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 分類: 醫(yī)學(xué)研究
例圖(人基因組1:160000000-161000000區(qū)域內(nèi)的基因分布):?

PPT、PS等好多工具可以幫助你實現(xiàn)這樣的圖,但是如果批量畫呢?可能手都廢了吧,還是上代碼吧。

為大家分析一下上圖的特點:
1.中間灰色的bar兩端分別有一段突出
2.目標(biāo)區(qū)域中間的基因是彩色的,目標(biāo)區(qū)域上下游的基因用灰色標(biāo)注
3.基因的Symbol沒有重疊
4.基因的名字標(biāo)注在基因最中間的位置

首先用你能用的辦法將目標(biāo)區(qū)域(1:160000000-161000000)內(nèi)的基因、目標(biāo)區(qū)域上游的兩個基因、目標(biāo)區(qū)域下游的一個基因的位置都提取出來,然后為每個基因賦一個顏色。中間灰色的bar兩端的突出可以從第一個基因的開始位置向上游擴100K、最后一個基因的結(jié)束位置向下游擴100K。整理成作圖用的輸入文件,如下:

第1-3列是作圖基因的位置,第7列是基因的名字。

第4-5列是整個灰色bar的位置(經(jīng)過上下游擴完以后的)。

第6列是基因的顏色,目標(biāo)區(qū)域上下游的基因用灰色表示,目標(biāo)區(qū)域內(nèi)的基因用你想要的顏色表示。

為了方便調(diào)整基因的symbol不重疊,增加第8列,1和2表示基因名字在圖的上部和下部。

用ggplot2作圖很方便,每個bar的可以通過畫矩形框填充不同的顏色實現(xiàn)。

#將輸入文件讀進來 >?library(ggplot2) >?library() >?data<-read.table(file=”Region.xls”,header=T,sep="\t",stringsAsFactors=F) #計算基因最中間的位置方便標(biāo)基因label >?data$middle<-(data$end?-?data$start)/2+data$start >?color<data$color #geom_rect函數(shù)先畫灰色的bar,再畫基因,用geom_text_repel函數(shù)標(biāo)基因的label >?p<-ggplot(data)+geom_rect(aes(xmin=astart,xmax=aend,ymin=-0.01,ymax=0.01),colour="grey",fill="grey",size=0.1)+geom_rect(aes(xmin=start,?xmax=end,ymin=-0.03,ymax=0.03),colour="grey",?fill=color,size=0.1)+geom_text_repel(aes(x=middle,y=rep(0,length(color)),label=name),min.segment.length?=?1,nudge_y?=?ifelse(data$index==1,0.3,-0.3)) >?p<-p+ylim(c(-1,1)) >?p<-p+theme_classic()?+theme(axis.line?=?element_blank(),axis.text?=?element_blank(),axis.ticks?=?element_blank(),axis.title?=?element_blank()) >?print(p)

?思路明確了,就可以舉一反三畫各種你想要的變形,比如說畫基因中Exon和Intron的結(jié)構(gòu)等等。
類似的結(jié)構(gòu)圖,也有其他工具可以實現(xiàn),費些時間但會更精美。
1.IBS軟件繪制(http://ibs.biocuckoo.org/download.php)
2.GSDS在線繪制(http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php)
3.R包gggenes和ggbio等。
以上就是使用這個軟件批量可視化某區(qū)域基因結(jié)構(gòu)圖的基本操作流程。當(dāng)然,這個軟件還有很多其他功能,這里由于篇幅有限,就只簡單分享一下。
再多的操作文檔,總是不如實際操作來得理解深刻。百邁客云平臺(BMKCloud)實現(xiàn)你零基礎(chǔ)分析的所有夢想!52款A(yù)PP實現(xiàn)高度自由個性化分析,118款工具、交互的個性化分析提供無上限分析實操,云平臺課堂高效助您方案設(shè)計和信息分析(http://www.biocloud.net/),百邁客云成為您的私人信息分析平臺,讓基因分析更簡單。
所以大家快快動起手來,在實際操作中理解學(xué)習(xí),若在學(xué)習(xí)中有不懂或疑問的地方,您可給我們留言,我們會有專職客服為您服務(wù)!
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