特级丰满少妇一级AAAA爱毛片,亚洲AV无码专区一级婬片毛片,真实的国产乱ⅩXXX实拍,中文字幕一区二区三区四区,国产成人无码91精品一区69

 分類: 醫(yī)學(xué)研究
對(duì)于從事生物生信分析的人員來說,NCBI的重要性不必多說,而GEO(Gene Expression Omnibus database)是NCBI負(fù)責(zé)維護(hù)的一個(gè)數(shù)據(jù)庫,收集了大量表達(dá)譜、甲基化、LncRNA、miRNA、拷貝數(shù)變異(CNV)等各種芯片數(shù)據(jù),并且還存儲(chǔ)了一些二代數(shù)據(jù)和其他高通量測(cè)序數(shù)據(jù)。相信【實(shí)用帖】手把手教你如何上傳GEO數(shù)據(jù)庫已經(jīng)為您解決數(shù)據(jù)上傳的問題,那么今天小編繼續(xù)帶您玩轉(zhuǎn)GEO數(shù)據(jù)下載,充分挖掘GEO數(shù)據(jù)庫的價(jià)值,讓GEO數(shù)據(jù)庫成為您的研究數(shù)據(jù)后花園。

GEO數(shù)據(jù)庫可以分為以下類型:a)?GEO Platform (GPL) 芯片平臺(tái)
b)?GEO Sample (GSM) 樣本ID號(hào)
c)?GEO Series (GSE) study的ID號(hào)
d)?GEO Dataset (GDS) 數(shù)據(jù)集的ID號(hào)這些數(shù)據(jù)均可以在ftp(ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/geo/)進(jìn)行下載。

一般我們?cè)谖恼轮锌吹降亩际荊SE的ID,那我們?nèi)绾瓮ㄟ^GSE的ID進(jìn)行數(shù)據(jù)的下載呢,下面就讓小編手把手教您如何進(jìn)行GEO數(shù)據(jù)的下載。

咱們以下面篇文章為例:

我們?cè)谖哪┱业阶髡邤?shù)據(jù)上傳地址和GSE的ID

然后在GEO官網(wǎng)輸入GSE115354,

首先我們可以看到是關(guān)于該study的描述信息,包括文章信息、測(cè)序物種、實(shí)驗(yàn)類型等等

而我們最關(guān)心的東西在頁面的下方

如果我們想下載作者標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù),可以直接在這個(gè)頁面中Supplementary file中進(jìn)行下載,那如果我想下載原始數(shù)據(jù)怎么辦呢,不要著急,您慢慢往下看。

我們點(diǎn)擊頁面中Sample對(duì)應(yīng)的GSM的ID,每個(gè)樣本都對(duì)一個(gè)GSM,我們以第一個(gè)為例,點(diǎn)擊后進(jìn)入以下界面

然后點(diǎn)擊最下方SRA編號(hào),進(jìn)入下面的頁面這里面包含了這個(gè)樣本的基本信息,包括測(cè)序平臺(tái)、文庫類型、數(shù)據(jù)量等基本信息,然后點(diǎn)擊頁面右上方的Send to按鈕,選擇File,F(xiàn)ormat選擇RunInfo,然后點(diǎn)擊Creat file下載一個(gè)csv文件,打開文件,可以看到一個(gè)下載鏈接

點(diǎn)擊鏈接就可以直接下載數(shù)據(jù)了。

下載完成后您可能有些疑問,我們一般測(cè)序數(shù)據(jù)都輸pair-end的雙端reads,為什么我下載的是一個(gè).sra結(jié)尾的數(shù)據(jù)呢?難道是一個(gè)單端數(shù)據(jù)嗎?這個(gè)當(dāng)然不是,SRA為了節(jié)省空間,一般上傳的數(shù)據(jù)都是.sra的壓縮文件,那我們?nèi)绾螌ra文件轉(zhuǎn)化成常用的雙端數(shù)據(jù)呢?這里就要用到SRA提供的一個(gè)工具:fastq-dump,

下載網(wǎng)址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

官方說明文檔:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=fastq-dump

當(dāng)然,這個(gè)軟件需要在Linux系統(tǒng)下進(jìn)行操作,命令行如下:

fastq-dump?*.sra?--split-3

這里的–split-3會(huì)把原來雙端拆分成兩個(gè)文件,但是原來單端并不會(huì)保存成兩個(gè)文件。運(yùn)行完成后就能獲得了您想要的原始數(shù)據(jù)了。如果您還想學(xué)習(xí)更多實(shí)用的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘和分析的知識(shí),歡迎點(diǎn)擊下方按鈕聯(lián)系我們。

立即咨詢
最近文章
奶好大灬好硬灬好爽在线播放 | 91丰艺裸体歌舞无码 | 可以看黄色视频的网站免费 | 污网站免费在线观看成人 | 欧美性猛交XXXXX水多 | 国产精品人人妻人人爽 | 国产成人无码一区二区 | 国产精品久久久久久久久在线观看 | 久久精品无码一区三区 | 日本高清视频在线播放 | 亚洲国产高清无码在线观看 | 亚洲蜜臀AV乱码久久精品蜜桃 | 蜜桃av无码一区二区三区 | 亚洲国产精品wwwwww | 波多野结衣AV片免费观看 | 久久久国产精品免费A片分天美 | 三亚三黄三色AAA毛片重 | 嫩草成人影院红桃视频 | 可以直接看的国产黄色视频 | 中文字幕熟女人妻丝袜丝 | 夏晴子无码一区二区三区 | 久久性爱高潮高清完整版免费观看 | 91人人澡人人妻人人精品 | 日本视频在线观看免费 | 亚洲AV色香蕉国产天堂 | 在线观看免费黄色视频 | 97人妻人人澡人人爽国产一 | 17c网站在线免费观看 | 麻豆 视频在线观看免费 | 美女赤裸视频网站不卡免费观看 | 国产多毛XX毛茸茸毛多 | 色黄大色黄女片免费看直播 | 91精品久久人人妻人人做人人爱黄色 | 日本在线免费观看 | ThePorn免费入口在线观看 | 国产美女遭强高潮开双腿网站小说在线观看 | 高清无码视频在线观看 | 国产精品无码A片免费放牛牛 | 狂躁少妇XXXX高潮无码 | 噜啊噜在线成人A片观看 | www.亚洲AV秘 无码亚麻得 |