2021年8月，基因組調(diào)研圖（survey）分析正式入駐百邁客云平臺！
簡單幾步，告別碼農(nóng)！

調(diào)研圖分析背景介紹

一個物種基因組組裝質(zhì)量的好壞，其中一個重要指標(biāo)就是看組裝的大小是否符合這個物種的預(yù)估值。偏大可能是存在冗余，需要進(jìn)行片段取舍；若偏小，可能是組裝的片段缺失；無論哪種都不利于后續(xù)基因組的應(yīng)用。而預(yù)估物種基因組大小的主流方法有兩種：①流式細(xì)胞儀測定DNA含量；②基于測序片段統(tǒng)計計算基因組大小，也就是Survey調(diào)研圖分析。survey以二代測序技術(shù)為基礎(chǔ)，基于小片段文庫進(jìn)行低深度測序，通過K-mer分析，快速獲得基因組大小、雜合度、重復(fù)序列比例等基本信息。為制定該物種的全基因組de novo測序策略提供有效依據(jù)。原理詳見往期介紹:什么是基因組Survey？為什么要做基因組Survey？

Ranallo-Benavidez T et al., Nature Communications. 2020

基因組調(diào)研圖分析平臺介紹

（1）從百邁客官方云平臺登錄即可找到基因組調(diào)研圖分析平臺APP界面。百邁客云平臺網(wǎng)址：http://www.biocloud.net/

 

（2）分析過程簡單易上手，從數(shù)據(jù)上傳到參數(shù)設(shè)置，只需要簡單4步即可完成項目數(shù)據(jù)投遞和分析；

a.支持二代雙端測序數(shù)據(jù)，且數(shù)據(jù)不限來源：百邁客項目直接推送、非百邁客項目可自主上傳（注：調(diào)研圖分析數(shù)據(jù)深度宜在50X左右）。

b.為了更好區(qū)分所分析項目，可自主填寫報告名稱和物種拉丁名（選填）。動植物材料選取過程中易受到微生物或其他生物污染，因此通過選擇分析物種所在類別，進(jìn)行應(yīng)數(shù)據(jù)庫比對判斷污染情況。物種污染程度為材料可用性提供重要依據(jù)。

c. 背景信息填寫（選填）：調(diào)研圖分析會擬合多種分析結(jié)果，近緣物種大小\項目物種流式大小以及預(yù)估物種倍性的填寫，可輔助調(diào)研圖判斷最佳分析結(jié)果。針對前期背景信息未知情況，APP將根據(jù)峰型擬合情況，挑選最適結(jié)果。無論填寫與否，質(zhì)控報告中均會提供全部擬合結(jié)果供使用者挑選。

d.質(zhì)體的存在會影響基因組評估的準(zhǔn)確性，可通過選擇是否過濾來進(jìn)行不同處理。

（3）結(jié)題報告云交付

分析完成即可在線查看項目結(jié)題報告與數(shù)據(jù)質(zhì)控報告。報告將對整體數(shù)據(jù)質(zhì)量、污染評估、基因組特征、使用軟件版本等進(jìn)行詳細(xì)描述。具體可見下圖右部目錄。

平臺使用小結(jié)

整體分析人工操作用時不超1分鐘，最快僅需2步即可開始運行。報告清晰詳實。基因組調(diào)研圖分析平臺的上線使得生信分析更簡單便捷。

后續(xù)將陸續(xù)開放基因組組裝注釋APP、比較基因組分析APP以及其他個性化分析工具，更多詳情敬請期待！