如何將好幾張功能富集結(jié)果中的柱狀圖的橫坐標(biāo)的范圍全部調(diào)整為一樣的？

一般畫(huà)這個(gè)柱狀圖都是用Y叔的clusterprofiler包中的barplot函數(shù)對(duì)使用這個(gè)包的功能富集結(jié)果進(jìn)行一鍵繪圖，超級(jí)簡(jiǎn)單方便。但是當(dāng)我去查找這個(gè)函數(shù)的調(diào)整坐標(biāo)的參數(shù)時(shí)：

Usage
##?S3?method?for?class?‘enrichResult’
barplot(height,?x?=?“Count”,?colorBy?=?“pvalue”,
?showCategory?=?5,?font.size?=?12,?title?=?“”,?…)
Arguments
height?????????????enrichResult?object
x?????????????????one?of?‘Count’?and?‘GeneRatio’
colorBy???????????one?of?‘pvalue’,?‘p.adjust’,?‘qvalue’
showCategory?????number?of?categories?to?show
font.size??????????font?size
title??????????????plot?title
…???????????????other?parameter,?ignored

other?parameter,?ignored，other?parameter,?ignored，other?parameter,?ignored……

也就是說(shuō)這個(gè)函數(shù)里面沒(méi)有調(diào)整坐標(biāo)范圍的參數(shù)，不知道是不是因?yàn)槲覜](méi)找到還是什么，反正我找了好久沒(méi)有找到，我有點(diǎn)方。

后面我覺(jué)得還是自己用ggplot2畫(huà)吧，反正這個(gè)包里面一鍵繪圖也是根據(jù)ggplot2來(lái)的。

這個(gè)圖與一般的函數(shù)barplot畫(huà)出來(lái)的不一樣的地方在于它的顏色，這張圖里面的顏色反應(yīng)的是fdr的大小，是一個(gè)連續(xù)值，ggplot2可以將連續(xù)值映射到到顏色上，橫坐標(biāo)是通路中感興趣基因的個(gè)數(shù)。

用來(lái)畫(huà)圖的數(shù)據(jù)示例：

#加載ggplot2包
library(ggplot2)?

#一鍵清除
rm(list=ls())

#設(shè)置文件路徑
setwd(“D:/zhangj/DZH/enrichment”)?

#讀取功能富集結(jié)
enrich?<-?read.table(“S01_S03_S05_vs_S02_S04_S06_Biological_Process_enrich.list”,?header=T,sep=”\t”,stringsAsFactors=F,comment.char=””,quote=”\””)

#對(duì)富集結(jié)果按照qvalue進(jìn)行從小到大排序，保證最顯著的通路在前
enrich1?<-?enrich[order(enrich$qvalue),]?

#這里畫(huà)圖只展示top10的通路
enrich2?<-?enrich1[1:10,]

#提取每條通路里面差異表達(dá)的基因數(shù)
count?<-?as.numeric(unlist(strsplit(enrich2$GeneRatio,”/5498″,fixed=T)))?
enrich3?<-?data.frame(enrich2[,2],count,enrich2[,7])
colnames(enrich3)?<-?c(“ID”,”count”,”qvalue”)

#fill=qvalue?fill顏色填充，使用連續(xù)值qvalue
p?<-?ggplot(data=enrich3,aes(x=ID,y=count,fill=qvalue))

#coord_flip()顛倒坐標(biāo)軸
p1?<-?p?+?geom_bar(stat=”identity”)?+?coord_flip()
p2?<-?p1?+?theme(panel.background=element_rect(fill=’transparent’,color=’gray’),
???????????axis.text.y=element_text(color=”black”,size=12))

#ylim(0,20)?更改橫坐標(biāo)的范圍這里坐標(biāo)軸顛倒了，雖然看起來(lái)是x軸，但其實(shí)是y軸
p3?<-?p2?+?ylim(0,20)?+?scale_fill_gradient(low=”red”,high=”blue”)

p4?<-?p3?+?scale_x_discrete(limits=rev(enrich3[,1]))?+labs(x=””,y=””,title=”Biological_Process”)

#輸出為png格式的圖片
png(“S01_S03_S05_vs_S02_S04_S06_Biological_Process_enrich.png”,width=680,height=480)
print(p4)
dev.off()

#輸出為pdf的文件
pdf(“S01_S03_S05_vs_S02_S04_S06_Biological_Process_enrich.pdf”,width=9)
print(p4)
dev.off()

最后結(jié)果圖：