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 分類: 時(shí)空組學(xué), 智能制造

環(huán)境要求

R(Seurat,dplyr,tibble,ggplot2,getopt)

Python3(numpy,cv2,pandas,seaborn,sys,getopt)

spots 聚類

腳本:Seurat_for_bmkmanu_S1000.R

說明: seurat_for_bmkmanu_S1000.R [-[-indir|i] ] [-[-resolution|r] ] [-[-MinCell|c] ] [-[-MinFeatures|g] ] [-[-outdir|o] ] [-[-help|h]]

-i|–indir 輸入目錄(下載數(shù)據(jù)中 05.AllheStat/BSTViewer_project/subdata/下任意一個(gè) level 的目錄)

-r|–resolution 聚類調(diào)整,默認(rèn) 0.5

-c|–MinCell 最小細(xì)胞數(shù),默認(rèn) 5

-g|–MinFeatures 最低基因數(shù),默認(rèn) 100

-o|–outdir 最輸出目錄

-h|–help 幫助文檔

示例:Rscript seurat_for_bmkmanu_S1000.R

-i /home/05.AllheStat/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/

-o /home/outdir

-r 0.5

-c 5

-g 100

結(jié)果:

outdir/

├ UMAP.p*

├ cluster.csv (下一步繪圖需要的輸入) └─t-SNE.p*

繪圖

腳本:bmplot.py

說明: python bmplot.py

-e||–he_file 修剪之后的HE 圖片

-p||–pos_file barcodes 的空間位置(下載數(shù)據(jù)中05.AllheStat/BSTViewer_project/subdata/下任意一個(gè)level 的目錄下的barcodes _pos.tsv.gz )

-c||–cluster_file 步驟2 中得到的聚類文件

-o||–outfile 輸出文件名

-h||–help 幫助文檔

示例:python3 bmplot.py

-e /root/05.AllheStat/BSTViewer_project/he.tif

-p /root/05.AllheStat/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/barcodes _pos.tsv.gz

-c /root/outdir/test/cluster.csv (上一步輸出文件)

-o /root/outdir/test/L13.tif

結(jié)果

結(jié)果展示:

HE 染色鏡檢圖

HE 染色鏡檢圖

50μm 分辨率 Spots 聚類圖

50μm 分辨率 Spots 聚類圖

附:

Cluster plot腳本解析操作說明

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