(jì)獲得~509 MB(59X)數(shù)據(jù)量,包含約530,000高質(zhì)量reads,其中N50為1150bp;酒精條件下的酵母共計(jì)獲得~623 MB(72X)數(shù)據(jù),約623000 高質(zhì)量reads,其中N50為1263 bp;

3、該技術(shù)的比對(duì)率為88%,錯(cuò)誤率為12%,其中超過(guò)70%的轉(zhuǎn)錄本為全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本,鑒定長(zhǎng)度最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本超過(guò)5kb,并對(duì)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行定量分析。

 

案例二:

Nanopore long-read RNAseq reveals widespread transcriptional variation among the surface receptors of individual B cells. (Nature Communications, 2017, IF=12.353)

1、鑒定到4234 TSSs 和3883 TESs,其中Genecode數(shù)據(jù)庫(kù)已知2476 TSSs 和2448 TESs ;

2、并發(fā)現(xiàn) 296 內(nèi)含子保留, 134 個(gè)5’剪切 和173 個(gè)3’剪切;

3、結(jié)果表明,通過(guò)Nanopore測(cè)序不僅可以識(shí)別復(fù)雜的isoforms,而且還能定量其表達(dá)水平。

 

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