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 分類: 轉(zhuǎn)錄組測序

做轉(zhuǎn)錄組測序的客戶經(jīng)常需要把自己關注的功能或通路相關的基因繪制heatmap熱圖,或者不滿意公司提供的紅紅綠綠的heatmap圖。如果您想通過R語言包等繪制heatmap圖,可以看一下我們前面分享的畫圖專題|熱圖函數(shù)pheatamp()。

heat map圖怎么做?對于一看代碼就頭疼的,只好另辟蹊徑。今天,給大家介紹一個不需要編程基礎,甚至不需要下載軟件的在線熱圖繪制工具。

1、小編首推的還是百邁客的云平臺小工具,簡單易用。

小工具網(wǎng)址:

https://international.biocloud.net/zh/software/tools/detail/small/305

輸入文件示例:

可選的配色方案也比較多,基本能滿足我們的需求:

軟件輸出結(jié)果示例:

2、百邁客云平臺繪圖工具包中的熱圖工具

https://console.biocloud.net/static/index.html#/drawtools/intoDrawTools/heatmap/input

輸入文件與設置同上一個工具類似,只是其配色支持自定義,且支持預覽:

預覽效果圖滿意后,即可下載繪圖結(jié)果:

3、heat map圖怎么做?推薦第三個方法:安裝軟件HemI。

該軟件下載地址:http://hemi.biocuckoo.org/down.php,即可下載安裝包(HemI_windows_1_0_win32_x64)和使用說明書。

A: 列標題。B: 行標題。C: 行聚類效果。D: 列聚類效果。E: 顏色標尺。F: 畫布大小(像素)。G: A (頂部)/D (底部) 的高度和B (左側(cè))/C (右側(cè))的寬度。(像素)

H: 對橫縱坐標標題(行標題,列標題)的設置,包括位置、字體。

I: 是否對行/列進行聚類。

J: 旋轉(zhuǎn)設置, X-axis:列標題文字的旋轉(zhuǎn)角度(A), Y-axis: 行標題文字的旋轉(zhuǎn)角度(B),

Graph: 畫布的旋轉(zhuǎn)角度(例如,旋轉(zhuǎn)90°,將橫縱坐標切換)。

K: 設置heatmap的色系。

L: 各項命令。無論您更改了什么設置,需要點擊“REFRESH”按鈕才會生效。

也就是您可以每更新完一項參數(shù),都可以REFRESH后看效果,效果滿意后即可下載。

點擊L框中的LOAD按鈕即可打開要生成heatmap的文件,excel格式也可以。X-axis title是選擇橫軸坐標對應到輸入文件的哪一行,選擇auto select自動選擇矩陣數(shù)據(jù)。

點擊K框中的set按鈕,可以自定義顏色(舊版是customized)。

定義顏色標尺連續(xù)或不連續(xù),右鍵Set up bar;Set up statistic: 設置繪制此熱圖使用到的數(shù)學上的屬性(歸一化和聚類方法),一般二代數(shù)據(jù)選擇對數(shù)歸一化方式。

 

該軟件還可以設置熱圖到邊距的距離,相當于調(diào)整行列的寬度,大家可以自行摸索下,簡單易用。

 

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