目前，微生物多樣性研究主要是于編碼核糖體RNA的核酸序列保守區(qū)進(jìn)行的。細(xì)菌主要是基于16S區(qū)，真菌主要基于18S區(qū)或ITS區(qū)（內(nèi)轉(zhuǎn)錄間區(qū)），16S rDNA 是編碼原核生物核糖體小亞基rRNA（16S rRNA）的DNA序列，18S rDNA是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA（18S rRNA）的DNA序列，ITS是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)序列。這些序列中既有保守區(qū)又有可變區(qū)，保守序列區(qū)域反映了生物物種間的親緣關(guān)系，而高變序列區(qū)域則能體現(xiàn)物種間的差異。由于18S rDNA在進(jìn)化速率上比較保守，在系統(tǒng)發(fā)育研究中較適用于種級(jí)以上階元的分類(lèi)。

常用作微生物分類(lèi)研究的ITS分為ITS1和ITS2兩種。ITS1位于真核生物核糖體rDNA序列的18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物核糖體rDNA序列5.8S和28S之間。由于ITS區(qū)在核糖體RNA加工過(guò)程中被剪切掉，不發(fā)揮功能作用，在進(jìn)化過(guò)程中選擇壓力較小，進(jìn)化速率約為18S rDNA的10倍，屬于中度保守的區(qū)域，利用它可研究種及種以下的分類(lèi)階元。另外，也可通過(guò)選擇引物同時(shí)擴(kuò)增18S rDNA和ITS，通過(guò)分析20S rDNA序列，先在較高級(jí)別上確定樣品的歸屬，然后根據(jù)ITS 序列，將真菌歸類(lèi)到種或亞種水平。

微生物多樣性測(cè)序分析內(nèi)容

標(biāo)準(zhǔn)分析內(nèi)容

序列優(yōu)化及質(zhì)控、測(cè)序數(shù)據(jù)介紹、數(shù)據(jù)過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估、劃分OTU、OTU生成、OTU聚類(lèi)結(jié)果統(tǒng)計(jì)、OTU豐度統(tǒng)計(jì)、分類(lèi)學(xué)分析、物種分類(lèi)與相對(duì)豐度統(tǒng)計(jì)、群落結(jié)構(gòu)分析、物種熱圖分析（N≥3） 物種系統(tǒng)進(jìn)化分析、單樣品分類(lèi)學(xué)樹(shù)狀圖、多樣品分類(lèi)學(xué)樹(shù)狀圖、單樣品（alpha）多樣性分析、α-多樣性指數(shù)統(tǒng)計(jì)、稀釋性曲線(xiàn) Shannon-Wiener曲線(xiàn)、物種累積曲線(xiàn)（N≥5） 樣品間OTU比較（Venn圖或者花瓣圖） 多樣品（beta）多樣性分析（N≥3） Binary jaccard、bray Curtis （un）weighted unifrac（細(xì)菌）、樣品熱圖分析、主坐標(biāo)PCoA分析、主成分PCA分析、樣品層次聚類(lèi)（UPGMA）、NMDS 分析

高級(jí)分析內(nèi)容

組間差異分析（分組≥2，每組≥2樣品）、LEfSe分析 組間顯著性差異分析、樣品間相關(guān)分析（N≥3）、三元相圖（N≥3）、Anova方差分析（分組≥2，每組≥2樣品）、Wilcox秩和檢驗(yàn)（分組≥2，每組≥2樣品）、RDA/CCA 分析（屬水平）(注：需要提供環(huán)境因子數(shù)據(jù)，且環(huán)境因子數(shù)小于分析樣品數(shù)) 基于16S的COG和KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)功能富集（限細(xì)菌）

物種相對(duì)豐度計(jì)算方法

每個(gè)物種在每個(gè)樣品中的測(cè)序tags數(shù)除以對(duì)應(yīng)樣品的測(cè)序tags總數(shù)