PacBio SMRT測序原理

目前市面上的Pacbio平臺有：PacBio RSⅡ、PacBio Sequel、PacBio Sequel Ⅱ三種，其原理相同。隨著新平臺發(fā)布，測序的通量會提升，單G成本會降低。

?Sequel II 相較于前代產(chǎn)品，在通量提升成本降低的同時，也提供了新的測序模式

1、新的測序模式：CLR與CCS文庫

當前Sequel II平臺可提供CLR Library和CCS library（HIFI）兩種測序模式。

CLR Library與之前廣為理解的測序文庫相同，采用15 Kb、20 Kb、30 Kb等長片段類型的DNA片段進行文庫構建，通過獲得Subreads來進行下一及應用拓展。

CLR Library 測序原理

新提供的CCS文庫，即采用如8Kb，10Kb等小片段文庫，進行單一片段多輪測序的方式來提升準確性。由于Pacbio的原始錯誤為隨機錯誤，可通過CCS模式進行自身糾正，來提升數(shù)據(jù)的準確性，先前ISO-seq就是CCS文庫的典型應用。CCS reads無需二代數(shù)據(jù)再次糾錯，具有較高準確性，為基因組組裝，高精度基因組注釋、變異檢測等應用提供了更有利的支持。據(jù)官方數(shù)據(jù)，同一片段測序4次后，單一read的準確性可達99%。

CCS Library（HiFi）測序原理

2、數(shù)據(jù)量產(chǎn)出提高

Sequel II 相比于前代測序平臺Sequel，主要變化是測序芯片上的導孔（ZMW）由原始的100萬個提升至800萬個，理論通量直接提升8倍，進而提升了單Cell數(shù)據(jù)產(chǎn)量，成本也隨之越低！

Sequel II與Sequel平臺比對

百邁客利用某海洋動物樣本通過構建相同文庫，進行不同平臺的數(shù)據(jù)測試。通過構建20 Kb的文庫，同時在Sequel與SequelⅡ上進行上機測序，數(shù)據(jù)產(chǎn)出結果如下所示：

Subreads 數(shù)據(jù)比對統(tǒng)計

注：Subreads是產(chǎn)出的所有subreads數(shù)據(jù)集；Reads Num：reads數(shù)目；Total Bases (bp)：堿基總數(shù)；Reads N50 (bp)：將reads從長到短排序，并依次相加，當加和等于總堿基數(shù)目一半時對應的那條reads長度即為reads N50；Mean Length (bp)：reads的平均長度；Longest Read (bp)：最長read的長度。

結果統(tǒng)計表中我們可以看到，Sequel Ⅱ平臺ZMWs數(shù)量較Sequel平臺的提升至其8倍，而單cell的總數(shù)據(jù)量產(chǎn)出由原始的11.6 Gb/cell提升至103.3 Gb/cell，整整高出了約8倍！而在平均讀長，最長讀長，Reads N50 方面未有太大變化。2個平臺的讀長分布情況如下圖所示：

PacBio sequel讀長分布

PacBio Sequel Ⅱ讀長分布

【百邁客三代測序平臺展示】

小結

百邁客自2015年引入Pacbio測序平臺后，在三代測序領域已擁有大量項目經(jīng)驗及成功案例。依托于豐富的項目經(jīng)驗，此次平臺引入將更好的服務于用戶，為用戶提供更加全面，更加快速，更具性價比的服務與選擇。更多詳情請咨詢400-600-3186及當?shù)劁N售！

Biomarker——打造生物行業(yè)標志性產(chǎn)業(yè)！

【百邁客合作項目成果展示】