摘要

買麻藤屬的大部分種類廣泛分布于熱帶地區(qū)，有著廣泛的工業(yè)用途，包括繩、網(wǎng)以及紙的制造。盡管已經(jīng)有許多研究對莖的發(fā)育過程進行了解剖研究，但在買麻藤屬植物中，調(diào)控這一發(fā)育過程的潛在分子機制仍鮮為人知。利用Oxford Nanopore技術，從羅浮買麻藤（Gnetum lofuense）莖發(fā)育的四個階段取樣，共獲得12個樣本進行全長轉錄組測序。分析結果顯示，共發(fā)現(xiàn)了24,151個可變剪接（AS）和134,391個可變多聚腺苷酸化（APA）。在四個發(fā)育階段中，發(fā)現(xiàn)可變剪接呈現(xiàn)動態(tài)變化，特別是內(nèi)含子保留的情況，而可變多聚腺苷酸化位點的轉錄本數(shù)量沒有發(fā)現(xiàn)動態(tài)變化。共檢測到728個lncRNA，順式調(diào)控的靶基因數(shù)量顯著增加，而反式調(diào)控的靶標基因數(shù)量沒有變化。此外，對所有全長轉錄本的K-mean聚類分析顯示，初生生長與碳水化合物代謝和真菌防御有關，而次生生長與光合作用、氮轉運和葉片個體發(fā)育密切相關。通過加權基因共表達網(wǎng)絡分析和差異表達轉錄本分析發(fā)現(xiàn)，bHLH，GRF和MYB相關轉錄因子參與了羅浮買麻藤莖的初生生長，而AP2，MYB，NAC，PLZA和bZIP參與了羅浮買麻藤莖的次生生長。本研究結果進一步證明，納米孔測序技術為生成全長轉錄組數(shù)據(jù)和研究種子植物器官發(fā)育提供了一種經(jīng)濟有效的方法。

活動信息

本期文獻秀就邀請了本文作者為大家?guī)磉@篇文獻的詳細解讀，想詳細了解這篇文獻設計分析思路的同學歡迎參加本次直播活動：

主題：【納米孔測序技術】全長轉錄組的比較分析揭示羅浮買麻藤莖的動態(tài)變化

時間：5月25日16:00

形式：線上直播

主辦方：百邁客生物

分享嘉賓

侯晨 博士

畢業(yè)于斯德哥爾摩大學（瑞典）植物系統(tǒng)發(fā)育學專業(yè)，中山大學博士后，廣東省林業(yè)科學研究院助理研究員，主要研究方向為樟屬植物龍腦累積的分子機制，澳洲堅果種子，買麻藤屬發(fā)育和轉錄組。

劉紹艷 博士

畢業(yè)于南京農(nóng)業(yè)大學，百邁客生物實驗研發(fā)工程師，主要負責ONT平臺各產(chǎn)品的相關研發(fā)工作。

活動支持

?

關于文獻秀

文獻秀是百邁客生物搭建的生命科學文獻分享平臺，在這里，我們邀請當前熱門科研進展文獻的作者分享科研經(jīng)歷，助力科研，解讀基因。如果您也想向科研同行們分享你的經(jīng)驗，請聯(lián)系微信：Devin0709，我們將給予一定的獎勵。

文獻秀—優(yōu)秀文獻分享平臺