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 分類: 醫(yī)學(xué)研究

裝R包有時候會遇到特別難裝的,費時費精力。主要是無從下手。下面就全面的解決下這個問題。
一、解決問題的思路:

1.包可能存在依賴包,缺啥裝啥,直到裝成功。

2.多種方法嘗試。嘗試的順序可以由簡到繁。

二、解決問題的方法:

1.從相同系統(tǒng)的電腦上拷過來相應(yīng)的包(位于library路徑下面),然后library()這個包判斷是否安裝成功(大部分會成功)。如果沒有或者沒安裝成功只能用其他方法自己辛苦安裝了。

2.install.packages()

3. BiocManager::install()

4. conda

5. devtools::install_github()

6.下載源碼用install.packages(“xxxx.tar.gz”,repo=NULL,type=”source”)安裝

linux的話,在啟動R的交互界面之前或者使用conda之前需要激活這個R處的環(huán)境,否則在交互界面安裝R包的過程中可能會找不到編譯器而報錯。激活方法參考:source activate /yourpath/miniconda3/envs/R-4-0-3

具體示例如下:

比如我要裝Cairo這個包

我首先嘗試用install.packages(“Cairo”)安裝。報錯了,報錯信息如下:

然后用BiocManager::install(“Cairo”)來安裝。首先要安裝BiocManager(方法:install.packages(“BiocManager”))。這個方法也沒安裝成功。

然后嘗試conda install -c conda-forge r-cairo(注意包的名字用小寫字母)來安裝。出來這個敲y,一般都能安裝成功。conda安裝R包首先要安裝有conda,然后激活conda環(huán)境,在命令行而不是交互界面去安裝。

最終安裝成功的界面:

可以在R的交互界面上用library(Cairo)看下是否裝成功。

另外兩種安裝包的方法示例如下:

方法5 devtools::install_github()
devtools::install_github() 從github(網(wǎng)址:https://github.com/)上查找包隸屬于哪個,用于寫在括號里,再安裝,方法如下:

方法6源碼安裝:

當(dāng)報錯,有下載包不完整的情況,可以把這個路徑的包先下載下來再安裝。安裝的時候如果遇到相關(guān)的包沒裝,再用這幾種方法從簡到繁裝上,然后再裝這個包。

linux上下載方法:

wget -c https://bioconductor.org/packages/3.12/bioc/src/contrib/DOSE_3.16.0.tar.gz 把包的源碼下載下來

然后在R的交互界面用:install.packages(“xxxx.tar.gz”,repo=NULL,type=”source”)安裝

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