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 分類: 轉(zhuǎn)錄組測序

胃癌(GC)在全球腫瘤死亡原因中排名第三,我國是胃癌發(fā)病和死亡的重災(zāi)區(qū)。Lauren分型從形態(tài)學(xué)上將GC分為三種類型:彌散型,腸型和混合型,彌漫型胃癌(DGC)占GC的約30%,預(yù)后最差,且缺少有效的靶向治療手段。盡管國際上發(fā)表過基于基因組和轉(zhuǎn)錄組的胃癌分子分型,但均沒有與臨床預(yù)后實現(xiàn)有效的關(guān)聯(lián)性。本文對胃癌組織及其附近組織進行蛋白質(zhì)組學(xué)研究,是DGC的蛋白質(zhì)組學(xué)分析,研究成果發(fā)表在Nature Communications雜志上。

A proteomic landscape of diffuse-type gastric cancer

彌漫型胃癌的蛋白質(zhì)組學(xué)研究

材料和方法

材料:從2451名接受全胃切除術(shù)或胃大部切除術(shù)的胃癌患者,并選擇了146例DGC患者,經(jīng)嚴(yán)格篩選后將84組樣本用于蛋白質(zhì)組學(xué)處理。

質(zhì)譜儀:Orbitrap Fusion Lumos和Q Exactive 平臺(Thermo Fisher)

檢測技術(shù):label-free

結(jié)果概述

該研究共鑒定到11340個不同的基因產(chǎn)物,覆蓋了腫瘤細(xì)胞及腫瘤微環(huán)境所有可能表達(dá)的蛋白。研究人員對胃癌與癌旁組織全蛋白表達(dá)譜進行聚類分析,將彌漫型胃癌分為三個分子亞型(PX1~3),且這三個亞型與生存預(yù)后和化療敏感性密切相關(guān)。這是世界上實現(xiàn)在蛋白層面上對腫瘤進行分子分型,且分的的亞型與預(yù)后和化療有顯著性關(guān)聯(lián)。其中PX1型(細(xì)胞周期型),總生存時間最長;PX2型 (上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化型),生存預(yù)后介于PX1和PX3之間;PX3 (免疫通路富集型)患者腫瘤組織高表達(dá)蛋白富集在免疫響應(yīng)相關(guān)通路和EMT相關(guān)蛋白上,總生存時間最短,并且該組患者對化療不敏感。

圖1. PX1-3中84名患者主要改變信號通路熱圖

該研究篩選出23個與預(yù)后相關(guān)的胃癌候選蛋白藥物靶標(biāo),并提示彌漫型胃癌在以下四個通路最有可能找到治療靶標(biāo):經(jīng)典的腫瘤生長通路、代謝和氧化應(yīng)激過程、細(xì)胞黏附和侵襲過程以及腫瘤和腫瘤微環(huán)境中的免疫調(diào)控。此外,該研究團隊還針對目前熱度較高的腫瘤免疫治療的“地形圖”進行了詳盡的分析。發(fā)現(xiàn)最近研究火熱的PD-L1/PD1在彌漫性胃癌中鮮有表達(dá),不太可能適合用作彌漫型胃癌的治療靶標(biāo),而包括IDO1、ARG1和CD47/SIRPA等在內(nèi)的多種免疫相關(guān)蛋白在彌漫型胃癌中表達(dá)較高,尤其在PX3腫瘤組織中顯著高表達(dá),且表達(dá)量與生存時間顯著負(fù)相關(guān),有可能作為免疫治療的候選靶標(biāo)。

圖2. 候選靶向藥物的細(xì)胞定位和信號傳導(dǎo)途徑

蛋白質(zhì)是生命的物質(zhì)基礎(chǔ)、有機大分子、構(gòu)成細(xì)胞的基本有機物和生命活動的主要承擔(dān)者。近年來,利用質(zhì)譜技術(shù)平臺,蛋白質(zhì)組學(xué)研究技術(shù)不斷發(fā)展創(chuàng)新,根據(jù)研究方法主要分為定性蛋白質(zhì)組學(xué)、定量蛋白質(zhì)組學(xué)和修飾蛋白質(zhì)組學(xué),助力科學(xué)工作者在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征。

我們的研究實力

北京百邁客生物科技有限公司不僅提供精準(zhǔn)的蛋白質(zhì)組學(xué)分析服務(wù),同時基于多年的轉(zhuǎn)錄組、微生物等多組學(xué)項目經(jīng)驗,提供多組學(xué)聯(lián)合分析策略,為科研工作者、臨床工作等科學(xué)研究保駕護航!如果您的科研有任何問題,歡迎點擊下方按鈕聯(lián)系我們,我們將免費為您設(shè)計文章方案:

 

 

參考文獻:Ge S, Xia X, Ding C, et al. A proteomic landscape of diffuse-type gastric cancer [J].Nature Communications, 2018, 9(1):1012.

 

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