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 分類: 轉(zhuǎn)錄組測序

(1)常規(guī)轉(zhuǎn)錄組分析使用的ID都是基因組配套GFF文件中第三列為“gene”的行中,第九列的“ID=”的編號,一般很少有基因組會使用name作為基因的ID(因為多拷貝的存在,不同位置的基因name相同,作為ID分析會出錯),所以如果要找基因的name,需要到基因組配套的GFF文件中查找,研究的比較多的物種,一般都會在GFF里標明基因的name。

(2)對于基因組GFF文件中標明了基因name的物種,百邁客分析結果中有一個總文件“ref_trans_full_table.xls”,該文件中第二列標記了基因的name。同時,在云品臺上,用個性化工具也可以進行檢索(云平臺上檢索用的是上面提到的總文件)

(3)如果基因組GFF文件中沒有name的話,是沒有辦法直接獲取到name的,需要的話,可以使用基因name標注完善的物種(推薦模式物種),對研究的物種通過blast尋找同源蛋白的方式進行name的對應(原理同功能注釋)

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