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 分類: 醫(yī)學研究

一般做完RNA的差異表達分析后,會有一堆的結(jié)果與數(shù)據(jù)。那么,怎么樣讓你的分析結(jié)果在paper中以更加直觀形象(好看炫酷)的方式展示出來呢?

前面我們講過熱圖函數(shù)pheatmap()參數(shù)講解。下面我們介紹另外一種展示方式:火山圖(Volcano Plot)。

首先,我們要注意兩個重要概念:

FDR(False Discovery Rate)

在差異表達分析過程中,采用統(tǒng)計學方法對原有假設(shè)檢驗得到的p值進行校正,并最終采用校正后的p值,即為FDR。

FC(Fold Change)是兩個/組樣品間基因表達水平的比值,是表示差異倍數(shù)的變量。

一般差異表達分析中會同時控制這兩個參數(shù)來篩選顯著差異表達基因,如取FDR<0.05和FC≧2?;鹕綀D可以直觀地展現(xiàn)所有基因的FDR與Fold Change之間的關(guān)系,以便快速查看基因在兩組樣品間表達水平的差異程度和其統(tǒng)計學顯著性。火山圖的本質(zhì)其實就是散點圖。橫坐標表示某一個基因在兩樣品中表達水平差異倍數(shù)的對數(shù)值,即log2(FC);橫坐標絕對值越大,說明基因表達量在兩樣品間的倍數(shù)差異越大。縱坐標表示FDR的負對數(shù)值,即-log10(FDR)??v坐標值越大,表明差異表達越顯著,篩選得到的差異表達基因越可靠。下面,小編就手把手教你如何繪制火山圖啦。

第1步? 數(shù)據(jù)準備

差異表達分析結(jié)果數(shù)據(jù)示例:第一列為基因名稱,第二列為差異表達分析算法得到的p值,第三列為矯正后的p值,即FDR,第四列為log2FC值。繪制火山圖只需要最后兩列就行。

數(shù)據(jù)準備

gene_symbol PValue FDR log2FC
RAB22A 0.731093877 ?0.915536119 ?-0.043559185
DDX20 0.455372338 ?0.779014647 ?-0.099300804
CILP2 0.415756716 ?0.749566482 1.420386794
項目 #4 0.003274032 ?0.056770217 6.182603532
RP11-618P17.4 0.351633414 ?0.709160705 -0.108742132

第2步? R代碼畫圖

 

最后繪制出來的火山圖如下,是不是比干巴巴地在文章里面貼一個差異表達分析結(jié)果的表格好看多了?

注:

一個點表示一個基因, 橫坐標表示某一個基因在兩樣品中表達水平差異倍數(shù)的對數(shù)值;縱坐標表示FDR的負對數(shù)值。橫坐標絕對值越大,說明基因在兩樣品間的表達水平倍數(shù)差異越大;縱坐標值越大,表明差異越顯著,篩選得到的差異表達基因越可靠。圖中綠色的點代表表達下調(diào)基因, 紅色的點代表表達上調(diào)基因, 黑色代表非差異表達基因。

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