Hi-C是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術(shù)，結(jié)合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內(nèi)整個染色質(zhì)DNA在空間位置上的關(guān)系，獲得高分辨率的染色質(zhì)調(diào)控元件相互作用圖譜。Hi-C常與RNA-Seq等多組學(xué)技術(shù)進行聯(lián)合分析，從基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和表觀遺傳網(wǎng)絡(luò)來闡述生物體性狀形成的相關(guān)機制。

小編此前給大家介紹過Hi-C技術(shù)的應(yīng)用及與多組學(xué)技術(shù)搭配的案例解讀。在Hi-C技術(shù)的“硬件”條件鋪墊之后，執(zhí)著于樣本制備階段的小編，要來普及一下“軟件”環(huán)節(jié)的注意事項了。

萬丈高樓平地起。再高超的技術(shù)，再前衛(wèi)的應(yīng)用方向，也要基于項目的樣本質(zhì)量才能順利推進，樣本準備環(huán)節(jié)便是一個項目整體的奠基石。

做Hi-C所涉及的樣本通常有全血樣本，組織樣本以及細胞樣本。

血液樣本

送樣建議

血液采集后加入含EDTA或檸檬酸鈉抗凝管中（因肝素鈉抗凝會影響酶活性，故不建議用肝素鈉抗凝），輕輕顛倒十次混勻，室溫正立放置，平衡2h后立即送樣，并盡量確保24h內(nèi)運輸至實驗室。

注意事項（防止污染、溶血）

a. 血液必須為新鮮血樣。

b. 取樣前要進行消毒處理：包括取樣部位、取樣器材、取樣者戴的手套等，防止所取血液樣品被物種本身攜帶的細菌等污染物污染；

c. 準備檸檬酸鈉或EDTA抗凝管；

d. 依據(jù)抗凝管的實際規(guī)格采取全血樣品，比如：10 ml規(guī)格的抗凝管可以取樣10 ml；

e. 取完血后，迅速輕柔顛倒混勻全血樣品，保證血液與抗凝劑充分混勻；

f. 天氣較熱時：含有血液樣品的抗凝管運輸時使用冰袋低溫運輸，注意，冰袋不要與抗凝管直接接觸，以防止血液凍凝；天氣較冷時：含有血液樣品的抗凝管運輸時無需加冰袋運輸。

組織樣本

送樣建議

將肌肉表面附著的血液、脂肪、毛皮等非肌肉組織處理干凈，簡單梯度凍存（4℃ 30 min，,-20℃ 30 min，放于-80℃長期保存），干冰運輸。

注意事項（防止污染、溶血）

a. 凍存樣品注意—“慢凍快融”；

b. 保證組織樣品新鮮凍存，保存時間不要太長（以凍存時間1個月為宜）。

細胞樣本

送樣建議

需要進行甲醛交聯(lián)固定，細胞不可經(jīng)過核酸染色步驟，交聯(lián)前處于活性狀態(tài)，冷凍細胞需活化后在進行交聯(lián)。建議培養(yǎng)到10^7個細胞用于固定，以保證試驗的可重復(fù)性。

交聯(lián)細胞步驟建議

1、細胞交聯(lián)

a. 取新鮮活細胞置于1.5 ml離心管中，加入1 ml的cold 1x PBS搖勻，1000 g、4℃離心2 min；

b. 吸棄上清，每管再次加入1 ml的cold 1xPBS輕混勻，1000 g、4℃離心2 min；

若不進行細胞裂解，則改成?b. 1 ml cold PBS 重懸沉淀，把重懸液轉(zhuǎn)移到凍存管，340-600 g、4℃離心 8 min 去上清。

注：做到此步可直接液氮速凍，干冰運輸，信息單中備注：“交聯(lián)完成，PBS清洗后，未進行細胞裂解”。

c．吸棄上清，用1 ml cold 1x PBS重懸沉淀，加入適量（57 ul）37%甲醛（終濃度2%）混勻,室溫放置10 min(1-2 min混勻一次)；

d．加適量（71 ul）2 M的氨基乙酸（4℃保存）終止反應(yīng)（終濃度0.125 M）室溫混勻5 min,冰上放置15 min。

2.細胞裂解

a．固定好的細胞340-600 g、4℃離心8 min，棄上清；

b．1 ml cold PBS重懸沉淀，340-600g 4℃ 離心8 min；

c．用1.25 ml cold lysis buffer（50 ml lysis buffer 加一片羅氏蛋白酶抑制劑）重懸沉淀，冰上靜止30 min(5min混勻一次)；

d．600 g 、4℃ 離心5 min沉淀細胞核,核可用液氮凍存運輸。

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以上，便是Hi-C常規(guī)樣本的制備細節(jié)，望對有意向或有計劃準備樣本的老師同學(xué)們有所幫助。對送樣樣本的嚴格把關(guān)，是推進項目的第一步。如對制備樣本上或非常規(guī)樣本的制備有疑問，可點擊下方按鈕聯(lián)系我們，我們將給您提出更佳的建議。