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 分類: 時(shí)空組學(xué), 智能制造

【百創(chuàng)智造S3000空間單細(xì)胞分割實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)】

物種信息:小鼠

測(cè)序策略:Illumina PE150

分析軟件點(diǎn)擊下載>>:BSTMatrix

參考基因組版本:GRCm38_release95

Demo數(shù)據(jù)點(diǎn)擊下載>>:百創(chuàng)S3000空間轉(zhuǎn)錄芯片鼠腦Demo數(shù)據(jù)

【實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)分析結(jié)果概覽】

細(xì)胞分割結(jié)果

Type Number of Cells Median Genes per Cells Median UMI Counts per Cells Total Genes Detected
Value 94020 1999 3892 37080

基于細(xì)胞分割的聚類結(jié)果

數(shù)據(jù)情況

Type Number Percent(%)
Number of Reads 1,647,163,344
Valid Barcodes 1,518,333,646 92.18
Valid UMIs 1,634,484,110 99.23
Final Valid Reads 1,517,476,104 92.13

比對(duì)概覽

Type Percent(%)
Reads Mapped to Genome 98.14%
Reads Mapped Confidently to Genome 87.4%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions 3.36%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions 3.94%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions 80.1%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome 80.15%

飽和度

Tpyes Sequencing Saturation Fraction Reads in Spots Under Tissue
Values 68.67% 92.07%

多級(jí)分辨率結(jié)果

Level L18

(100μm)

L9

(50μm)

L7

(36μm)

L6

(30μm)

L5

(24μm)

L4

(18μm)

L3

(12μm)

L2

(6μm)

L1

(3.5μm)

Number of

SupSpots

3,535 14,971 25,592 35,712 53,277 87,809 170,996 464,159 2,622,153
Median Genes

?per SupSpot

11,007 6,244 4,654 3,793 2,909 2,026 1,198 510 107
Median UMI Counts per SupSpot 99,970 23,612 13,799 9,867 6,608 3,990 2,034 742 130
Total Genes Detected 37,152 37,154 37,162 37,163 37,157 37,161 37,163 37,165 37,165

基于BIN的部分多級(jí)聚類結(jié)果

百創(chuàng)S3000腦數(shù)據(jù)與某平臺(tái)數(shù)據(jù)Demo比較

百創(chuàng)S3000空間轉(zhuǎn)錄芯片

百創(chuàng)空間轉(zhuǎn)錄組以原片無(wú)錯(cuò)高清H&E+原片無(wú)錯(cuò)熒光+原片測(cè)序,“三片合一”實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)的細(xì)胞分割,將空間轉(zhuǎn)錄組推進(jìn)到單細(xì)胞分辨率的領(lǐng)域。

本著持續(xù)創(chuàng)新,深耕時(shí)空領(lǐng)域的決心,經(jīng)過(guò)又潛心研發(fā),百創(chuàng)智造于2024年3月27日在山東青島正式發(fā)布了百創(chuàng)S3000空間轉(zhuǎn)錄組芯片,讓空間組學(xué)的性能再進(jìn)一步。

百創(chuàng)S3000在6.8mm*6.8mm的捕獲區(qū)域內(nèi)鋪設(shè)了4,144,770個(gè)捕獲位點(diǎn),相鄰兩個(gè)捕獲位點(diǎn)的中心距為3.5μm。

相較于現(xiàn)在廣受市場(chǎng)認(rèn)可與好評(píng)的百創(chuàng)S1000轉(zhuǎn)錄組芯片,捕獲位點(diǎn)數(shù)提升近2倍,分辨率同樣提升近2倍

在相同的測(cè)序飽和度下,單細(xì)胞級(jí)別分辨率下中位UMI提升了30%~70%,中位基因數(shù)提升30%-60%。

 

如果您對(duì)百創(chuàng)S3000技術(shù)感興趣,歡迎聯(lián)系我們

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