特级丰满少妇一级AAAA爱毛片,亚洲AV无码专区一级婬片毛片,真实的国产乱ⅩXXX实拍,中文字幕一区二区三区四区,国产成人无码91精品一区69

 分類: 時空組學(xué), 智能制造

1、打開腳本文件

source(‘xxx’) #’xxx’腳本路徑, 例如’C:/Users/R/Desktop/qq.R’

2、創(chuàng)建Seurat對象并繪制空間聚類圖

FilePath : 存放“barcode.tsv.gz、barcode_pos.tsv.gz、feature.tsv.gz、matrix.mtx.gz”的文件夾路徑
barcode_pos_file : “barcode_pos.tsv.gz”的文件路徑
out_path : 輸出文件目錄
png_path : he染色(.png格式),如果是 .tiff 格式需要進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換,注意轉(zhuǎn)換時分辨率可適當(dāng)調(diào)小,以避免 .png 格式的圖片太大而讀取失敗
需注意的是Seurat對象名稱必須是“object”

object?<-?Create_object(

FilePath = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/’,

barcode_pos_file = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/barcodes_pos.tsv.gz’,

out_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/Cluster/’,

png_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/he.png’,

min.cells = 10, #一個基因至少在n個細(xì)胞中表達(dá)才被保留,可自行調(diào)整,默認(rèn)值10

min.features = 100, #一個細(xì)胞至少有n個基因才被保留,可自行調(diào)整,默認(rèn)值100

dims = 1:30, #選擇多少pc進(jìn)行后續(xù)分析,可自行調(diào)整,默認(rèn)1:30

resolution = 0.5, #設(shè)置下游分析的“粒度”,值越高得到的聚類數(shù)目越多,可自行調(diào)整,默認(rèn)0.5

point_size = 3, #點的大小,可自行根據(jù)矩陣文件level調(diào)整,level越小需設(shè)置的值越小

width = 12, #輸出圖片的寬度,可自行調(diào)整,默認(rèn)12

height = 5, #輸出圖片的高度,可自行調(diào)整,默認(rèn)5

Cluster = T, #是否進(jìn)行聚類分析,默認(rèn)F

label = T #是否輸出帶標(biāo)簽的聚類圖

)

umap_cluster_label

3、UMI統(tǒng)計

object?<-?Create_object(

FilePath = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/’,

barcode_pos_file = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/barcodes_pos.tsv.gz’,

out_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/UMI_stat/’,

png_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/he.png’,

point_size = 3, #同上

width = 12, #同上

height = 5, #同上

UMI_stat = T) #是否統(tǒng)計UMI

UMI_viol_heatmap

UMI_viol_heatmap

4、nFeature 統(tǒng)計

object?<-?Create_object(

FilePath = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/’,

barcode_pos_file = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/barcodes_pos.tsv.gz’,

out_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/Gene_stat/’,

png_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/he.png’,

point_size = 2, #同上

width = 12, #同上

height = 5, #同上

nFeature_stat = T) #是否統(tǒng)計nFeature

nFeature_viol_heatmap

nFeature_viol_heatmap

5、輸出每個cluster的marker gene,并繪制單個基因的表達(dá)熱圖

object?<-?Create_object(

FilePath = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/’,

barcode_pos_file = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/barcodes_pos.tsv.gz’,

out_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/Single_gene_1/’,

png_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/he.png’,

point_size = 2, #同上

Gene_stat = T, #是否進(jìn)行mark gene繪制

top_gene = 1, #每個cluster取top多少mark gene, 可自行調(diào)整,值不宜設(shè)置太大

min.pct = 0.25, #一個基因在任何兩群細(xì)胞中的占比不能低于多少, 可自行調(diào)整

logfc.threshold = 0.25, #差異倍數(shù)閾值, 可自行調(diào)整

markpic_width = 8, #小提琴圖和tsne圖寬

markpic_height = 12, #小提琴圖和tsne圖長)

熱圖列表

熱圖列表

6、繪制某個或某些基因聚類圖

object?<-?Create_object(

FilePath = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/’,

barcode_pos_file = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/barcodes_pos.tsv.gz’,

out_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/Test/Single_gene_2/’,

png_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/he.png’,

point_size = 2.6, #同上

Gene_stat = T, #是否進(jìn)行mark gene繪制

Custom_gene = T, #是否進(jìn)行自定義gene繪制

alpha_continuous = c(0.5,1) #根據(jù)基因表達(dá)量調(diào)整透明度范圍

gene_list = c(‘Hpca’)) #繪制的基因名,可以輸入多個

Hpca

Hpca

選擇黑色背景突出顯示

object?<-?Create_object(

FilePath = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/’,

barcode_pos_file = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/barcodes_pos.tsv.gz’,

out_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/Test/Single_gene_2/’,

png_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/he.png’,

point_size = 2.6, #同上

Gene_stat = T, #是否進(jìn)行mark gene繪制

Custom_gene = T, #是否進(jìn)行自定義gene繪制

dark_background = T, #黑色背景

gene_list = c(‘Hpca’)) #繪制的基因名,可以輸入多個

Hpca

Hpca

7、繪制單個cluster聚類圖

object?<-?Create_object(

FilePath = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/’,

barcode_pos_file = ‘E:/AAAWork/BSTViewer_project/subdata/L13_heAuto/barcodes_pos.tsv.gz’,

out_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/TestL6/single/’,

png_path = ‘C:/Users/R/Desktop/temp/he.png’,

point_size = 2, #同上

Single_cluster = T #是否繪制單個cluster圖)

cluster1

cluster1

單個cluster列表

單個cluster列表

最近文章
奇米奇奇四色二区 | 国产做爰XXXⅩ性视频播放量 | 少妇被又大又粗又爽毛片久久黑人 | 日本乳哺乳无码一区二区 | 欧美高清一区二区三区不卡任你躁 | 特黄特色的大片免费视频 | 少妇高潮黃色一级毛片 | 亚洲色情一区二区三区 | 国产 码高潮尤在线观看 | 久久人人爽A片国产传媒 | 亚洲精品字幕在线观看 | 老妇人高潮一区二区电影 | x手机可以看的av | 精品99视频免费在线观看 | 国产50部艳色禁片无码 | 国产孕妇A片婬片www | ●苍井そら无码流出videos | 国产无码手机在线观看 | 91国產乱老熟女 | 九级久久久全国免费视频 | 黄色视频网站在线免费观看 | 无码人妻精品一区二区蜜桃网站 | 小黄书在线观看www网页 | 亚欧无码视频一区二区三区 | 美女美乳摸摸日日夜夜 | 亚洲AV爽爽香蕉久久影 | 7777人妻精品无码视频 | 亚洲无 码蜜桃精东美业 | 久久成人麻豆精品一牛影视 | 国产精品久久久久久无码 | 少妇精品无码一区二区免费视频 | 中出人妻中文字幕无码 | 亚洲va中文字幕无码毛片久久 | 无码人妻一区二区三区线花季传件 | 国产小仙女自慰国产一区二区三区 | 人人澡人人妻丰满熟妇 | 国内精品久久久久无码 | 久久精品一区二区三区不卡牛牛 | 野外野战无套内谢A片 | 国产精品欧美日韩在线 | 国产又粗又大在线观看 |